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万見
- PDB-1okx: Binding Structure of Elastase Inhibitor Scyptolin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1okx
タイトルBinding Structure of Elastase Inhibitor Scyptolin A
要素
  • ELASTASE 1
  • SCYPTOLIN A
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / ELASTASE / INHIBITOR / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SCYPTOLIN A / Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
SCYTONEMA HOFMANNI (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Matern, U. / Schleberger, C. / Jelakovic, S. / Weckesser, J. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2003
タイトル: Binding Structure of Elastase Inhibitor Scyptolin A
著者: Matern, U. / Schleberger, C. / Jelakovic, S. / Weckesser, J. / Schulz, G.E.
履歴
登録2003年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42019年7月31日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ELASTASE 1
B: ELASTASE 1
C: SCYPTOLIN A
D: SCYPTOLIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8274
ポリマ－53,8274
非ポリマー00
水1,892105
1
A: ELASTASE 1
C: SCYPTOLIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9142
ポリマ－26,9142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ELASTASE 1
D: SCYPTOLIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9142
ポリマ－26,9142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)155.890, 155.890, 91.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.914185, -0.335757, 0.227008), (-0.328652, -0.941884, -0.069582), (0.237178, -0.010996, -0.971404)
ベクター: -1.795, 6.464, 20.247)

-
要素

#1: タンパク質 ELASTASE 1 / ELA1


分子量: 25928.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: タンパク質・ペプチド SCYPTOLIN A


タイプ: Polypeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 985.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SCYTONEMA HOFMANNI (バクテリア) / 株: PCC7110 / 参照: SCYPTOLIN A
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: HYDROLYSIS OF PROTEINS, INCLUDING . ELASTIN PREFERENTIAL CLEAVAGE: ALA-|-XAA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化pH: 5 / 詳細: PH 5.00
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mMsodium acetate1droppH5.0
218 mg/mlprotein1drop
30.42 Msodium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200B / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.29 Å / Num. obs: 16453 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 6.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.133
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / Num. unique obs: 999 / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 5.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ELB

1elb


解像度: 2.8→19.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 5269536.9 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1645 10 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 16451 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.37 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å24.18 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3780 0 0 105 3885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 269 10 %
Rwork0.264 2424 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DRGCNS.PARDRGCNS.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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