PDB-3ue9: Crystal structure of Adenylosuccinate synthetase (AMPSase) (purA)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ue9

タイトル

Crystal structure of Adenylosuccinate synthetase (AMPSase) (purA) from Burkholderia thailandensis

要素

Adenylosuccinate synthetase

キーワード

LIGASE / SSGCID / AdSS / BTH_I2245 / IMP-aspartate ligase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2011年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ue9.cif.gz	652.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ue9.ent.gz	536.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ue9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/3ue9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/3ue9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 3hidS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m0g-d 5nec-1 4cu4-d 6g3u-1 2ptw-1 1qkc-d 1qff-d 4xjo-d 5uc7-1 4wyg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ButhA.00888.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenylosuccinate synthetase

B: Adenylosuccinate synthetase

C: Adenylosuccinate synthetase

D: Adenylosuccinate synthetase

ヘテロ分子

195 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Adenylosuccinate synthetase

C: Adenylosuccinate synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Adenylosuccinate synthetase

D: Adenylosuccinate synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.880, 74.590, 112.660
Angle α, β, γ (deg.)	109.350, 90.010, 103.190
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Adenylosuccinate synthetase / AMPSase / AdSS / IMP--aspartate ligase 分子量: 48639.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: purA, BTH_I2245 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2SWD3, adenylosuccinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Internal tracking number 226144E11. JCSG screen condition E11: 14.4% PEG 8000 20% v/v glycerol 80 mM Cacodylate pH 6.5 160 mM Calcium acetate ButhA.00888.a.A1 PW33408 at 32.28 mg/ml., vapor ...詳細: Internal tracking number 226144E11. JCSG screen condition E11: 14.4% PEG 8000 20% v/v glycerol 80 mM Cacodylate pH 6.5 160 mM Calcium acetate ButhA.00888.a.A1 PW33408 at 32.28 mg/ml., vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.21 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Internal tracking number 226144E11. JCSG screen condition E11: 14.4% PEG 8000 20% v/v glycerol 80 mM Cacodylate pH 6.5 160 mM Calcium acetate ButhA.00888.a.A1 PW33408 at 32.28 mg/ml., vapor ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 129329 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.361 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.14

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.95-2		3.77	0.442	3	34114	9047	90.8
2-2.06			0.345	3.9	33990	8953	92.6
2.06-2.12			0.271	5.1	33960	8898	94.3
2.12-2.18			0.235	5.8	33487	8729	95.1
2.18-2.25			0.208	6.6	33706	8539	95.8
2.25-2.33			0.182	7.5	35032	8287	96.4
2.33-2.42			0.158	8.8	35567	7971	96.8
2.42-2.52			0.145	9.7	36069	7775	97.1
2.52-2.63			0.128	10.5	36302	7423	97.3
2.63-2.76			0.112	12	36817	7181	97.6
2.76-2.91			0.097	13.8	37004	6771	97.6
2.91-3.08			0.09	15.9	36979	6416	97.4
3.08-3.3			0.074	20.1	38916	6063	98.1
3.3-3.56			0.061	27.2	41983	5661	98
3.56-3.9			0.049	34.1	37768	5184	97.8
3.9-4.36			0.045	35.4	33366	4607	97.1
4.36-5.03			0.042	37.6	29787	4134	97.7
5.03-6.17			0.05	32.5	26117	3537	98.5
6.17-8.72			0.044	35.5	19632	2699	98.7
	8.72		0.035	44.4	10123	1454	96.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	43.39 Å
Translation	2.5 Å	43.39 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HID

3hid

解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 7.803 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	6527	5 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.203	129328	96.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.263 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.06 Å²	0.86 Å²	0.36 Å²
2-	-	2.38 Å²	0.59 Å²
3-	-	-	-0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12667	0	12	1128	13807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	13007
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.441	1.959	17700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.89	3	20915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.644	5	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.704	23.195	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.775	15	1971
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.049	15	117
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	14945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2764

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	492	-
R_work	0.231	8545	-
all	-	9037	-
obs	-	-	90.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3291	0.4106	-0.5881	0.9899	-0.0741	0.292	0.0482	0.1083	0.1815	-0.0613	-0.0061	0.1804	-0.0716	-0.0576	-0.0421	0.1126	0.033	-0.0281	0.0576	0.0048	0.1424	-5.8727	103.0859	-3.6143
2	2.6254	-0.1747	1.7988	0.9181	0.319	1.7174	-0.1233	-0.1588	0.3141	0.0609	-0.0254	0.1032	-0.2037	-0.1506	0.1487	0.0957	0.0273	0.0424	0.0289	-0.0329	0.1459	-9.827	101.8207	10.5031
3	1.1897	0.0657	0.9797	0.4962	0.1373	2.142	0.0362	-0.2189	-0.0044	0.1255	-0.0078	0.1062	0.0942	-0.1921	-0.0283	0.0687	0.0048	0.0297	0.0485	-0.0153	0.0999	-9.5695	91.7588	16.8264
4	1.0957	0.5124	-0.0177	0.7652	-0.0483	0.3946	0.037	0.029	0.0255	-0.0358	0.023	0.0375	-0.0379	-0.0447	-0.06	0.0804	0.0284	0.0013	0.0256	-0.0114	0.0827	4.618	98.2449	-2.5481
5	1.0025	0.1957	0.1579	1.4997	0.0096	0.742	0.0261	-0.1127	0.1493	0.0748	-0.0262	-0.0494	-0.168	-0.0553	0	0.1178	0.0255	0.0259	0.0257	-0.0288	0.1043	13.8613	114.5336	-0.8273
6	1.0239	0.0987	0.4559	0.7627	-0.4507	1.5736	0.0025	0.1084	0.0593	-0.0209	0.0121	-0.076	-0.0584	0.0218	-0.0146	0.0882	0.0279	0.0492	0.0323	-0.0053	0.097	16.1443	110.6887	-11.9347
7	0.8303	-0.0847	0.6178	0.2508	0.1426	1.3083	0.0101	0.128	-0.0989	-0.1081	0.0206	-0.0733	0.0298	0.2209	-0.0306	0.0769	-0.003	0.0358	0.1512	-0.0175	0.0958	33.1706	57.5299	39.8975
8	1.8565	0.5822	-0.9729	1.9096	-1.0328	1.7095	-0.0863	0.0393	-0.313	-0.0884	0.0277	-0.1643	0.1938	0.0707	0.0585	0.0232	0.0095	-0.0034	0.1265	-0.0083	0.1177	37.9938	49.6116	50.7963
9	1.2426	0.3757	-0.45	1.1648	-0.9492	1.8138	0.0537	-0.297	-0.1842	0.1528	-0.1101	-0.1135	-0.0245	0.2601	0.0564	0.0302	-0.0013	-0.0178	0.1731	0.0409	0.0767	37.3507	52.745	62.4841
10	1.0453	0.526	0.2729	1.0589	0.3095	0.5752	0.0428	-0.06	-0.0638	-0.0102	-0.0401	-0.0668	0.0024	0.101	-0.0027	0.0464	-0.0063	0.0084	0.107	0.001	0.0602	23.1052	60.1664	43.5703
11	0.9312	0.0426	-0.2102	1.2192	0.6011	1.5903	0.0148	-0.0872	-0.1971	-0.0053	-0.0768	-0.0319	0.2157	-0.0116	0.062	0.0796	0.0091	-0.0148	0.0572	0.0044	0.098	13.605	46.8518	34.1412
12	0.6488	0.2662	-0.1848	0.8024	-0.2212	1.9973	0.0415	-0.0403	-0.019	-0.0701	-0.0402	0.0463	-0.0314	-0.0864	-0.0013	0.0709	0.0413	-0.0198	0.047	-0.0352	0.0674	11.497	56.7469	28.6314
13	0.9253	0.3262	-0.0469	1.0344	0.0674	0.0947	-0.0125	0.0266	-0.1235	-0.0479	0.0082	-0.1439	0.1034	0.0238	0.0044	0.137	0.0329	0.0177	0.0249	-0.013	0.1148	15.3731	73.9996	-0.8179
14	1.7147	-0.1402	-1.2243	0.768	0.0923	2.2341	-0.0563	-0.2482	-0.2721	0.0637	-0.0615	-0.0662	0.1959	0.1625	0.1178	0.0725	0.0182	-0.0174	0.0522	0.0404	0.1387	20.5087	77.9897	11.6549
15	1.1783	-0.0749	-0.9485	0.6962	0.2361	2.9056	0.0437	-0.2372	0.0346	0.1225	-0.032	-0.1447	-0.1222	0.2644	-0.0117	0.0639	-0.0107	-0.0324	0.0593	0.0054	0.0706	19.8509	89.1246	16.8388
16	1.0908	0.3818	-0.6288	1.0641	-0.4753	0.7581	0.019	-0.0228	0.0367	-0.0072	0.0075	0.0124	0.038	0.0529	-0.0265	0.0757	0.0165	-0.021	0.0271	-0.0203	0.0823	5.3275	79.1446	-0.6248
17	1.7254	-0.1195	0.0018	1.577	-0.7496	1.6643	-0.0239	-0.066	-0.1966	-0.0358	0.061	0.1032	0.2094	-0.1385	-0.0371	0.1195	-0.0037	-0.0106	0.0279	-0.025	0.1235	-3.5342	63.5903	4.6482
18	2.2877	0.5836	-0.9667	1.5045	-0.204	2.0096	-0.1043	0.4029	-0.144	-0.1968	0.1735	0.0906	0.2442	-0.4278	-0.0692	0.1323	-0.0451	-0.0674	0.1199	-0.0065	0.0762	-6.3471	65.2248	-7.1173
19	0.6624	0.1478	0.3506	0.3989	0.1961	0.9912	0.0124	-0.0708	0.0826	0.0381	-0.067	0.0669	-0.1389	-0.0451	0.0546	0.053	0.0056	0.0115	0.1414	-0.0053	0.0705	12.5833	77.2851	60.2749
20	2.357	-1.7434	0.9041	1.8567	-1.0645	2.211	-0.0644	-0.3431	0.0207	0.1973	0.0456	0.0802	-0.0844	-0.2019	0.0189	0.0425	-0.0495	0.0285	0.2112	-0.0034	0.0572	7.3944	66.1699	67.7611
21	0.9347	-0.5917	0.8425	1.8933	-1.0795	1.71	0.0717	-0.1909	-0.1641	0.0534	-0.0396	0.207	0.1679	-0.2097	-0.0321	0.0398	-0.0592	0.0181	0.1875	0.0337	0.0742	7.9046	54.7061	64.2779
22	1.1101	-0.1362	0.5426	0.2693	0.1737	1.259	0.0274	-0.0633	-0.0626	0.0009	0.0189	0.048	-0.063	0.009	-0.0463	0.0447	-0.0255	0.0106	0.1254	0.0145	0.0512	22.4097	73.606	57.3025
23	1.5641	0.0542	-0.0597	1.0517	0.0292	1.5342	-0.0251	-0.2487	0.062	0.0969	-0.0104	-0.0385	-0.193	0.2434	0.0354	0.0554	-0.043	0.0006	0.1337	-0.0225	0.0436	31.3124	82.1777	71.2794
24	2.25	-0.2131	0.9956	1.2965	-0.3132	2.0584	-0.0924	0.1489	0.3208	-0.015	-0.0493	-0.1139	-0.3954	0.3926	0.1417	0.1041	-0.1074	0.0017	0.1277	0.0088	0.0592	33.988	88.4898	61.1559

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	91 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	144 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	221 - 287
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	288 - 356
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	357 - 448
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	9 - 90
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	91 - 143
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	144 - 220
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	221 - 287
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	288 - 356
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	357 - 448
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	8 - 90
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	91 - 143
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	144 - 220
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	221 - 287
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	288 - 356
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	357 - 448
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	8 - 90
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	91 - 143
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	144 - 220
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	221 - 287
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	288 - 356
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	357 - 448

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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