+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gb7 | ||||||
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Title | Structure of H-2Db with scoop loop from tapasin | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / MHC / MHC-I / H-2Kb / H-2K(b) | ||||||
Function / homology | Function and homology information MHC class Ib protein complex assembly / peptide antigen stabilization / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent / regulation of protein complex stability / TAP1 binding / TAP2 binding / positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib ...MHC class Ib protein complex assembly / peptide antigen stabilization / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent / regulation of protein complex stability / TAP1 binding / TAP2 binding / positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell tolerance induction / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / cis-Golgi network membrane / positive regulation of natural killer cell activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of interleukin-13 production / helical viral capsid / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of membrane depolarization / plasma membrane => GO:0005886 / positive regulation of natural killer cell proliferation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / positive regulation of immunoglobulin production / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / MHC class I protein binding / cellular defense response / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of T cell proliferation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / Neutrophil degranulation / T cell receptor binding / 14-3-3 protein binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / defense response / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of T cell activation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / antibacterial humoral response / iron ion transport / T cell receptor signaling pathway / protein-folding chaperone binding / protein refolding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Sendai virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Hafstrand, I. / Sandalova, T. / Achour, A. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2019 Title: Successive crystal structure snapshots suggest the basis for MHC class I peptide loading and editing by tapasin. Authors: Hafstrand, I. / Sayitoglu, E.C. / Apavaloaei, A. / Josey, B.J. / Sun, R. / Han, X. / Pellegrino, S. / Ozkazanc, D. / Potens, R. / Janssen, L. / Nilvebrant, J. / Nygren, P.A. / Sandalova, T. ...Authors: Hafstrand, I. / Sayitoglu, E.C. / Apavaloaei, A. / Josey, B.J. / Sun, R. / Han, X. / Pellegrino, S. / Ozkazanc, D. / Potens, R. / Janssen, L. / Nilvebrant, J. / Nygren, P.A. / Sandalova, T. / Springer, S. / Georgoudaki, A.M. / Duru, A.D. / Achour, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gb7.cif.gz | 655.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6gb7.ent.gz | 544.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gb7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/6gb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/6gb7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6gb5C 6gb6C 1s7uS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 8 molecules ACEGBDHF
#1: Protein | Mass: 38449.129 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: H2-D1 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: P01899 #2: Protein | Mass: 11761.411 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: B2m / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: P01887 #3: Protein | | Mass: 11704.359 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: B2m / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: P01887 |
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-Protein/peptide , 2 types, 6 molecules IJKLPR
#4: Protein/peptide | Mass: 764.825 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Sendai virus / References: UniProt: O57286*PLUS #5: Protein/peptide | Mass: 890.917 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Mus musculus (house mouse) / References: UniProt: Q9R233*PLUS |
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-Non-polymers , 3 types, 789 molecules
#6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl (pH 8) and 0.5M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 7, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→97.28 Å / Num. obs: 117221 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 5.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.19 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5702 / % possible all: 97.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1s7u Resolution: 2.15→52.242 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.91
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→52.242 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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