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- PDB-3fon: Crystal structure of the Class I MHC Molecule H-2Kwm7 with a Sing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fon
タイトルCrystal structure of the Class I MHC Molecule H-2Kwm7 with a Single Self Peptide VNDIFEAI
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC
  • Peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Class I MHC / peptide complex / Diabetes-protective Effect / Immune response / Immunoglobulin domain / MHC I / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Qian, J. / Jarchum, I. / Yamada, T. / Mikesh, L. / Palmieri, E. / Lund, T. / Hattori, M. / Shabanowitz, J. / Hunt, D.F. ...Malashkevich, V.N. / Qian, J. / Jarchum, I. / Yamada, T. / Mikesh, L. / Palmieri, E. / Lund, T. / Hattori, M. / Shabanowitz, J. / Hunt, D.F. / Ramagopal, U.A. / Brims, D.R. / Almo, S.C. / Nathenson, S.G. / DiLorenzo, T.P.
引用ジャーナル: Int.Immunol. / 年: 2010
タイトル: Predominant occupation of the class I MHC molecule H-2Kwm7 with a single self-peptide suggests a mechanism for its diabetes-protective effect.
著者: Brims, D.R. / Qian, J. / Jarchum, I. / Mikesh, L. / Palmieri, E. / Ramagopal, U.A. / Malashkevich, V.N. / Chaparro, R.J. / Lund, T. / Hattori, M. / Shabanowitz, J. / Hunt, D.F. / Nathenson, S. ...著者: Brims, D.R. / Qian, J. / Jarchum, I. / Mikesh, L. / Palmieri, E. / Ramagopal, U.A. / Malashkevich, V.N. / Chaparro, R.J. / Lund, T. / Hattori, M. / Shabanowitz, J. / Hunt, D.F. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / Dilorenzo, T.P.
履歴
登録2008年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年2月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms ...atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC
B: Beta-2-microglobulin
P: Peptide
C: MHC
D: Beta-2-microglobulin
E: Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4856
ポリマ－88,4856
非ポリマー00
水9,386521
1
A: MHC
B: Beta-2-microglobulin
P: Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2433
ポリマ－44,2433
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
2
C: MHC
D: Beta-2-microglobulin
E: Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2433
ポリマ－44,2433
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.607, 68.002, 149.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.540, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: -99999 - 99999 / Label seq-ID: -99999 - 99999

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21CD
12BB
22DE
13CC
23EF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 MHC


分子量: 31487.088 Da / 分子数: 2 / 断片: MHC / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: Pet3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2YW38*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11835.555 Da / 分子数: 2 / 断片: IgC / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: Pet3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド Peptide


分子量: 920.018 Da / 分子数: 2 / 断片: Peptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3000, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 64629 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.136 / Net I/σ(I): 18.964
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.04-2.113.40.47859441.143191.7
2.11-2.23.70.38765181.1961100
2.2-2.33.70.27964911.144199.9
2.3-2.423.70.22764721.2231100
2.42-2.573.70.1664961.172199.9
2.57-2.773.70.11264901.1161100
2.77-3.053.80.07665191.1461100
3.05-3.493.70.05165741.061100
3.49-4.393.60.04265231.075199.7
4.39-503.60.03166021.09198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.03→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.26 / WRfactor Rwork: 0.221 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.734 / SU B: 9.23 / SU ML: 0.12 / SU R Cruickshank DPI: 0.197 / SU Rfree: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 3264 5.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.215 64497 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.68 Å2 / Biso mean: 27.276 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20.01 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6226 0 0 521 6747
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0216446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6941.9398763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2845768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.70223.363333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.775151073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9461555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2905
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2253.53831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.962206202
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.358202615
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4494.52556
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2206TIGHT POSITIONAL0.070.05
12C2206TIGHT THERMAL0.160.5
21B821TIGHT POSITIONAL0.10.05
22D821TIGHT THERMAL0.170.5
31P65TIGHT POSITIONAL0.030.05
32E65TIGHT THERMAL0.190.5
LS精密化 シェル解像度: 2.032→2.084 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 217 -
Rwork0.285 4334 -
all-4551 -
obs--95.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64150.0609-0.26970.8593-0.33791.3696-0.108-0.04450.00580.06820.10740.0616-0.0408-0.00150.00060.02930.0199-0.00320.0254-0.00620.034515.2154-0.21739.8309
21.51730.57260.582.0738-0.81422.074-0.13050.12160.19570.0706-0.0468-0.1957-0.15630.39840.17730.0203-0.0242-0.0330.09550.01610.067133.57550.38275.0697
30.6318-0.1204-0.1780.94140.81711.4846-0.09450.05110.0342-0.10450.09-0.0419-0.13480.03260.00440.0346-0.0196-0.00690.02390.01060.035416.513829.936762.3378
41.3296-0.7270.35911.85350.99472.4175-0.1193-0.10430.1657-0.0828-0.07950.1785-0.1903-0.39980.19880.02660.0294-0.03980.0879-0.03230.0764-1.736530.843767.0094
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 274
4X-RAY DIFFRACTION3C275 - 795
5X-RAY DIFFRACTION4D0 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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