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- PDB-2mha: CRYSTAL STRUCTURE OF THE MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mha
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I H-2KB MOLECULE CONTAINING A SINGLE VIRAL PEPTIDE: IMPLICATIONS FOR PEPTIDE BINDING AND T-CELL RECEPTOR RECOGNITION
要素
  • BETA 2-MICROGLOBULIN
  • CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (H-2KB) (ALPHA CHAIN)
  • VIRAL OCTAPEPTIDE ARG-GLY-TYR-VAL-TYR-GLN-GLY-LEU
キーワードHISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class Ib protein complex / natural killer cell lectin-like receptor binding / TAP2 binding / TAP1 binding / cis-Golgi network membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / ER-Phagosome pathway ...MHC class Ib protein complex / natural killer cell lectin-like receptor binding / TAP2 binding / TAP1 binding / cis-Golgi network membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / ER-Phagosome pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / regulation of membrane depolarization / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / helical viral capsid / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / inner ear development / CD8 receptor binding / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / MHC class I protein binding / TAP binding / cellular defense response / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / T cell receptor binding / Neutrophil degranulation / 14-3-3 protein binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / antibacterial humoral response / protein-folding chaperone binding / protein refolding / cellular response to lipopolysaccharide / viral nucleocapsid / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / defense response to Gram-negative bacterium / host cell cytoplasm / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / early endosome / defense response to bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / ribonucleoprotein complex / receptor ligand activity / Golgi membrane / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / innate immune response / lysosomal membrane / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / : / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Vesicular stomatitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, W. / Young, A.C.M. / Imarai, M. / Nathenson, S.G. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Crystal structure of the major histocompatibility complex class I H-2Kb molecule containing a single viral peptide: implications for peptide binding and T-cell receptor recognition.
著者: Zhang, W. / Young, A.C. / Imarai, M. / Nathenson, S.G. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録1993年7月21日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (H-2KB) (ALPHA CHAIN)
B: BETA 2-MICROGLOBULIN
C: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (H-2KB) (ALPHA CHAIN)
D: BETA 2-MICROGLOBULIN
E: VIRAL OCTAPEPTIDE ARG-GLY-TYR-VAL-TYR-GLN-GLY-LEU
F: VIRAL OCTAPEPTIDE ARG-GLY-TYR-VAL-TYR-GLN-GLY-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5026
ポリマ－87,5026
非ポリマー00
水00
1
A: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (H-2KB) (ALPHA CHAIN)
B: BETA 2-MICROGLOBULIN
E: VIRAL OCTAPEPTIDE ARG-GLY-TYR-VAL-TYR-GLN-GLY-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7513
ポリマ－43,7513
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
2
C: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (H-2KB) (ALPHA CHAIN)
D: BETA 2-MICROGLOBULIN
F: VIRAL OCTAPEPTIDE ARG-GLY-TYR-VAL-TYR-GLN-GLY-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7513
ポリマ－43,7513
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.900, 92.200, 67.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 210, PRO B 32, PRO C 210 AND PRO D 32 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (H-2KB) (ALPHA CHAIN)


分子量: 31090.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質 BETA 2-MICROGLOBULIN


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド VIRAL OCTAPEPTIDE ARG-GLY-TYR-VAL-TYR-GLN-GLY-LEU


分子量: 956.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vesicular stomatitis virus (ウイルス)
属: Vesiculovirus / 参照: UniProt: P11212
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.2 Mmagnesium acetate1reservoir
20.1 Mcacodylate1reservoir
312-15 %PEG80001reservoir

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 19176 / % possible obs: 79.5 % / Observed criterion σ(I): 3.34

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→54.2 Å / Rfactor Rwork: 0.184 / Rfactor obs: 0.184
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→54.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6160 0 0 0 6160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.94
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. reflection obs: 19176 / σ(I): 3.34 / Rfactor obs: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d2.94
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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