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Yorodumi- PDB-4l3c: Structure of HLA-A2 in complex with D76N b2m mutant and NY-ESO1 d... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4l3c | ||||||
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Title | Structure of HLA-A2 in complex with D76N b2m mutant and NY-ESO1 double mutant | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / MHC / beta-2 microglobulin / HLA_A0201 / NY-ESO1 / D76N variant / immunglobulin / beta sandwitch / amyloid aggregation | ||||||
Function / homology | Function and homology information T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding ...T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / early endosome lumen / positive regulation of receptor binding / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / antibacterial humoral response / iron ion transport / T cell receptor signaling pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / innate immune response / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.64 Å | ||||||
Authors | Halabelian, L. / Giorgetti, S. / Bellotti, V. / Bolognesi, M. / Ricagno, S. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2014 Title: Class I Major Histocompatibility Complex, the Trojan Horse for Secretion of Amyloidogenic beta 2-Microglobulin. Authors: Halabelian, L. / Ricagno, S. / Giorgetti, S. / Santambrogio, C. / Barbiroli, A. / Pellegrino, S. / Achour, A. / Grandori, R. / Marchese, L. / Raimondi, S. / Mangione, P.P. / Esposito, G. / ...Authors: Halabelian, L. / Ricagno, S. / Giorgetti, S. / Santambrogio, C. / Barbiroli, A. / Pellegrino, S. / Achour, A. / Grandori, R. / Marchese, L. / Raimondi, S. / Mangione, P.P. / Esposito, G. / Al-Shawi, R. / Simons, J.P. / Speck, I. / Stoppini, M. / Bolognesi, M. / Bellotti, V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4l3c.cif.gz | 2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4l3c.ent.gz | 1.7 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4l3c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/4l3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/4l3c | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4l29C 1s9wS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
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