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日本薬学会第138年会 PDBjランチョンセミナー

開催日:
2018(平成30)年3月27日(火)
開催場所:
ホテル金沢 ダイヤモンドC
演者・演題:
  • 栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所 教授)
    PDBjとwwPDBの活動方針について[PDF]
  • 川端猛(大阪大学蛋白質研究所 准教授)
    PDBjのサービスを用いた複合体立体構造の検索とモデリング[PDF]

ConBio2017(2017年度生命科学系学会合同年次大会)

当学会のフォーラムにてPDBjの紹介も行いました。

フォーラム「生命科学のデータベース活用法」

ゲノム、エピゲノム、タンパク質立体構造、プロテオーム、糖鎖、微生物、生命動態など生命科学における様々な種類のデータについて、 「どんなDB があるのか知りたい」、「入手したデータを十二分に活用したい」、といったご要望にお応えするためのDB やツールを紹介します。

開催日:
2017(平成29)年12月9日(土)
開催場所:
第7会場(神戸ポートピアホテル 本館 地下1階 布引)
PDBjからの発表者::
鈴木 博文(大阪大学蛋白質研究所・特任助教) [PDF]
オーガナイザー:
科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
その他資料
  • チラシ [PDF]

サイエンスアゴラ2017 -in 東京-

サイエンスアゴラはサイエンスについてのおもしろいこと、気になることを発見し、一緒に楽しみ、語り合い、共有するマルチイベントです。

開催日:
2017(平成29)年11月24日(金)~26日(日)
開催場所:
テレコムセンタービル(東京お台場)
出展内容

生命をささえるタンパク質の「かたち」

「見る」「さわる」「つくる」といったさまざまな体験を通じてタンパク質の「かたち」の多様性と重要性を実感していただけるような企画を提供し、生体分子への理解を深めてもらうことを目指しています。 具体的には下記内容の出展を行いました。

  1. 実際にPDBjのデータベースへアクセスして様々なタンパク質分子をCGで立体視する
  2. 3Dプリンタでつくった分子モデルを「さわる」
  3. ペーパークラフトで分子模型を「つくる」

またこれらの「かたち」を明らかにするための技術として、大型放射光施設や今年のノーベル賞の受賞理由となった高性能電子顕微鏡をわかりやすく紹介します。

その他資料

平成29年度 日本結晶学会年会および会員総会・PDBj ランチョンセミナー

開催日:
2017(平成29)年11月24日(金)
開催場所:
JMSアステールプラザ(広島市)
演者・演題:
  • 栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所)
    PDBjとwwPDBの活動方針について(Recent activities of PDBj and wwPDB)[PDF]
  • 中川 敦史(大阪大学蛋白質研究所)
    Protein Data Bankの新しい登録システムと構造評価ツール(New deposition system and a validation tool of Protein Data Bank)[PDF]
その他資料

トーゴーの日シンポジウム2017

開催日:
2017(平成29)年10月4日(水)、5日(木)
開催場所:
東京大学弥生講堂一条ホール アネックス
口頭発表:
  • 10月5日(木)10:00-10:15
    栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所)
    蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 [PDF]
ポスター発表:
  • 藤 博幸(関西学院大学理工学部)
    No. 24「ASH Viewerの開発」[PDF]
  • 栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所)
    No. 25「蛋白質構造データバンク(PDBj)の検証高度化と統合化」[PDF]
  • 小林 直宏(大阪大学蛋白質研究所)
    No. 26「PDBj-BMRBにおける統合化データベースの取り組み:高度なWEB検索表示機能への応用」[PDF]

第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2017) ・PDBjランチョンセミナー

開催日:
2017(平成29)年9月27日(水)
開催場所:
北海道大学情報科学研究科棟
演者・演題:
  • 栗栖 源嗣(大阪大学 蛋白質研究所)
    PDBjとwwPDBの活動方針について [PDF]
  • 城田 松之(東北大学大学院医学系研究科)、木下賢吾(東北大学大学院情報科学研究科)
    PDBjを利用したデータベース構築の事例紹介 [PDF]
その他資料
  • セミナー要旨 [PDF](477KB)

第55回日本生物物理学会年会・PDBjランチョンセミナー

開催日:
2017(平成29)年9月21日(木)
開催場所:
熊本大学 黒髪北地区
演者・演題:
  • 栗栖 源嗣(大阪大学 蛋白質研究所)
    Recent activities of PDBj and wwPDB(PDBjとwwPDBの最近の活動について)[PDF]
  • 金城 玲(大阪大学 蛋白質研究所)
    Querying the PDBj Mine2 relational database(PDBj Mine2 関係データベースを検索する)[PDF]
  • 鈴木 博文(大阪大学 蛋白質研究所)
    Situation, utilization and visualization of cryo-EM structure data(クライオ電子顕微鏡データの現状、見方、使い方)[PDF]
その他資料
  • セミナー要旨 [PDF](1.8MB)

第17回蛋白質科学会年会・PDBjランチョンセミナー

開催日:
2017(平成29)年6月22日(木)
開催場所:
仙台国際センター
演者・演題:
  • 栗栖 源嗣(大阪大学 蛋白質研究所)
    Recent activities of PDBj and wwPDB(PDBjとwwPDBの最近の活動について)[PDF]
  • Gert-Jan Bekker(大阪大学 蛋白質研究所)
    Molmil: A versatile WebGL based molecular viewer(モル見る:WebGLを使用の多彩な分子ビュアー)[PDF]
  • 小林 直宏(大阪大学 蛋白質研究所)
    NMR database and analysis in AI generation(人工知能世代のNMRデータベースと解析)[PDF]
その他資料
  • セミナー要旨 [PDF](659KB)

All-in-one 合同講習会 2017 ~生命科学の最先端に触れてみよう~

開催日:
2017(平成29)年5月27日(土)
開催場所:
三島市民文化会館(ゆうゆうホール) 小ホール(静岡県三島市)
プログラム(PDBj分のみ抜粋):
  • 鈴木 博文(大阪大学 蛋白質研究所)
    「生命の素子」のカタチのデータベース: 蛋白質構造データバンク [動画]
その他資料

第54回日本生物物理学会年会・PDBjランチョンセミナー

開催日:
2016(平成28)年11月25日(金)
開催場所:
つくば国際会議場
演者・演題:
  • 中村 春木(大阪大学 蛋白質研究所)
    New issues in the wwPDB and the PDBj(wwPDBとPDBにおける新しい話題について)[PDF]
  • 鈴木 博文(大阪大学 蛋白質研究所)
    Electron microscopy data in PDB and EMDB - deposition and browsing(EMDBとPDBにおける電子顕微鏡データ-登録と閲覧)[PDF]
  • 小林 直宏(大阪大学 蛋白質研究所)
    New generation of NMR analysis assisted by Deep Learning and highly sophisticated Web-tools developed by PDBj-BMRB(PDBj-BMRBにより開発された深層学習により支援された次世代NMR解析と高度化されたWebツール)[PDF]
その他資料
  • セミナー要旨 [PDF](405KB)

日本結晶学会平成28年度年会・PDBjランチョンセミナー

開催日:
2016(平成28)年11月18日(金)
開催場所:
茨城県立県民文化センター
演者・演題:
  • 栗栖 源嗣(大阪大学 蛋白質研究所)
    PDBjとwwPDBの活動について [PDF]
  • 中川 敦史(大阪大学 蛋白質研究所)
    Protein Data Bankの新しい登録システムと構造評価ツール [PDF]
その他資料

サイエンスアゴラ2016 -in 東京-

サイエンスアゴラはサイエンスについてのおもしろいこと、気になることを発見し、一緒に楽しみ、語り合い、共有するマルチイベントです。

開催日:
2016(平成28)年11月3日(木・祝)~6日(日)
開催場所:
日本科学未来館(東京お台場)
出展内容

生命をささえるタンパク質の「かたち」

  1. 実際にPDBjのデータベースへアクセスして様々なタンパク質分子をCGで立体視する
  2. 3Dプリンタでつくった分子モデルを「さわる」
  3. ペーパークラフトで分子模型を「つくる」
  4. タンパク質の実物を使って光る絵をかいてみる
その他資料

第5回生命医薬情報学連合大会・PDBjランチョンセミナー

開催日:
2016(平成28)年10月1日(土)
開催場所:
東京国際交流館「プラザ平成」
演者・演題:
  • 金城 玲(大阪大学 蛋白質研究所)
    PDBj Mine関係データベースを利用したデータ解析(Data analysis using the PDBj Mine relational database)[PDF]
  • 横地 政志(大阪大学 蛋白質研究所)
    BMRBに登録されたNMRデータの検索 - SPARQLクエリを中心にして(How to retrieve NMR data archived at BMRB with SPARQL)[PDF]
その他資料

All-in-one 合同講習会 2016 ~バイオビッグデータ解析入門~

開催日:
2016(平成28)年7月23日(土)
開催場所:
VisLab OSAKA(グランフロント大阪 北館タワーC 9F、大阪市北区)
プログラム(PDBj分のみ抜粋):
  • 工藤 高裕(大阪大学 蛋白質研究所)
    立体構造データの検索・可視化法 [動画]
  • 川端 猛(大阪大学 蛋白質研究所)
    ホモロジー・モデリングによるタンパク質の立体構造予測[動画]
その他資料

PDBj&JAICI合同ランチョンセミナー

第16回日本蛋白質科学会年会にて、PDBjとJAICI(化学情報協会)は合同ランチョンセミナーを実施致しました。

開催日:
2016(平成28)年6月7日(火)
開催場所:
福岡国際会議場
演者・演題:
  • 小林 直宏(大阪大学蛋白質研究所)
    Application of the integrated NMR database in protein science(統合化されたNMRデータベースの蛋白質研究への有効利用)[PDF]
  • Stephen Maginn(ケンブリッジ結晶学データセンター(英))
    The Cambridge Structural Database(CSD)‐ a vital resource for structural chemistry and biology(ケンブリッジ結晶構造データベース(CSD)‐ 生命構造化学の重要なリソース)[PDF]
その他資料
  • セミナー要旨 [PDF](720KB)

大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント

大阪大学創立記念祭「いちょう祭」にて、タンパク質などの生体分子をより知って頂くためのさまざまな展示・実習・実演を行いました。

開催日:
2016(平成28)年5月1日(日)
開催場所:
大阪大学蛋白質研究所
内容:

タンパク質分子の『立体構造にさわる』体験をしてみよう

  • でタンパク質分子を作ってみよう!
  • 3Dプリンタを使って、タンパク質分子の出力を実演します!
  • 3Dメガネとパソコン・タブレットを使って、タンパク質分子を立体的に見てみよう!
その他資料
  • いちょう祭について、詳しくは、大阪大学HPのイベント情報をご覧下さい。

H27年度 PDBj & 創薬等PF情報拠点VaProS第4回利用講習会

開催日:
2016(平成28)年3月15日(火)
開催場所:
大阪大学蛋白質研究所
演者・演題:
  • 中村 春木(大阪大学蛋白質研究所)
    はじめに
  • 工藤 高裕(大阪大学蛋白質研究所)
    PDBデータの検索・見方 [PDF]
  • 鈴木 博文(大阪大学蛋白質研究所)
    タンパク質の立体構造を見る [PDF]
  • 川端 猛(大阪大学蛋白質研究所)
    UCSF ChimeraとMODELLERを用いたホモロジー・モデリング [PDF]
  • 川端 猛(大阪大学蛋白質研究所)
    HOMCOSサーバを用いた複合体立体構造の検索とモデリング [PDF]
  • 池尾 一穂(国立遺伝学研究所)
    VaProSでなにができるのか? -遺伝子から相互作用まで- [PDF]
  • 木下 賢吾(東北大学大学院情報科学研究科)
    天然リガンドデータベースと遺伝子共発現データベースの紹介
その他資料
  • 講習会要旨 [PDF]

H27年度日本結晶学会年会・PDBjランチョンセミナー

開催日:
2015(平成27)年10月18日(日)
開催場所:
大阪府立大学 中百舌鳥キャンパス
演者・演題:
  • 中村 春木(大阪大学蛋白質研究所)
    PDBjとwwPDBの活動について [PDF]
  • 中川 敦史(大阪大学蛋白質研究所)
    Protein Data Bankの新しい登録システムと構造評価ツール [PDF]

第53回日本生物物理学会年会・PDBjランチョンセミナー

開催日:
2015(平成27)年9月13日(日)
開催場所:
金沢大学 角間キャンパス
演者・演題:
  • 岩崎 憲治(大阪大学蛋白質研究所)
    Rapid advancement of high-resolution cryo-EM intrudes a database of atomic coordinates(急速な高分解能クライオ電子顕微鏡の進歩による原子座標データベースの増加)[PDF]
  • 中川 敦史(大阪大学蛋白質研究所)
    New deposition system and a validation tool of Protein Data Bank(Protein Data Bankの新しい登録システムと構造評価ツール)[PDF]
  • 金城 玲(大阪大学蛋白質研究所)
    Introduction to Structural Life Science Data Cloud(構造生命科学データクラウドの紹介)[PDF]
その他資料
  • 講習会要旨 [PDF]

初めての All-in-one 合同講習会〜生命科学DB・ツールの使い方

開催日:
2015(平成27)年7月18日(土)
開催場所:
大阪大学中之島センター
プログラム(PDBj分のみ抜粋):
  • 工藤 高裕(大阪大学 蛋白質研究所)
    PDBデータの検索・見方 [PDF]
  • 川端 猛(大阪大学 蛋白質研究所)
    ゲノム配列と蛋白質立体構造の統合的検索とモデリング [PDF]
その他資料

第15回日本蛋白質科学会年会・PDBj&創薬等支援技術基盤プラットフォームランチョンセミナー

開催日:
2015(平成27)年6月24日(水)
開催場所:
あわぎんホール(徳島市)
演者・演題:
  • 中村 春木(大阪大学 蛋白質研究所)
    日本と世界の蛋白質構造データバンク: PDBjとwwPDB [PDF]
  • 小林 直宏(大阪大学蛋白質研究所)
    BMRB と他の生命科学系データベースとの統合的検索 [PDF]
  • 川端 猛(大阪大学蛋白質研究所)
    HOMCOS: 複合体立体構造の検索・モデリングサーバ [PDF]
その他資料
  • 講習会要旨 [PDF]

H27年 PDBjing & 創薬等情報拠点講習会 『見てわかるタンパク質-生命科学のための立体構造データの利用法』

開催日:
2015(平成27)年6月13日(土)
開催場所:
国立研究開発法人 科学技術振興機構 東京本部別館 2階セミナー室
演者・演題:
  • 中村 春木(大阪大学 蛋白質研究所)
    PDBjとwwPDBの活動について [PDF]
  • 工藤 高裕(大阪大学蛋白質研究所)
    PDBjからの構造情報の取得‐PDBj Mineの使い方 [PDF]
  • 鈴木 博文(大阪大学蛋白質研究所)
    PDBjからの構造情報の取得2-ブラウザと構造ビューアで3次元構造を眺める [PDF]
  • 川端 猛(大阪大学蛋白質研究所)
    UCSF ChimeraとModellerを用いたホモロジー・モデリングとHOMCOSサーバによる複合体立体 構造の検索・モデリング [PDF]
  • 猿渡 茂(北里大学 理学部物理学科)
    ProModeとその利用法 [PDF]
その他資料
  • 講習会要旨 [PDF]

第56回大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント

大阪大学いちょう祭にてタンパク質分子について知って頂くきっかけとなる様々な展示・実習・実演を行いました。

開催日:
2015(平成27)年5月2日(土)
開催場所:
大阪大学蛋白質研究所
内容:

タンパク質分子の『かたち』を見てみよう

  • 3Dメガネを使って、タンパク質分子を立体的に見てみよう!
  • 紙でタンパク質分子を作ってみよう!
  • 3Dプリンタによるタンパク質分子の出力実演
その他資料
  • いちょう祭について、詳しくは、大阪大学HPのイベント情報をご覧下さい。

大阪大学蛋白研セミナー/PDBj&創薬等情報拠点講習会『見てわかるタンパク質-生命科学のための立体構造データの利用法』

(2015年2月20日(金) 大阪大学蛋白質研究所)

講習会プログラム (要旨:PDF

  1. PDBデータの検索・見方
    講師:工藤 高裕 (大阪大学蛋白質研究所)
  2. ブラウザと構造ビューアで3次元構造を眺める
    講師:鈴木 博文 (大阪大学蛋白質研究所)
  3. ホモロジー・モデリングの基礎と複合体立体構造の検索・モデリング
    講師: 川端 猛 (大阪大学蛋白質研究所)

平成26年度日本結晶学会年会 ランチョンセミナー

(2014年11月3日(月・祝日) 東京大学農学部)

講演プログラム (要旨:PDF

  1. wwPDB とPDBj が担うPDB活動の現状
    講師: 栗栖 源嗣 (大阪大学蛋白質研究所)
  2. "新しい"PDBフォーマットPDBx/mmCIFの基礎
    講師: 伊藤 暢聡 (東京医科歯科大学)

BioJapan 2014

(2014年10月15日(水)~17日(金) パシフィコ横浜)

バイオ産業に関する展示会「BioJapan 2014」のJST-NBDC出展コーナーにPDBjもブース出展を行いました。

ポスター PDF (3.5MB)


トーゴーの日シンポジウム2014

(2014年10月5日(日) 時事通信ホール(東京都中央区))

口頭発表 (講演プログラム)

  1. 17:15-17:35 「PDBj とPDBj-BMRB における生体高分子の構造とダイナミクス情報」
    講師: 藤原 敏道(大阪大学蛋白質研究所)

ポスター発表 (一覧・詳細)

  1. No. 33 「蛋白質構造データバンク(PDBj)の高度化と統合的運用」
    講師: 金城 玲(大阪大学蛋白質研究所)
  2. No. 34 「Metabolonote: 生体高分子NMRデータベース(BioMagResBank)における統合化と関連ツール群」
    講師: 小林 直宏(大阪大学蛋白質研究所)

PDBj & 創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業・情報拠点 ランチョンセミナー
”ビッグデータ時代における構造生命科学:ゲノム情報の蛋白質構造によるアノテーション”

(2014年10月3日(金) 仙台国際センター)

講演プログラム(要旨:PDF

  1. PDBj とwwPDBの活動
    講師: 中村 春木 (大阪大学蛋白質研究所)
  2. HOMCOSサーバを用いた複合体立体構造の検索とモデリング
    講師: 川端 猛 (大阪大学蛋白質研究所)
  3. 「ゲノム変異解釈への立体構造情報の活用」
    講師: 木下 賢吾 (東北大学大学院)

H26年度 講習会「見てわかるタンパク質 - 生命科学における立体構造データの利用法」

(2014年10月1日(水) 東北大学)

日本蛋白質構造データバンク(PDBj)および創薬等支援技術プラットフォーム事業・情報拠点で開発しているウェブサービスの使い方などを解説する講習会を開催しました。

講習会プログラム(要旨:PDF

  1. 13:00~ 受付開始
  2. 13:10-14:15 「PDBデータの検索・見方
    講師:工藤 高裕 (大阪大学蛋白質研究所)
  3. 14:20-15:40 「新しいPDBデータの読み解き方
    講師:金城 玲 (大阪大学蛋白質研究所)
  4. 15:45-17:15 「HOMCOSサーバを用いた複合体立体構造の検索とモデリング
    講師:川端 猛 (大阪大学蛋白質研究所)

第52回生物物理学会年会

(2014年9月25日(木) ‐27日(土) 札幌コンベンションセンター)

<PDBj ランチョンセミナー>


統合データベース講習会・AJACS阿波

日時 平成26年8月20日(水)9:10‐17:45
会場 徳島大学医学部 基礎第一講義室
対象 生命科学分野のデータベースを利用したい方、研究に役立てたい方
参加費 無料
定員 約 30 名
主催 科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
共催 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
徳島大学大学院ヘルスバイオサイエンス研究部総合研究支援センター
徳島大学大学院ヘルスバイオサイエンス研究部医学研究者養成コース
徳島大学概算事業「ライフ・イノベーションを推進できる医療人育成のための新たな基礎医学実習の構築」
備考

講習会ではPCを使用しますので、各自PCをご持参下さい。

講習会プログラム

詳細は http://events.biosciencedbc.jp/training/ajacs49 をご覧下さい

  1. 9:10-11:10 「蛋白質立体構造データの使い方
    講師:金城 玲(大阪大学蛋白質研究所)

    【講義概要】PDBjのウェブサイトを利用して、蛋白質の立体構造情報の検索、立体構造の可視化、構造データの読み取り方、機能情報の解析法などの解説と実習を行います。

  2. 11:20-12:40 「NBDCの紹介とNBDCが提供するサービス」
    講師:櫛田 達矢(NBDC)
  3. 14:00-15:30「KEGG PATHWAYを中心としたKEGG、GenomeNetの使い方 およびメタボローム関連データベースの紹介」
    講師:時松 敏明(DBCLS)
  4. 15:45-17:45「遺伝子発現 DB・解析ツールの紹介」
    講師:小野 浩雅(DBCLS)

第14回日本蛋白質科学会年会

(2014年6月25日(水) ‐27日(金) ワークピア横浜)

<PDBjランチョンセミナー>


第12回 日韓中バイオインフォマティクストレーニングコース@Jeju,Korea

(2014年6月17日(火)-20日(金) Ocean Suites Hotel)

韓国済州島にて、今年で12回目を迎える日韓中バイオインフォマティクストレーニングコースが開催されました。


The 4th Asia Pacific Protein Association (APPA) Conference

(2014年5月17日(土)- 20日(火)Jeju 国際会議場(International Convention Center Jeju, Korea))

第55回大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント

(2014年5月3日(土・祝) 13時-16時30分 大阪大学蛋白質研究所 附属蛋白質解析先端研究センター4階)

PDBjは、大阪大学いちょう祭にて施設・研究紹介を行いました。 生体分子を一般の方にも分かりやすく紹介するソフト『万見プライム』を使って、”タンパク質のかたち”をご覧頂き、かたちを知ることがどんなことに役立つのかをご紹介しました。(詳細プログラム)


第36回日本分子生物学会年会 ブース展示 -in 神戸-

(2013年12月3日(火)-5日(木) 神戸国際展示場)

バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)特別企画においてPDBj の最近の活動とデータベースについてご紹介しました。


サイエンスアゴラ2013 -in 東京-

(2013年11月9日(土)・10日(日) 日本科学未来館)

サイエンスアゴラにて、PDBj は「たんぱく質のかたち」をテーマに、3D画像をつかった企画展示を行いました。蛋白質の立体構造や解析について、イメージを膨らませて頂けるきっかけとなれば幸いです。

赤青メガネ(アナグリフ用3Dメガネ)は一般に販売されており、ウェブ上にも赤青メガネを使ってご覧いただけるコンテンツが多数あります。 「アナグリフ メガネ」「赤青 立体メガネ」などのキーワードでウェブで検索すると、100円から1000円程度の価格で販売しているサイトや、安価な材料での自作法を紹介しているサイトが見つかります。


第51回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー -in 京都-

(2013年10月28日(月) 京都国際会館)
  • 「Activities of PDBj and wwPDB: A new PDB format, Data Deposition, Validation, and Data Integration」
    講師:中村 春木 (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 8.0MB) ]
  • 「The new PDBj web Interface: Customizable, Modern and User-friendly」
    講師:Gert-Jan Bekker (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 5.0MB) ]
  • 「PDBj-BMRB: Publishing NMR Spectroscopy Derived Data of BioMagResBank in Structured Data Formats, XML and RDF」
    講師:横地 政志 (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 4.1MB) ]

2013年日本結晶学会年会 ランチョンセミナー -in 熊本-

(2013年10月13日(日) 熊本大学)
  • 「PDBj(PDB Japan)の活動とwwPDB」
    講師:中村 春木 (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 6.4MB) ]
  • 「PDB (Protein Data Bank)への登録について」
    講師:中川 敦史 (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 2.6MB) ]

トーゴーの日シンポジウム2013

(2013年10月4日(金)時事通信ホール(東京都中央区))

ライフサイエンス分野のデータベース統合にまつわる問題をともに考え、議論を深めるため科学技術振興機構(JST)バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)主催で開催された「トーゴーの日シンポジウム2013」で、PDBに関するデータ統合化について紹介致しました。

  • PDBj とwwPDBにおける蛋白質構造データ統合化
    中村 春木(大阪大学蛋白質研究所)

平成25年度PDBj 講習会 -in 大阪-

(2013年8月23日(金) 大阪大学中之島センター)

PDBj のサービスを多くの方にご利用いただくために、講義とPCを用いた実習形式の講習会を行いました。

  • 「PDBデータの検索・見方」
    講師:工藤 高裕 (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 17MB) ]
  • 「万見(Yorodumi)で3次元構造を眺める」
    講師:鈴木 博文 (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 13MB) ]
  • 「SEALAの利用法」
    講師:藤 博幸 (産総研・生命情報工学センター) [ 講演資料 (pdf 14MB) ]
  • 「PDBデータの読み解き方:mmCIFとPDBML」
    講師:金城 玲 (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 1.7MB)] 
  • 「クラウドコンピューティング、仮想化技術と生体高分子NMRデータベースの利用法 」
    講師:小林 直宏 (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 4.4MB)]

講習会要旨(pdf 168KB)、 講習会プログラム (pdf 387KB)もご覧ください。


第11回 日韓中バイオインフォマティクストレーニングコース -in 蘇州-

(2013年6月18日(火) 中国・蘇州大学)
  • 「On the optimal contact potential and sequence conservation modes of proteins」
    講師:金城 玲 (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 2.4MB) ]

その他の講演資料は、公式案内ページのプログラムからもご覧いただけます(英語)


2013年日本蛋白質科学会年会 ランチョンセミナー -in 鳥取-

(2013年6月12日(水) とりぎん文化会館)
  • 「Introducing PDBj's new web interface: Smart, Customizable & Futuristic」
    講師:Gert-Jan Bekker (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 7.8MB) ]  
  • 「生体高分子NMRデータバンク(BMRB)新ポータルサイト: データ解析、登録支援、データベースの活用」
    講師:岩田 武史 (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 4.4MB) ]  
  • 「PDBの”新”フォーマット」
    講師:金城 玲 (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 1.0MB) ]

各講演の要旨は、発表の概要(pdf 617KB)をご覧ください。


大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント

(2013年5月3日(金) 大阪大学 吹田キャンパス)

大阪大学いちょう祭にて、PDBj では『万見プライム』(生体分子を一般の方にも分かりやすく紹介するウェブサービス)を使って「タンパク質のかたち」をご覧頂き、かたちを知ることがどんなことに役立つのかをご紹介しました。


平成24年度PDBj 講習会 -in 東京-

(2013年3月7日(木) 東京農工大)

PDBj のサービスを多くの方にご利用いただくために、講義とPCを用いた実習形式の講習会を行いました。

  • 「PDBのデータ検索とデータファイルの見方」
    講師:工藤 高裕 (大阪大学蛋白質研究所)
    • 講演資料・演習問題
      • [1] (pdf 10.7MB)
      • [2] (pdf 2.1MB)
      • [3] (pdf 146KB)
    • 演習問題解答例 ※解答例は順次Upします
      • [1-4] (pdf 10.9MB)
      • [5-8] (pdf 10.6MB)
      • [9-12]
      • [13-16]
      • [17-20]
  • 「"万見"で3次元構造を見る」
    講師:鈴木 博文 (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 11.6MB) ]
  • 「弾性ネットワークモデルによる基準振動解析ソフト"PDBETA"の使い方」
    講師:輪湖 博 (早稲田大学)  [ 講演資料1 (pdf 777KB) ] [ 講演資料2 (pdf 5.3MB) ]
  • 「結晶解析の精度‐構造解析をしないバイオインフォマティクスの人へ」
    講師:伊藤 暢聡 (東京医科歯科大学) [ 講演資料 (pdf 3.0MB) ]
  • 「仮想化技術で始める超快適な生体高分子解析環境のレシピ 」
    講師:小林 直宏 (大阪大学蛋白質研究所) [ 講演資料 (pdf 5.9MB) ]

平成24年度第3回データベース講習会 -in 大阪-

(2012年12月26日(水) 産総研 関西センター)

産総研にて開催されたデータベース講習会にて、PDBj のサービスと使い方を紹介しました。

  • 「PDBj 蛋白質立体構造データベースの活用」 講師:工藤 高裕
    • 講演資料(pdf 13.1 MB)
    • 演習問題解答例 1-4(pdf 11.4 MB)、5-8(pdf 11.1 MB)、9-12、13-16、17-20

サイエンスアゴラ2012 -in 東京-

(2012年11月10日(土)・11日(日) 日本科学未来館)

サイエンスアゴラにて、分子の「かたち」を3D画像で見ていただき、「かたち」の情報が何の役に立つのかをご紹介しました。内容については、下記リンク先からご覧ください。

赤青メガネ(アナグリフ用3Dメガネ)は一般に販売されており、ウェブ上にも赤青メガネを使ってご覧いただけるコンテンツが多数あります。 「アナグリフ メガネ」「赤青 立体メガネ」などのキーワードでウェブで検索すると、100円から1000円程度の価格で販売しているサイトや、安価な材料での自作法を紹介しているサイトが見つかります。


2012年 CCP4講習会 -in 福岡-

(2012年11月2日(金) 九州大学 馬出病院キャンパス)
  • 「Protein Data Bank & Structure Deposition at PDBj」
    講師:伊藤 暢聡(東京医科歯科大学)

講演資料は、CCP4講習会の公式案内ページより、ご覧いただけます(英語)。
http://www.ccp4.ac.uk/schools/Japan-2012/tutorials.php#pdbj


2012年日本結晶学会年会 ランチョンセミナー -in 東北-

(2012年10月26日(金) 東北大学 片平キャンパス)

wwPDB Outreach講演会 -in 大阪-

(2012年10月13日(土) ハートンホール毎日新聞ビル)

講演会ポスター (pdf)


第50回生物物理学会年会 ランチョンセミナー-in 名古屋-

(2012年9月23日(日) 名古屋大学 東山キャンパス)

バイオインフォマティクス講習会 -in 北海道 -

(2012年8月9日(木) 北海道大学)

北海道大学にて開催されたバイオインフォマティクス講習会にて、PDBデータの解説と、PDBjの検索サービス「PDBj Mine」の紹介と実習を行いました。

講習会全体のプログラムは、ポスターをご覧ください。


第12回蛋白質科学会年会ランチョンセミナー -in 名古屋-

(2012年6月20日(水) 名古屋国際会議場)

大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント

(2012年4月30日(月) 大阪大学 吹田キャンパス)

大阪大学いちょう祭にて、PDBj では最新の蛋白質解析を分かりやすく紹介しました。
(分子閲覧ソフトを使って分子の三次元構造をみる、蛋白質のことを知るためのゲーム など)

「蛋白質を知ろう‐蛋白質のかたちと働きを調べると何がわかるの?」(ポスター)


統合データベース講習会 -in 東京 -

(2012年3月2日(金) 東京大学 本郷キャンパス)

NBDCの主催により開催されました統合データベース講習会にて、PDBjのサービスと使い方を紹介しました。

講習会の詳細は、こちらのページからご覧頂けます。


H23年度大阪大学蛋白研セミナー「PDBj講習会」-in 福岡-

(2012年2月7日(火) 九州大学 病院キャンパス)

2011年日本結晶学会年会 ランチョンセミナー -in 北海道-

(2011年11月25日(金) 北海道大学 学術交流会館)

第49回生物物理学会年会 ランチョンセミナー-in 兵庫-

(2011年9月16日(金) 兵庫県立大学 姫路書写キャンパス)


第11回日本蛋白質科学会年会 ランチョンセミナー-in 大阪-

(2011年6月7日(火) ホテル阪急エクスポパーク)

第11回日本蛋白質科学会年会「PDBjサテライトワークショップ」-in 大阪-

(2011年6月6日(月) 大阪大学 吹田キャンパス)

H22年度 第3回データベース講習会 -in 大阪-

「創薬研究における統合データベースの活用」

(2011年1月28日(金) 産総研 関西センター)

産業技術総合研究所にて開催されたデータベース講習会にて、PDBj のサービスと使い方を紹介しました。


DDBJing 講習会(23) & PDBj 講習会 - in 長浜 -

(2011年1月17日(月)・18日(火) 長浜バイオ大学)

DDBJとの共催により、DDBJ、PDBj の Web サービスなどの利用について講義と PC を用いた実習を行ないました。

その他の講義の資料は、こちらのページからもご覧頂けます。


第48回生物物理学会年会 PDBj講習会 -in 東北-

(2010年9月21日(火)・22日(水) 東北大学 川内キャンパス)

ライフサイエンス・データベース講習会 -in 名古屋-

(2010年8月9日(月)・10日(火) 名古屋大学 東山キャンパス)

ライフサイエンス統合データベースセンター、DDBJと協力して、ライフサイエンス・データベース講習会を名古屋で開催しました。


PDBj講習会 -in 東京-

(2009年8月7日(金) 東京大学 駒場キャンパス)

PDBjを利用者により有効に活用して貰うためパソコンを使用して講習会を開催しました。


IUPS 2009 (Tutorial:Bioinformatics for physiology)

July 29, 2009

DDBJing & KEGGing & PDBjing -講習会 in 京都-

(2008年11月27日(木)・28日(金) 京都大学 化学研究所)

DDBJ並びにKEGGとの共催により、PDBjを利用者により有効に活用して貰うためパソコンを使用して講習会を開催しました。


第8回日本蛋白質科学会年会 ランチョンセミナー -in 東京-

(2008年6月11日(水) タワーホール船堀)

PDBj講習会 -in 大阪-

(2008年3月3日(月) 大阪大学 中之島センター)

PDBjを利用者により有効に活用して貰うためパソコンを使用して講習会を開催しました。


第2回 DDBJing & PDBjing -講習会 in 大阪-

(2006年2月2日(木)・3日(金) 大阪大学 中之島センター)

DDBJとの共催によりPDBjを利用者により有効に活用して貰うためパソコンを使用して講習会を開催しました。


第1回 DDBJing & PDBjing -講習会 in 大阪-

(2005年3月2日(水) 大阪大学 中之島センター)

DDBJとの共催によりPDBjを利用者により有効に活用して貰うためパソコンを使用して講習会を開催しました。

作成日: 2012-04-13 (最終更新日: 8 months ago)2018-04-05
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