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- PDB-1s7r: Crystal structures of the murine class I major histocompatibility... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s7r
タイトルCrystal structures of the murine class I major histocompatibility complex H-2Kb in complex with LCMV-derived gp33 index peptide and three of its escape variants
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Glycoprotein 9-residue peptide
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / LCMV / MHC class I / immune escape
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / host cell endoplasmic reticulum membrane / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Velloso, L.M. / Michaelsson, J. / Ljunggren, H.G. / Schneider, G. / Achour, A.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2004
タイトル: Determination of structural principles underlying three different modes of lymphocytic choriomeningitis virus escape from CTL recognition.
著者: Velloso, L.M. / Michaelsson, J. / Ljunggren, H.G. / Schneider, G. / Achour, A.
履歴
登録2004年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE CYSTEINE IN THE ORIGINAL SEQUENCE IS REPLACED INTENTIONALLY BY A METHIONINE TO AVOID ...SEQUENCE THE CYSTEINE IN THE ORIGINAL SEQUENCE IS REPLACED INTENTIONALLY BY A METHIONINE TO AVOID OXIDATION OF THE PEPTIDE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Glycoprotein 9-residue peptide
D: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Glycoprotein 9-residue peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,8316
ポリマ－103,8316
非ポリマー00
水1,13563
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Glycoprotein 9-residue peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9163
ポリマ－51,9163
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Glycoprotein 9-residue peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9163
ポリマ－51,9163
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.192, 88.519, 120.026
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31A
41D
51A
61D
71A
81D
91A
101D
111A
121D
131A
141D
151A
161D
171A
181D
191A
201D
211A
221D
231A
241D
251A
261D
271A
281D
291A
301D
311A
321D
12B
22E
32B
42E
52B
62E
72B
82E
92B
102E
112B
122E
132B
142E
152B
162E
172B
182E
192B
202E
13C
23F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYPROPRO1AA1 - 21 - 2
211GLYGLYPROPRO1DD1 - 21 - 2
321SERSERSERSER1AA4 - 924 - 92
421SERSERSERSER1DD4 - 924 - 92
531THRTHRLYSLYS1AA94 - 14494 - 144
631THRTHRLYSLYS1DD94 - 14494 - 144
741VALVALTHRTHR1AA189 - 190189 - 190
841VALVALTHRTHR1DD189 - 190189 - 190
951SERSERCYSCYS1AA193 - 259193 - 259
1051SERSERCYSCYS1DD193 - 259193 - 259
1161VALVALTYRTYR1AA261 - 262261 - 262
1261VALVALTYRTYR1DD261 - 262261 - 262
1371HISHISHISHIS3AA33
1471HISHISHISHIS3DD33
1581HISHISHISHIS3AA9393
1681HISHISHISHIS3DD9393
1791HISHISHISHIS3AA188188
1891HISHISHISHIS3DD188188
19101HISHISHISHIS3AA191191
20101HISHISHISHIS3DD191191
21111HISHISHISHIS3AA260260
22111HISHISHISHIS3DD260260
23121HISHISHISHIS3AA263263
24121HISHISHISHIS3DD263263
25131HISHISHISHIS3AA145145
26131HISHISHISHIS3DD145145
27141HISHISHISHIS3AA192192
28141HISHISHISHIS3DD192192
29151GLNGLNPROPRO1AA264 - 276264 - 276
30151GLNGLNPROPRO1DD264 - 276264 - 276
31161LYSLYSALAALA5AA146 - 187146 - 187
32161LYSLYSALAALA5DD146 - 187146 - 187
112ILEILEARGARG1BB1 - 121 - 12
212ILEILEARGARG1EE1 - 121 - 12
322ILEILEALAALA1BB35 - 6635 - 66
422ILEILEALAALA1EE35 - 6635 - 66
532THRTHRLYSLYS1BB68 - 8368 - 83
632THRTHRLYSLYS1EE68 - 8368 - 83
742ASPASPMETMET1BB85 - 9985 - 99
842ASPASPMETMET1EE85 - 9985 - 99
952HISHISHISHIS3BB3434
1052HISHISHISHIS3EE3434
1162HISHISHISHIS3BB6767
1262HISHISHISHIS3EE6767
1372HISHISHISHIS3BB8484
1472HISHISHISHIS3EE8484
1582HISHISHISHIS3BB1313
1682HISHISHISHIS3EE1313
1792PROPROPHEPHE1BB14 - 3014 - 30
1892PROPROPHEPHE1EE14 - 3014 - 30
19102HISHISPROPRO3BB31 - 3331 - 33
20102HISHISPROPRO3EE31 - 3331 - 33
113ALAALAMETMET1CC2 - 92 - 9
213ALAALAMETMET1FF2 - 92 - 9

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / H-2KB


分子量: 39200.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K / プラスミド: PET-3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2M / プラスミド: PET-3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド Glycoprotein 9-residue peptide


分子量: 1011.215 Da / 分子数: 2 / Mutation: F6L / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized, the sequence of the peptide is naturally found in Lymphocytic choriomeningitis virus
参照: UniProt: P07399
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: sodium/potassium phosphate, Methyl pentane diol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.097 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月29日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.097 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→25 Å / Num. all: 22159 / Num. obs: 20741 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.95→3.1 Å / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1N59

1n59


解像度: 2.95→24.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.87 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.807 / SU B: 22.341 / SU ML: 0.425 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.505 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28961 1041 5 %RANDOM
Rwork0.23905 ---
all0.24 22159 --
obs0.24165 19684 93.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.203 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.19 Å20 Å22.18 Å2
2---4.87 Å20 Å2
3---0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→24.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6276 0 0 63 6339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0216460
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025588
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.9388772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.902313038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7885762
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2470.26981
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.23704
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2550.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2780.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0370.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7021.53836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33926198
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.54932624
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7044.52574
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A3507tight positional0.030.05
2B1477tight positional0.030.05
3C118tight positional0.020.05
1A248medium positional0.130.5
1A497loose positional0.195
2B68loose positional0.115
1A3507tight thermal0.060.5
2B1477tight thermal0.070.5
3C118tight thermal0.060.5
1A248medium thermal0.512
1A497loose thermal1.0610
2B68loose thermal0.5510
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.364 61
Rwork0.289 1373
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5409-0.2771-0.31650.4412-0.20040.30550.14520.0397-0.0077-0.0281-0.11210.00940.03660.0403-0.03310.11520.004-0.0380.20510.00280.2836-1.010513.965349.2604
21.52851.77570.72875.1898-0.1565-0.3190.06660.1689-0.1566-0.68890.0536-0.0349-0.21840.0027-0.12020.2260.0346-0.01370.2581-0.01580.239311.9001-18.237440.4002
32.9791-1.99290.74992.6013-1.27911.81110.0829-0.1208-0.1201-0.064-0.05870.1331-0.12450.1408-0.02410.0129-0.0161-0.05530.1748-0.010.2774.128-9.645159.3717
415.5601-5.463923.419212.72091.4726-7.2391.563-0.65391.05530.4494-0.9129-1.3938-1.1435-0.6067-0.65010.2591-0.11110.15590.2640.05560.2735-2.776220.154349.4433
50.30450.4607-0.36551.57360.11391.3801-0.02160.026-0.0357-0.0233-0.09070.02460.14940.02780.11230.48140.01590.07450.3501-0.01750.274618.7414-3.21569.0581
61.1737-0.4741-0.34844.3551-0.78911.28210.22760.01060.18230.0722-0.11540.3064-0.1574-0.0059-0.11230.2622-0.05850.02320.3583-0.02570.257919.606228.994524.6769
71.46451.2913-1.03232.23530.0212.1925-0.07110.01070.0208-0.3143-0.0832-0.1691-0.02520.13270.15430.49020.07470.04590.31340.06210.271929.82120.41536.894
811.9024-8.079823.767912.1528-23.692732.56090.86761.0741-0.6944-0.8491-0.7281-0.78991.86740.9379-0.13950.30620.0617-0.00780.36510.08330.456917.8129-9.41017.538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1821 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2AA183 - 276183 - 276
3X-RAY DIFFRACTION3BB1 - 991 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4CC1 - 91 - 9
5X-RAY DIFFRACTION5DD1 - 1821 - 182
6X-RAY DIFFRACTION6DD183 - 276183 - 276
7X-RAY DIFFRACTION7EE1 - 991 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8FF1 - 91 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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