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- PDB-4dhk: Crystal structure of a deoxycytidine triphosphate deaminase (dCTP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dhk
タイトルCrystal structure of a deoxycytidine triphosphate deaminase (dCTP deaminase) from Burkholderia thailandensis
要素Deoxycytidine triphosphate deaminase
キーワードHYDROLASE / Burkholderia thailandensis / deaminase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


dCTP deaminase / dUTP biosynthetic process / dCTP deaminase activity / dUMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
dCTP deaminase / dCTP deaminase-like / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2012年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxycytidine triphosphate deaminase
B: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4499
ポリマ－43,0152
非ポリマー4347
水2,810156
1
A: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8186
ポリマ－21,5071
非ポリマー3105
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6313
ポリマ－21,5071
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子

A: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子

A: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子

B: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子

B: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子

B: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,34727
ポリマ－129,0446
非ポリマー1,30321
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation4_455x-1/3,y+1/3,z+1/31
crystal symmetry operation5_455-y-1/3,x-y+1/3,z+1/31
crystal symmetry operation6_455-x+y-1/3,-x+1/3,z+1/31
Buried area25830 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area33250 Å2
手法PISA
4
A: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子

A: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子

A: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,45318
ポリマ－64,5223
非ポリマー93115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area11970 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
5
B: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子

B: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子

B: Deoxycytidine triphosphate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8949
ポリマ－64,5223
非ポリマー3726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area8750 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.870, 92.870, 137.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Deoxycytidine triphosphate deaminase / dCTP deaminase


分子量: 21507.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: dcd, BTH_I0860 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T083, dCTP deaminase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Internal tracking number 225926. JCSG+ well A2. 20.0% w/v PEG3000, 0.1M Ammonium citrate/citric acid, 20% Ethylene glycol Cryo. ButhA.00973.a.A1 PS01180 46.83mg/ml, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Internal tracking number 225926. JCSG+ well A2. 20.0% w/v PEG3000, 0.1M Ammonium citrate/citric acid, 20% Ethylene glycol Cryo. ButhA.00973.a.A1 PS01180 46.83mg/ml, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月7日 / 詳細: Adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→69.44 Å / Num. all: 27772 / Num. obs: 27763 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.52 % / Biso Wilson estimate: 39.228 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 22.71
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.05-2.14.480.4583.4916720462046100
2.1-2.160.3494.491282031100
2.16-2.220.2785.287011932100
2.22-2.290.2595.984681878100
2.29-2.370.1947.883981857100
2.37-2.450.1569.479801768100
2.45-2.540.12511.677121700100
2.54-2.650.10913.375401665100
2.65-2.760.0817.570811557100
2.76-2.90.06321.96900151599.9
2.9-3.060.04528.165921446100
3.06-3.240.03734.361501352100
3.24-3.470.03140.95749126499.9
3.47-3.740.02746.853791191100
3.74-4.10.02452.448971077100
4.1-4.580.02158.44506990100
4.58-5.290.02160.34080887100
5.29-6.480.02158.73363736100
6.48-9.170.0261256656199.6
9.170.0264.6133130897.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å46.44 Å
Translation2.5 Å46.44 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3km3

3km3


解像度: 2.05→69.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 5.905 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 1395 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
all0.168 27772 --
obs0.168 27761 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20.18 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→69.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2535 0 28 156 2719
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022658
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4171.953623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01834309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0565340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.34823.729118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.32515388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1541516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02576
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 104 -
Rwork0.236 1940 -
all-2044 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77040.0097-0.06810.69210.07241.08840.00780.1825-0.1515-0.1457-0.0203-0.12340.18910.08620.01250.09080.03370.03560.0792-0.04520.0689-38.404215.781758.6087
21.275-0.3022-0.35760.8125-0.120.9646-0.0892-0.31850.16470.30850.0882-0.0158-0.24530.02530.0010.18490.03770.00190.1227-0.07180.0543-4.928513.319358.2996
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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