+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dhk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a deoxycytidine triphosphate deaminase (dCTP deaminase) from Burkholderia thailandensis | ||||||
![]() | Deoxycytidine triphosphate deaminase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Burkholderia thailandensis / deaminase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
機能・相同性 | ![]() dCTP deaminase / dUTP biosynthetic process / dCTP deaminase activity / dUMP biosynthetic process / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome. 著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 115.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3d63C ![]() 3dahC ![]() 3eizC ![]() 3ej2C ![]() 3ek2C ![]() 3ezoC ![]() 3f0fC ![]() 3ftpC ![]() 3gk0C ![]() 3gk3C ![]() 3gvfC ![]() 3gwaC ![]() 3gweC ![]() 3imlC ![]() 3sz8C ![]() 3t4cC ![]() 3tmlC ![]() 3tmqC ![]() 3txyC ![]() 3u7jC ![]() 3ue9C ![]() 3uk1C ![]() 3uk2C ![]() 3undC ![]() 3uptC ![]() 3urrC ![]() 3uw1C ![]() 3uw2C ![]() 3uw3C ![]() 3v2iC ![]() 3v7nC ![]() 3v8hC ![]() 3v9oC ![]() 3v9pC ![]() 3vavC ![]() 4ddoC ![]() 4dfeC ![]() 4dheC ![]() 4dutC ![]() 4dz4C ![]() 4e4tC ![]() 4efiC ![]() 4eg0C ![]() 4egjC ![]() 4ek2C ![]() 4eqyC ![]() 4ewgC ![]() 4exqC ![]() 4f2gC ![]() 4f32C ![]() 4f3nC ![]() 4f3yC ![]() 4f4hC ![]() 4f7dC ![]() 4fk8C ![]() 4fryC ![]() 4g1kC ![]() 4g67C ![]() 4ghkC ![]() 4h3yC ![]() 4h3zC ![]() 4h4gC ![]() 3km3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
5 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21507.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: dcd, BTH_I0860 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Internal tracking number 225926. JCSG+ well A2. 20.0% w/v PEG3000, 0.1M Ammonium citrate/citric acid, 20% Ethylene glycol Cryo. ButhA.00973.a.A1 PS01180 46.83mg/ml, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Internal tracking number 225926. JCSG+ well A2. 20.0% w/v PEG3000, 0.1M Ammonium citrate/citric acid, 20% Ethylene glycol Cryo. ButhA.00973.a.A1 PS01180 46.83mg/ml, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月7日 / 詳細: Adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.05→69.44 Å / Num. all: 27772 / Num. obs: 27763 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.52 % / Biso Wilson estimate: 39.228 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 22.71 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3km3 解像度: 2.05→69.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 5.905 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.189 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→69.44 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|