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- PDB-3cch: H-2Db complex with murine gp100 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cch
タイトルH-2Db complex with murine gp100
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • nonameric peptide murine gp100
キーワードIMMUNE SYSTEM / murine MHC / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Disease mutation / Melanin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / regulation of membrane depolarization / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular defense response / Neutrophil degranulation ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / regulation of membrane depolarization / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / negative regulation of iron ion transport / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / transferrin transport / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / cellular response to iron ion / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / antibacterial humoral response / protein refolding / cellular response to lipopolysaccharide / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / defense response to Gram-negative bacterium / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / lysosomal membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Badia-Martinez, D. / Achour, A.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2009
タイトル: Design of agonistic altered peptides for the robust induction of CTL directed towards H-2Db in complex with the melanoma-associated epitope gp100.
著者: van Stipdonk, M.J. / Badia-Martinez, D. / Sluijter, M. / Offringa, R. / van Hall, T. / Achour, A.
履歴
登録2008年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: nonameric peptide murine gp100
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: nonameric peptide murine gp100
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: nonameric peptide murine gp100
J: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: nonameric peptide murine gp100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,97537
ポリマ－179,58912
非ポリマー2,38625
水1,47782
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: nonameric peptide murine gp100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3748
ポリマ－44,8973
非ポリマー4765
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-73.1 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: nonameric peptide murine gp100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,66211
ポリマ－44,8973
非ポリマー7658
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19240 Å2
ΔGint-75.2 kcal/mol
Surface area5560 Å2
手法PISA
3
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: nonameric peptide murine gp100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4709
ポリマ－44,8973
非ポリマー5726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-92.9 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
4
J: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: nonameric peptide murine gp100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4709
ポリマ－44,8973
非ポリマー5726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-94.5 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
5
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: nonameric peptide murine gp100
ヘテロ分子

J: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: nonameric peptide murine gp100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,13120
ポリマ－89,7946
非ポリマー1,33714
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area12650 Å2
ΔGint-184.1 kcal/mol
Surface area37490 Å2
手法PISA
6
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: nonameric peptide murine gp100
ヘテロ分子

A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: nonameric peptide murine gp100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,84317
ポリマ－89,7946
非ポリマー1,04911
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area12540 Å2
ΔGint-180.1 kcal/mol
Surface area37540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.500, 176.600, 85.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31G
41J
12A
22D
32G
42J
13B
23E
33H
43K
14C
24F
34I
44L
15B
25E
35H
45K
16B
26E
36H
46K

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYALAALAAA1 - 1771 - 177
21GLYGLYALAALADD1 - 1771 - 177
31GLYGLYGLYGLYGG1 - 1751 - 175
41GLYGLYGLYGLYJJ1 - 1751 - 175
12THRTHRPROPROAA200 - 276200 - 276
22THRTHRPROPRODD200 - 276200 - 276
32THRTHRPROPROGG200 - 276200 - 276
42THRTHRPROPROJJ200 - 276200 - 276
13ILEILEPROPROBB1 - 331 - 33
23ILEILEPROPROEE1 - 331 - 33
33ILEILEPROPROHH1 - 331 - 33
43ILEILEPROPROKK1 - 331 - 33
14GLUGLULEULEUCC1 - 91 - 9
24GLUGLULEULEUFF1 - 91 - 9
34GLUGLULEULEUII1 - 91 - 9
44GLUGLULEULEULL1 - 91 - 9
15ILEILESERSERBB35 - 5735 - 57
25ILEILESERSEREE35 - 5735 - 57
35ILEILESERSERHH35 - 5735 - 57
45ILEILESERSERKK35 - 5735 - 57
16ASPASPMETMETBB59 - 9959 - 99
26ASPASPMETMETEE59 - 9959 - 99
36ASPASPMETMETHH59 - 9959 - 99
46ASPASPMETMETKK59 - 9959 - 99

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ADGJBEHK

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32087.703 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Extracellular part / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 CFIL

#3: タンパク質・ペプチド
nonameric peptide murine gp100


分子量: 1105.139 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide

-
非ポリマー , 3種, 107分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.8M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月4日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→19.6 Å / Num. all: 67578 / Num. obs: 65171 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / % possible all: 89.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→19.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 12.978 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.655 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27859 3379 5.1 %RANDOM
Rwork0.24079 ---
all0.2456 67578 --
obs0.24266 63514 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.524 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12590 0 129 82 12801
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02113123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.94517835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6551526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.47423.634688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.994152151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.12315100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2720.36106
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3330.58649
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.220.5830
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2690.3112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4360.59
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.19627807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.058312348
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.89526174
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.40735481
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1438tight positional0.050.05
12D1438tight positional0.040.05
13G1438tight positional0.040.05
14J1438tight positional0.040.05
21A620tight positional0.030.05
22D620tight positional0.040.05
23G620tight positional0.040.05
24J620tight positional0.040.05
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32E271tight positional0.040.05
33H271tight positional0.040.05
34K271tight positional0.040.05
41C78tight positional0.020.05
42F78tight positional0.030.05
43I78tight positional0.030.05
44L78tight positional0.020.05
51B182tight positional0.050.05
52E182tight positional0.050.05
53H182tight positional0.050.05
54K182tight positional0.050.05
61B349tight positional0.050.05
62E349tight positional0.040.05
63H349tight positional0.050.05
64K349tight positional0.040.05
11A1438tight thermal0.110.5
12D1438tight thermal0.10.5
13G1438tight thermal0.10.5
14J1438tight thermal0.110.5
21A620tight thermal0.080.5
22D620tight thermal0.080.5
23G620tight thermal0.080.5
24J620tight thermal0.080.5
31B271tight thermal0.10.5
32E271tight thermal0.090.5
33H271tight thermal0.090.5
34K271tight thermal0.10.5
41C78tight thermal0.060.5
42F78tight thermal0.060.5
43I78tight thermal0.060.5
44L78tight thermal0.060.5
51B182tight thermal0.090.5
52E182tight thermal0.080.5
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54K182tight thermal0.080.5
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62E349tight thermal0.090.5
63H349tight thermal0.090.5
64K349tight thermal0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 220 -
Rwork0.361 4646 -
obs--99.2 %

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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