+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ch1 | ||||||
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Title | Crystal structure of H-2Db in complex with chimeric gp100 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / MHC / H-2Db / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Immunoglobulin domain / Secreted / Disease mutation / Melanin biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Badia-Martinez, D. / Achour, A. | ||||||
Citation | Journal: Cancer Res. / Year: 2009 Title: Design of agonistic altered peptides for the robust induction of CTL directed towards H-2Db in complex with the melanoma-associated epitope gp100. Authors: van Stipdonk, M.J. / Badia-Martinez, D. / Sluijter, M. / Offringa, R. / van Hall, T. / Achour, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ch1.cif.gz | 325.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ch1.ent.gz | 277.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ch1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ch1_validation.pdf.gz | 527.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ch1_full_validation.pdf.gz | 557.8 KB | Display | |
Data in XML | 3ch1_validation.xml.gz | 63.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3ch1_validation.cif.gz | 87.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/3ch1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/3ch1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Deposited unit |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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