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- PDB-5npz: Porcine (Sus scrofa) Major Histocompatibility Complex, class I, p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5npz
タイトルPorcine (Sus scrofa) Major Histocompatibility Complex, class I, presenting EFEDLTFLA
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • GLU-PHE-GLU-ASP-LEU-THR-PHE-LEU-ALA
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / CD8+ / SLA / swine / Porcine Leukocyte Antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cRNA Synthesis / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cRNA Synthesis / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / vRNA Synthesis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Neutrophil degranulation / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral Messenger RNA Synthesis / vRNP Assembly / helical viral capsid / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Viral mRNA Translation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / viral penetration into host nucleus / phagocytic vesicle membrane / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / host cell / viral nucleocapsid / immune response / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / lysosomal membrane / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / MHC class I antigen / Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Tungatt, K. / Sewell, A.K.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2018
タイトル: Induction of influenza-specific local CD8 T-cells in the respiratory tract after aerosol delivery of vaccine antigen or virus in the Babraham inbred pig.
著者: Tungatt, K. / Dolton, G. / Morgan, S.B. / Attaf, M. / Fuller, A. / Whalley, T. / Hemmink, J.D. / Porter, E. / Szomolay, B. / Montoya, M. / Hammond, J.A. / Miles, J.J. / Cole, D.K. / Townsend, ...著者: Tungatt, K. / Dolton, G. / Morgan, S.B. / Attaf, M. / Fuller, A. / Whalley, T. / Hemmink, J.D. / Porter, E. / Szomolay, B. / Montoya, M. / Hammond, J.A. / Miles, J.J. / Cole, D.K. / Townsend, A. / Bailey, M. / Rizkallah, P.J. / Charleston, B. / Tchilian, E. / Sewell, A.K.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: GLU-PHE-GLU-ASP-LEU-THR-PHE-LEU-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,02311
ポリマ－44,4223
非ポリマー6018
水8,935496
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.034, 128.290, 46.794
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31775.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: SLA-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1PJV3
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Lactollin


分子量: 11563.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07717

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド GLU-PHE-GLU-ASP-LEU-THR-PHE-LEU-ALA


分子量: 1084.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: P03466*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 504分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: TOPS screen, condition B02: 20% PEG 4000, 15% Glycerol, 0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→42.75 Å / Num. obs: 89178 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.7

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
1.43-1.473.10.8810.5680.5621.049
6.4-42.7540.0210.9990.0120.025

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.43 Å41.13 Å
Translation1.43 Å41.13 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PHASER

解像度: 1.43→41.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.206 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.0634 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.067
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2137 4301 4.8 %RANDOM
Rwork0.1841 ---
obs0.1855 84448 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.93 Å2 / Biso mean: 19.018 Å2 / Biso min: 7.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å2-0.05 Å2
2---0.5 Å2-0 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.43→41.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3130 0 39 496 3665
Biso mean--34.78 30.97 -
残基数----385
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8011.944741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04637213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6145431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80423.967184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.38915559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1451527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02865
LS精密化 シェル解像度: 1.429→1.466 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 290 -
Rwork0.362 6118 -
all-6408 -
obs--97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5707-0.1297-0.47030.63340.22271.32710.04390.0480.0554-0.0436-0.02710.0544-0.0102-0.0573-0.01670.0045-0.0032-0.0040.06840.00770.0204-10.43873.2562-8.2784
21.65620.1010.15016.0583-1.66891.75490.0327-0.1022-0.14780.0624-0.01510.38630.1249-0.067-0.01760.0809-0.00450.01950.0853-0.02260.1277-0.4491-30.65290.2216
33.1411-1.4750.44812.2293-0.06961.3479-0.0586-0.2216-0.11990.12550.083-0.09190.14350.0533-0.02440.0282-0.0073-0.00620.10510.01150.02357.9149-11.03956.6841
400000000000000-00.1618000.161800.1618000
500000000000000-00.1618000.161800.1618000
64.13681.6243-1.01430.96680.04840.87010.07340.00730.16060.07390.1157-0.10850.07710.1265-0.18910.04460.0242-0.00060.2047-0.00580.26955.3149-4.0457-2.9067
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D0 - 180
6X-RAY DIFFRACTION4F1 - 9
7X-RAY DIFFRACTION5D181 - 276
8X-RAY DIFFRACTION6E0 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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