PDB-4eg0: Crystal Structure of D-alanine--D-alanine ligase from Burkholderi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eg0

タイトル

Crystal Structure of D-alanine--D-alanine ligase from Burkholderia ambifaria

要素

D-alanine--D-alanine ligase

キーワード

LIGASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

D-alanine-D-alanine ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia ambifaria (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2012年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eg0.cif.gz	238.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eg0.ent.gz	191 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eg0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4eg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4eg0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 1iovS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lhg-2 1nez-d 3n8d-d 4qeb-2 4qdv-2 4zqi-2 4fu0-d 6ll9-d 4i4b-d 4zqi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuamA.00119.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (13) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (12) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3)

登録構造単位

A: D-alanine--D-alanine ligase

B: D-alanine--D-alanine ligase

ヘテロ分子

67.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.380, 118.110, 56.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.560, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

#1: タンパク質	D-alanine--D-alanine ligase / D-Ala-D-Ala ligase / D-alanylalanine synthetase 分子量: 33727.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (バクテリア) 株: MC40-6 / 遺伝子: ddl, BamMC406_0490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1YSS6, D-alanine-D-alanine ligase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Morpheus condition A12: 0.06 M magnesium chloride, 0.06 M calcium chloride, 0.1 M TRIS-Bicine, 37.5% MPD/PEG1000/PEG3350, 20.26 mg/ml BuamA.00119.a.A1 PS01236, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Morpheus condition A12: 0.06 M magnesium chloride, 0.06 M calcium chloride, 0.1 M TRIS-Bicine, 37.5% MPD/PEG1000/PEG3350, 20.26 mg/ml BuamA.00119.a.A1 PS01236, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.97 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus condition A12: 0.06 M magnesium chloride, 0.06 M calcium chloride, 0.1 M TRIS-Bicine, 37.5% MPD/PEG1000/PEG3350, 20.26 mg/ml BuamA.00119.a.A1 PS01236, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 76670 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 30.182 Å² / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 17.57

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.65-1.69		0.478	2.29	14782	5542	97.9
1.69-1.74		0.355	3.06	14515	5400	97.7
1.74-1.79		0.267	3.98	14219	5264	97.5
1.79-1.84		0.226	4.69	13758	5081	97.5
1.84-1.91		0.171	6.21	12996	4832	96.2
1.91-1.97		0.123	8.39	12709	4685	96.4
1.97-2.05		0.094	10.56	12598	4589	96.4
2.05-2.13		0.072	13.51	11736	4289	95.7
2.13-2.22		0.056	16.61	11581	4178	95.4
2.22-2.33		0.047	19.77	10847	3904	94.5
2.33-2.46		0.039	22.78	10547	3768	94.4
2.46-2.61		0.035	25.62	9888	3508	93.8
2.61-2.79		0.029	29.44	9300	3282	93.5
2.79-3.01		0.027	33.58	8619	3044	92.4
3.01-3.3		0.023	38.1	7810	2758	91.8
3.3-3.69		0.022	43.1	7056	2486	90.6
3.69-4.26		0.022	45.97	6134	2185	90.6
4.26-5.22		0.02	48.68	5457	1850	90.1
5.22-7.38		0.021	48.8	4260	1410	88.8
	7.38	0.018	50.71	2046	705	79.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1IOV

1iov

解像度: 1.65→40.978 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.8723 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2001	3840	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1733	-	-	-
obs	0.1747	76559	99.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.279 Å² / k_sol: 0.369 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.24 Å² / B_iso mean: 31.1757 Å² / B_iso min: 10.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.1947 Å²	-0 Å²	-1.6442 Å²
2-	-	-6.1428 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.0519 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→40.978 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4271	0	20	387	4678

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	4448
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.74	6058
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.131	697
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	797
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.577	1601

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6708	0.2978	150	0.2761	2756	2906	100
1.6708-1.6928	0.282	136	0.2568	2622	2758	100
1.6928-1.7159	0.2856	139	0.2535	2712	2851	100
1.7159-1.7405	0.2374	130	0.2163	2694	2824	100
1.7405-1.7664	0.2712	137	0.2198	2681	2818	100
1.7664-1.794	0.2285	135	0.211	2729	2864	100
1.794-1.8235	0.2423	149	0.2074	2647	2796	100
1.8235-1.8549	0.26	148	0.2151	2701	2849	100
1.8549-1.8886	0.2336	149	0.1856	2707	2856	100
1.8886-1.925	0.2276	131	0.1831	2666	2797	100
1.925-1.9642	0.2238	132	0.1721	2685	2817	100
1.9642-2.007	0.222	150	0.1778	2685	2835	100
2.007-2.0536	0.1991	121	0.1746	2727	2848	100
2.0536-2.105	0.1951	148	0.1687	2711	2859	100
2.105-2.1619	0.1994	133	0.1668	2666	2799	100
2.1619-2.2255	0.2085	150	0.1733	2683	2833	100
2.2255-2.2973	0.2172	136	0.1606	2694	2830	100
2.2973-2.3794	0.1965	145	0.1712	2692	2837	100
2.3794-2.4747	0.1832	142	0.1699	2685	2827	100
2.4747-2.5873	0.2023	145	0.1672	2700	2845	100
2.5873-2.7237	0.2083	146	0.171	2690	2836	100
2.7237-2.8943	0.1889	143	0.1774	2686	2829	100
2.8943-3.1177	0.2016	127	0.1836	2710	2837	100
3.1177-3.4313	0.1901	166	0.1756	2683	2849	100
3.4313-3.9275	0.194	172	0.1574	2681	2853	100
3.9275-4.9469	0.1594	142	0.1387	2728	2870	100
4.9469-40.978	0.1895	138	0.1753	2698	2836	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1677	0.0757	-0.4057	3.6227	-0.4046	2.7681	-0.0973	-0.533	-0.0984	0.9284	0.1043	-0.0129	0.1223	-0.169	-0.0222	0.4109	0.0046	0.0394	0.1905	-0.0226	0.1345	8.8721	19.6504	35.1807
2	1.0264	-0.5283	-0.3089	0.9405	0.6706	1.7065	-0.1514	-0.1267	-0.0814	0.2311	0.0562	0.0761	0.2084	0.1528	0.0928	0.1495	0.0135	0.0128	0.1173	0.0148	0.1617	18.5884	11.8996	18.692
3	5.1535	0.5187	1.8764	3.837	0.2458	2.7455	0.3565	-0.0858	-0.3776	0.3551	-0.1733	-0.4213	0.2103	-0.0403	-0.1581	0.1092	-0.0301	-0.0321	0.2337	0.0222	0.2884	39.3349	18.1108	8.819
4	1.1329	-0.3263	-1.8171	2.8727	-0.3524	3.8219	0.1006	-0.0462	0.2089	-0.038	0.0096	0.1086	-0.2821	-0.0126	-0.0991	0.0782	0.0004	-0.0188	0.1187	0.0057	0.1433	15.1568	30.21	7.4168
5	1.3951	0.0896	-1.2618	1.4311	-0.6223	3.4779	0.0364	-0.0069	0.0462	0.136	-0.0303	0.214	-0.2319	-0.1998	0.0114	0.0867	0.0092	-0.0009	0.1344	-0.011	0.1552	11.5087	22.8854	13.7283
6	3.4961	-0.2864	0.879	4.0714	0.842	4.7198	-0.2088	-0.5676	0.1235	0.7153	0.1402	0.1706	-0.3627	0.2667	0.0779	0.4371	0.0525	-0.0272	0.1618	0.0026	0.1717	28.4035	-7.3143	36.4414
7	0.7484	-1.6276	0.188	3.9479	-0.0522	0.3659	-0.4003	-0.393	-0.0885	1.1263	0.3448	0.6103	-0.2937	-0.166	-0.0419	0.5317	0.1083	0.1026	0.2595	0.0644	0.2457	23.2645	-9.775	38.2643
8	0.8358	-0.1634	-0.1672	0.8813	-0.3893	2.3193	-0.072	-0.117	0.0128	0.3348	0.0794	-0.1007	-0.1559	-0.0745	-0.0051	0.2358	0.0307	-0.0134	0.1063	-0.0063	0.1277	22.6637	-0.3122	21.5891
9	0.5171	0.3159	0.2542	2.8949	-0.2468	2.9324	0.2125	0.2421	-0.0588	-0.1356	-0.2073	1.5002	0.0347	-1.2976	-0.0487	0.164	0.024	-0.0871	0.4659	-0.1095	0.5594	7.8102	-6.5696	0.6447
10	0.958	-0.6021	0.2401	2.5987	0.5461	3.6269	0.0005	-0.0281	-0.1011	0.1808	-0.0213	-0.0304	0.1995	-0.0199	0.0027	0.1141	-0.0128	0.0029	0.1137	0.0063	0.119	30.2011	-14.828	14.3651

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:64)	A	4 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 65:121)	A	65 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 122:184)	A	122 - 184
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 185:240)	A	185 - 240
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 241:311)	A	241 - 311
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 4:21)	B	4 - 21
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 22:62)	B	22 - 62
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 63:117)	B	63 - 117
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 118:185)	B	118 - 185
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 186:311)	B	186 - 311

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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