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- PDB-6h6h: Crystal structures of the murine class I major histocompatibility... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h6h
タイトルCrystal structures of the murine class I major histocompatibility complex H-2Dbm13 in complex with adenovirus-derived peptide Ad10
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2D cell surface glycoprotein
  • SER-GLY-PRO-SER-ASN-THR-PRO-PRO-GLU-ILE
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC class I / adenovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation by virus of viral protein levels in host cell / positive regulation of protein sumoylation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint ...regulation by virus of viral protein levels in host cell / positive regulation of protein sumoylation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / molecular sequestering activity / cellular defense response / Neutrophil degranulation / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / T cell differentiation in thymus / regulation of protein localization / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / protein refolding / protein homotetramerization / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / host cell nucleus / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenovirus early E1A protein / Early E1A protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...Adenovirus early E1A protein / Early E1A protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / Early E1A protein / H-2D cell surface glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
unidentified adenovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Achour, A. / Sandalova, T. / Han, X.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structures of H-2Db and H-2Dbm13 with cancer-associated Ad 10 peptide reveal that subtle changes in the peptide environment impact thermostability and alloreactivity
著者: Abualrous, E.T. / Han, X. / Badia-Martines, D. / Sun, R. / van Hall, T. / Sandalova, T. / Ossendorp, F. / Achour, A.
履歴
登録2018年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2D cell surface glycoprotein
D: H-2D cell surface glycoprotein
B: Beta-2-microglobulin
E: Beta-2-microglobulin
C: SER-GLY-PRO-SER-ASN-THR-PRO-PRO-GLU-ILE
F: SER-GLY-PRO-SER-ASN-THR-PRO-PRO-GLU-ILE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,96223
ポリマ－102,3376
非ポリマー1,62517
水3,513195
1
A: H-2D cell surface glycoprotein
B: Beta-2-microglobulin
C: SER-GLY-PRO-SER-ASN-THR-PRO-PRO-GLU-ILE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,31315
ポリマ－51,1683
非ポリマー1,14512
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
2
D: H-2D cell surface glycoprotein
E: Beta-2-microglobulin
F: SER-GLY-PRO-SER-ASN-THR-PRO-PRO-GLU-ILE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6498
ポリマ－51,1683
非ポリマー4805
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.410, 70.270, 87.050
Angle α, β, γ (deg.)83.98, 86.90, 81.75
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPROPROAA1 - 2761 - 276
21GLYGLYPROPRODB1 - 2761 - 276
12ILEILEMETMETBC1 - 991 - 99
22ILEILEMETMETED1 - 991 - 99

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 H-2D cell surface glycoprotein


分子量: 38466.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1, H-2D, H2-L / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31167
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド SER-GLY-PRO-SER-ASN-THR-PRO-PRO-GLU-ILE


分子量: 998.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified adenovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P03255*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 212分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 1.8M ammonium sulphate, 0.1M Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 42580 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.4→2.57 Å / Rsym value: 0.57

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N5A

1n5a


解像度: 2.4→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 9.329 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.249 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24869 2133 5.1 %RANDOM
Rwork0.20012 ---
obs0.2026 39771 96.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.597 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20.06 Å2-0.04 Å2
2---0.22 Å20.28 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6266 0 87 195 6548
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196540
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.9498888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11313481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3985757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74223.728338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.054151059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2781548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1245.2063046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1245.2063045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0227.7923794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0217.7923795
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4985.6673494
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4975.6673494
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.688.3355094
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.6840.5256992
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.6840.5286991
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A31012
12D31012
21B11650
22E11650
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 158 -
Rwork0.299 2895 -
obs--96.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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