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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gb7 | ||||||
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Title | Structure of H-2Db with scoop loop from tapasin | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / MHC / MHC-I / H-2Kb / H-2K(b) | ||||||
Function / homology | ![]() MHC class Ib protein complex assembly / peptide antigen stabilization / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent / TAP1 binding / TAP2 binding / regulation of protein complex stability / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway ...MHC class Ib protein complex assembly / peptide antigen stabilization / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent / TAP1 binding / TAP2 binding / regulation of protein complex stability / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / TAP complex binding / helical viral capsid / plasma membrane => GO:0005886 / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / defense response / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / host cell cytoplasm / learning or memory / ribonucleoprotein complex / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hafstrand, I. / Sandalova, T. / Achour, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Successive crystal structure snapshots suggest the basis for MHC class I peptide loading and editing by tapasin. Authors: Hafstrand, I. / Sayitoglu, E.C. / Apavaloaei, A. / Josey, B.J. / Sun, R. / Han, X. / Pellegrino, S. / Ozkazanc, D. / Potens, R. / Janssen, L. / Nilvebrant, J. / Nygren, P.A. / Sandalova, T. ...Authors: Hafstrand, I. / Sayitoglu, E.C. / Apavaloaei, A. / Josey, B.J. / Sun, R. / Han, X. / Pellegrino, S. / Ozkazanc, D. / Potens, R. / Janssen, L. / Nilvebrant, J. / Nygren, P.A. / Sandalova, T. / Springer, S. / Georgoudaki, A.M. / Duru, A.D. / Achour, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 63.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 88.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6gb5C ![]() 6gb6C ![]() 1s7uS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 8 molecules ACEGBDHF
#1: Protein | Mass: 38449.129 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 11761.411 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Protein | | Mass: 11704.359 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Protein/peptide , 2 types, 6 molecules IJKLPR
#4: Protein/peptide | Mass: 764.825 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #5: Protein/peptide | Mass: 890.917 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 3 types, 789 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl (pH 8) and 0.5M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 7, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→97.28 Å / Num. obs: 117221 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 5.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.19 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5702 / % possible all: 97.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1s7u Resolution: 2.15→52.242 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.91
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→52.242 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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