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万見
- PDB-6g9r: Murine class I major histocompatibility complex H-2 Db in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g9r
タイトルMurine class I major histocompatibility complex H-2 Db in complex with self-antigen derived from dopamine monooxygenase.
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Dopamine beta-hydroxylase
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / LCMV / cross-reactivity / MHC class I / TCR / APL
機能・相同性
機能・相同性情報


Catecholamine biosynthesis / octopamine metabolic process / dopamine beta-monooxygenase / leukocyte mediated immunity / dopamine beta-monooxygenase activity / octopamine biosynthetic process / chromaffin granule lumen / homoiothermy / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / norepinephrine biosynthetic process ...Catecholamine biosynthesis / octopamine metabolic process / dopamine beta-monooxygenase / leukocyte mediated immunity / dopamine beta-monooxygenase activity / octopamine biosynthetic process / chromaffin granule lumen / homoiothermy / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / norepinephrine biosynthetic process / varicosity / chromaffin granule membrane / dopamine catabolic process / fear response / behavioral response to ethanol / maternal behavior / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / L-ascorbic acid binding / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / leukocyte migration / response to pain / transport vesicle membrane / regulation of membrane depolarization / associative learning / positive regulation of vasoconstriction / blood vessel remodeling / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / secretory granule membrane / response to amphetamine / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / MHC class I peptide loading complex / transferrin transport / cellular response to iron ion / locomotory behavior / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / visual learning / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / centriolar satellite / memory / apical part of cell / terminal bouton / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / regulation of cell population proliferation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / negative regulation of neuron projection development / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / antibacterial humoral response / protein refolding / cellular response to lipopolysaccharide / secretory granule lumen / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / defense response to Gram-negative bacterium / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / copper ion binding / external side of plasma membrane / innate immune response / axon / lysosomal membrane / neuronal cell body / dendrite
類似検索 - 分子機能
Dopamine beta-hydroxylase-like / Tyramine beta-hydroxylase/Dopamine beta-hydroxylase / Copper-dependent monooxygenases, DOMON domain / DOMON domain / DOMON domain profile. / DOMON domain / Possible catecholamine-binding domain present in a variety of eukaryotic proteins. / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, histidine-cluster-2 conserved site / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenases signature 2. / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal ...Dopamine beta-hydroxylase-like / Tyramine beta-hydroxylase/Dopamine beta-hydroxylase / Copper-dependent monooxygenases, DOMON domain / DOMON domain / DOMON domain profile. / DOMON domain / Possible catecholamine-binding domain present in a variety of eukaryotic proteins. / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, histidine-cluster-2 conserved site / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenases signature 2. / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, histidine-cluster-1 conserved site / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, C-terminal / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain superfamily / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, C-terminal domain / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenases signature 1. / PHM/PNGase F domain superfamily / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase-like, C-terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / Dopamine beta-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Achour, A. / Sandalova, T. / Allerbring, E.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural basis for CD8+ T cells auto-reactivity in LCMV infection
著者: Allerbring, E. / Duru, A.D. / Nygren, P.A. / Sandalova, T. / Achour, A.
履歴
登録2018年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
P: Dopamine beta-hydroxylase
I: Dopamine beta-hydroxylase
J: Dopamine beta-hydroxylase
K: Dopamine beta-hydroxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,32112
ポリマ－179,32112
非ポリマー00
水1629
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
P: Dopamine beta-hydroxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8303
ポリマ－44,8303
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
I: Dopamine beta-hydroxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8303
ポリマ－44,8303
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
3
E: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
J: Dopamine beta-hydroxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8303
ポリマ－44,8303
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
4
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
K: Dopamine beta-hydroxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8303
ポリマ－44,8303
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.245, 123.597, 99.262
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14B
24D
15B
25F
16B
26H
17C
27E
18C
28G
19D
29F
110D
210H
111E
211G
112F
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPROPROAA1 - 2761 - 276
21GLYGLYPROPROCC1 - 2761 - 276
12GLYGLYPROPROAA1 - 2761 - 276
22GLYGLYPROPROEE1 - 2761 - 276
13GLYGLYPROPROAA1 - 2761 - 276
23GLYGLYPROPROGG1 - 2761 - 276
14ILEILEMETMETBB1 - 991 - 99
24ILEILEMETMETDD1 - 991 - 99
15ILEILEMETMETBB1 - 991 - 99
25ILEILEMETMETFF1 - 991 - 99
16ILEILEMETMETBB1 - 991 - 99
26ILEILEMETMETHH1 - 991 - 99
17GLYGLYPROPROCC1 - 2761 - 276
27GLYGLYPROPROEE1 - 2761 - 276
18GLYGLYPROPROCC1 - 2761 - 276
28GLYGLYPROPROGG1 - 2761 - 276
19ILEILEMETMETDD1 - 991 - 99
29ILEILEMETMETFF1 - 991 - 99
110ILEILEMETMETDD1 - 991 - 99
210ILEILEMETMETHH1 - 991 - 99
111GLYGLYPROPROEE1 - 2761 - 276
211GLYGLYPROPROGG1 - 2761 - 276
112ILEILEMETMETFF1 - 991 - 99
212ILEILEMETMETHH1 - 991 - 99

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32087.703 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド
Dopamine beta-hydroxylase / Dopamine beta-monooxygenase / mDBM


分子量: 1038.173 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 557-565 / Mutation: L3P / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q64237, dopamine beta-monooxygenase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5-2.0M ammonium sulfate 0.1M TRIS HCL, pH 8.0 / PH範囲: 7.5-9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 135709 / Num. obs: 56263 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 11115 / CC1/2: 0.64 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1s7u

1s7u


解像度: 2.7→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 16.871 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.415 / ESU R Free: 0.361 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26441 2843 5.1 %RANDOM
Rwork0.23407 ---
obs0.23562 53380 94.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 82.239 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.01 Å20 Å21.79 Å2
2--2.57 Å2-0 Å2
3----1.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12632 0 0 9 12641
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01913058
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0211806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.93717750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.109327237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.34751530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.49223.594679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.61152131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0281596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02114806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023184
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.5157.9616141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.5157.9616140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.21311.9287658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.21311.9277659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2538.3776917
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.2528.3776917
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.88912.37810090
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.71461.29114049
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.71461.2914050
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A321940.01
12C321940.01
21A320420.04
22E320420.04
31A320800.03
32G320800.03
41B116720
42D116720
51B116620.01
52F116620.01
61B116580.01
62H116580.01
71C320880.04
72E320880.04
81C321280.03
82G321280.03
91D116620.01
92F116620.01
101D116600.01
102H116600.01
111E320280.04
112G320280.04
121F116600.01
122H116600.01
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 211 -
Rwork0.375 3984 -
obs--95.89 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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