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- PDB-3jvg: Crystal Structure of chicken CD1-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jvg
タイトルCrystal Structure of chicken CD1-1
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • T-cell surface glycoprotein CD1A1 antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / cd1 / T-Cell / lipid / antigen / Transmembrane / Disulfide bond / Immune response / Immunoglobulin domain / MHC I / Polymorphism / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular region / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / T-cell surface glycoprotein CD1A1 antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dvir, H. / Wang, J. / Zajonc, D.M.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for lipid-antigen recognition in avian immunity.
著者: Dvir, H. / Wang, J. / Ly, N. / Dascher, C.C. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2009年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1A1 antigen
B: T-cell surface glycoprotein CD1A1 antigen
C: Beta-2-microglobulin
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,68716
ポリマ－85,2894
非ポリマー1,39812
水5,909328
1
A: T-cell surface glycoprotein CD1A1 antigen
C: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3438
ポリマ－42,6442
非ポリマー6996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18110 Å2
手法PISA
2
B: T-cell surface glycoprotein CD1A1 antigen
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3438
ポリマ－42,6442
非ポリマー6996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.839, 112.124, 201.773
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1A1 antigen


分子量: 31581.990 Da / 分子数: 2 / 断片: ecto domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CD1A1, chicken cd1.1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf-9 / 参照: UniProt: A5HUM9
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11062.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B2M, beta-2-microglobulin
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF-9 / 参照: UniProt: P21611

-
糖 , 1種, 6分子

#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 334分子

#3: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M NH4F, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→43.1 Å / Num. all: 48254 / Num. obs: 47868 / Observed criterion σ(F): 3.5 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.07

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3dbx

3dbx


解像度: 2.2→43.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 13.191 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25203 2420 5.1 %RANDOM
Rwork0.21573 ---
obs0.21762 45372 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.779 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å2-0 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5738 0 208 328 6274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0226093
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9131.9798246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3855718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71923.488258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.99515945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6631535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8321.53630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64525880
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7432463
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3814.52365
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1056medium positional0.140.5
22C392medium positional0.050.5
11A1019loose positional0.265
22C383loose positional0.25
11B1056medium thermal0.432
22D392medium thermal0.432
11B1019loose thermal0.7910
22D383loose thermal0.6710
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 165 -
Rwork0.237 3207 -
obs--95.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1825-1.27550.0471.29220.3382.0708-0.03470.21030.06020.0946-0.0004-0.0143-0.0421-0.08080.0350.1784-0.0207-0.02220.34240.01260.0168-0.93656.696-2.155
21.40610.2573-1.57142.6606-2.40425.1783-0.0287-0.1208-0.10750.3613-0.06810.08870.04210.02080.09670.3517-0.0218-0.00030.251-0.01260.07429.6336.31426.725
33.72450.832-2.00421.62060.2292.8006-0.03140.1251-0.1081-0.11090.0173-0.06890.1057-0.04820.01410.18790.0168-0.01650.2448-0.00290.0309-4.93654.63144.24
44.0679-0.79111.86011.7595-0.07092.6563-0.0755-0.17910.07840.06080.0303-0.0598-0.127-0.05560.04520.2083-0.01470.02030.2429-0.00790.028915.22957.43520.716
52.06341.0931-0.12241.24720.2281.851-0.0081-0.2387-0.0426-0.0856-0.01490.00770.0154-0.04140.02310.16980.01490.02280.33420.0220.0188-21.22255.18867.575
61.4136-0.6471.75773.8004-1.85133.65770.04310.10590.0329-0.7073-0.13740.0419-0.0620.08410.09430.4320.0431-0.00340.2526-0.02990.0397-10.56575.72838.641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B6 - 179
2X-RAY DIFFRACTION1B1
3X-RAY DIFFRACTION1B283
4X-RAY DIFFRACTION1B284
5X-RAY DIFFRACTION1B285
6X-RAY DIFFRACTION1B286
7X-RAY DIFFRACTION1D99
8X-RAY DIFFRACTION2B180 - 277
9X-RAY DIFFRACTION3C1 - 98
10X-RAY DIFFRACTION4D1 - 98
11X-RAY DIFFRACTION5A6 - 179
12X-RAY DIFFRACTION5A1
13X-RAY DIFFRACTION5A283
14X-RAY DIFFRACTION5A284
15X-RAY DIFFRACTION5A285
16X-RAY DIFFRACTION5A286
17X-RAY DIFFRACTION5A287
18X-RAY DIFFRACTION6A180 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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