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- PDB-5nq3: 'Porcine (Sus scrofa) Major Histocompatibility Complex, class I, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nq3
タイトル'Porcine (Sus scrofa) Major Histocompatibility Complex, class I, with human beta2 micro globulin, presenting EFEDLTFLA
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • GLU-PHE-GLU-ASP-LEU-THR-PHE-LEU-ALA
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / CD8+ / influenza / swine / SLA
機能・相同性
機能・相同性情報


cRNA Synthesis / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / vRNA Synthesis ...cRNA Synthesis / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / vRNA Synthesis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral Messenger RNA Synthesis / vRNP Assembly / helical viral capsid / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Viral mRNA Translation / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / viral penetration into host nucleus / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / host cell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / viral nucleocapsid / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Homo sapiens (ヒト)
unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Tungatt, K. / Sewell, A.K.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2018
タイトル: Induction of influenza-specific local CD8 T-cells in the respiratory tract after aerosol delivery of vaccine antigen or virus in the Babraham inbred pig.
著者: Tungatt, K. / Dolton, G. / Morgan, S.B. / Attaf, M. / Fuller, A. / Whalley, T. / Hemmink, J.D. / Porter, E. / Szomolay, B. / Montoya, M. / Hammond, J.A. / Miles, J.J. / Cole, D.K. / Townsend, ...著者: Tungatt, K. / Dolton, G. / Morgan, S.B. / Attaf, M. / Fuller, A. / Whalley, T. / Hemmink, J.D. / Porter, E. / Szomolay, B. / Montoya, M. / Hammond, J.A. / Miles, J.J. / Cole, D.K. / Townsend, A. / Bailey, M. / Rizkallah, P.J. / Charleston, B. / Tchilian, E. / Sewell, A.K.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: GLU-PHE-GLU-ASP-LEU-THR-PHE-LEU-ALA
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: GLU-PHE-GLU-ASP-LEU-THR-PHE-LEU-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,81812
ポリマ－89,2836
非ポリマー5346
水14,322795
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: GLU-PHE-GLU-ASP-LEU-THR-PHE-LEU-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8345
ポリマ－44,6423
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: GLU-PHE-GLU-ASP-LEU-THR-PHE-LEU-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9847
ポリマ－44,6423
非ポリマー3424
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.301, 59.696, 66.443
Angle α, β, γ (deg.)81.48, 67.62, 68.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPAA1 - 2761 - 276
21ASPASPDD1 - 2761 - 276
12METMETBB0 - 991 - 100
22METMETEE0 - 991 - 100

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31678.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: SLA-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1PJV3
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド GLU-PHE-GLU-ASP-LEU-THR-PHE-LEU-ALA


分子量: 1084.175 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: P03466*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 801分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: JBS screen, condition A07: 30% MPD, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, 200 mM Ammonium Acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→61.44 Å / Num. obs: 105240 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.57→1.61 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / % possible all: 93.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.36 Å60.78 Å
Translation2.36 Å60.78 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimless0.5.26データスケーリング
xia22.6.1データ削減
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5QQ3

5qq3


解像度: 1.57→61.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.374 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26232 5113 4.9 %RANDOM
Rwork0.21772 ---
obs0.21989 99669 95.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.823 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20.07 Å20.14 Å2
2--0.17 Å20.44 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.57→61.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6290 0 31 795 7116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0196672
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8181.9389070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.058313476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6795799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.50123.611360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.436151094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.821558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2916
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9691.5113166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9691.5113165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.542.2583975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.542.2583976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4741.733506
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.471.733506
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2672.5195096
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.04319.367745
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.88518.3617540
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A183080.07
12D183080.07
21B66560.04
22E66560.04
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 353 -
Rwork0.394 7133 -
obs--92.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0542-0.6545-1.06160.8792-0.0361.4812-0.0254-0.1516-0.08570.07980.0095-0.0074-0.0101-0.02110.01590.0324-0.0201-0.02620.02860.02490.027436.702840.276739.2885
21.2453-0.1372-0.17743.28552.47163.8522-0.033-0.0113-0.16810.31010.00270.00140.43450.02690.03030.0566-0.0151-0.01830.05550.05630.105421.39625.808410.9199
33.0995-1.01281.97451.147-0.84882.3726-0.00160.28160.114-0.1281-0.0039-0.0275-0.12850.11770.00550.0619-0.0162-0.01220.04030.02310.031633.002645.431512.7405
40.9524-0.28120.31222.57410.30661.95640.03030.0653-0.0619-0.17050.00260.03740.0999-0.0008-0.03290.0222-0.0094-0.01320.02710.01960.029350.101221.0034-1.3764
52.8041-0.5034-2.04411.48880.76314.75330.07750.10270.20410.0681-0.10840.1861-0.2793-0.410.03090.081-0.0099-0.02250.07010.01980.105530.718611.508926.9672
60.6171-0.22240.01893.9988-2.43762.67160.0221-0.16620.010.3445-0.0045-0.0771-0.06630.1484-0.01760.0536-0.0019-0.02080.07420.01430.033153.117815.48725.3189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 180
6X-RAY DIFFRACTION4F1 - 9
7X-RAY DIFFRACTION5D181 - 276
8X-RAY DIFFRACTION6E0 - 99

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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