PDB-4f7d: Crystal structure of ferredoxin-NADP reductase from burkholderia ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f7d

タイトル

Crystal structure of ferredoxin-NADP reductase from burkholderia thailandensis E264

要素

Ferredoxin--NADP reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / EMERALD BIOSTRUCTURES / FERREDOXIN-NADP REDUCTASE / Structural Genomics / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / heme catabolic process / cellular response to oxidative stress / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2012年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f7d.cif.gz	200.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f7d.ent.gz	162.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f7d_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f7d_full_validation.pdf.gz	431.9 KB	表示
XML形式データ	4f7d_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	4f7d_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/4f7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/4f7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fk8-1 2q2c-4 2q2c-1 5x0j-d 7a8j-d 1oii-2 6w5o-8 6q6j-1 5mjo-d 3dqh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-ButhA.00101.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (2) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Ferredoxin--NADP reductase

B: Ferredoxin--NADP reductase

60.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferredoxin--NADP reductase

ソフトウェアが定義した集合体
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ferredoxin--NADP reductase

ソフトウェアが定義した集合体
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.020, 85.570, 102.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ferredoxin--NADP reductase 分子量: 30459.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: BTH_I0211 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T230, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Ferredoxin--NADP reductase

分子量: 30459.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: BTH_I0211 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T230, ferredoxin-NADP+ reductase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: EBS INTERNAL TRACKING NUMBER HEPES (PH 7.0), 500 MM NACL, 2 MM DTT, 0.025% SODIUM AZIDE, 5% GLYCEROL, 0.4 UL X 0.4 UL DROP WITH 20% PEG 3350, 200 MM NACL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→102.14 Å / Num. obs: 26192 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 41.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 20.49
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / R_merge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→102.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 13.702 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	1329	5.1 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.206	26143	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.83 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→102.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3762	0	0	139	3901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	3865
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.315	1.976	5276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.544	5	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.783	23.766	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.206	15	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.34	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2913

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	80	-
R_work	0.27	1673	-
obs	-	-	99.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	60.6085	16.3609	31.4772	19.4863	-5.3313	36.446	-0.5791	0.7169	3.096	-0.6229	-0.2209	1.0528	-0.0518	-0.1117	0.7999	0.3126	0.0302	-0.0447	0.129	0.0765	0.2869	29.3755	19.2803	3.3565
2	1.6358	0.0158	0.5972	2.3225	-0.2012	1.0547	0.0315	0.207	0.1145	-0.3159	-0.0776	-0.104	-0.0502	0.0516	0.046	0.091	0.0266	0.0205	0.0765	0.0143	0.0503	30.9315	8.8079	10.3149
3	2.06	-1.5612	0.2152	2.8528	-0.7902	2.3228	0.055	0.0867	-0.1515	-0.203	0.0074	0.1069	0.071	-0.0835	-0.0623	0.0637	-0.0098	-0.0279	0.0544	0.0043	0.0984	27.7614	5.5547	11.4692
4	1.7519	-0.1748	0.0014	1.499	0.0063	1.3863	0.0882	-0.0935	-0.1593	-0.0191	-0.0247	0.2872	0.0192	-0.2355	-0.0635	0.0157	-0.0065	-0.0216	0.0608	0.0143	0.1005	20.5655	2.2309	19.6477
5	5.6791	-1.6945	1.6722	8.5484	-3.2846	6.9737	0.0028	-0.3041	-0.6912	0.0641	0.2775	0.7542	0.8325	-0.8493	-0.2803	0.2143	-0.2189	-0.0732	0.314	0.0637	0.4439	5.4303	-9.8041	19.2671
6	5.4393	-0.3096	-0.2893	3.3932	-0.0711	4.8089	0.0061	0.4708	-0.1324	-0.1166	0.2675	0.5405	0.1104	-0.852	-0.2736	0.0423	-0.0337	-0.1065	0.3211	0.0491	0.307	4.9173	0.3919	10.2023
7	1.5508	-0.8099	0.409	1.7566	-0.335	1.1726	0.073	0.1352	-0.0672	-0.105	-0.0598	-0.1545	0.1246	0.1398	-0.0132	0.0842	-0.0126	0.0085	0.0651	-0.0067	0.0823	48.3358	-11.2252	22.2516
8	1.1209	-0.6042	0.1182	1.992	-0.809	3.4169	-0.0332	0.2004	0.1262	-0.0824	-0.0253	-0.1404	-0.0991	0.2186	0.0585	0.0395	-0.0184	-0.0139	0.0628	0.0156	0.0938	48.6533	-8.4457	22.9652
9	3.6116	-0.6554	0.5418	0.9514	0.902	1.2997	-0.3367	-0.5462	0.0904	0.1803	0.1392	0.1019	0.063	-0.0688	0.1976	0.1857	0.0514	-0.0576	0.1315	-0.0454	0.0817	44.0853	-3.0841	42.2486
10	1.7336	-0.5209	0.7337	2.4172	-0.3079	2.6065	-0.1931	-0.1656	0.2189	0.1803	0.1943	-0.0047	-0.2684	-0.269	-0.0012	0.1381	0.0642	-0.0324	0.1096	-0.0613	0.1034	38.8844	3.1017	36.3691
11	4.5974	-0.8104	-1.2476	4.5156	0.8645	4.6991	-0.3268	-0.9394	0.3872	0.4538	0.3008	-0.0788	-0.1263	0.4391	0.026	0.2054	0.0751	-0.1464	0.2912	-0.115	0.1436	52.9004	1.745	48.858
12	7.5799	0.3249	2.248	8.612	-4.5854	29.6494	-1.0756	0.1877	-0.0476	-2.3561	-0.9543	-0.691	0.5759	2.6117	2.03	0.8309	0.1743	0.1347	0.4366	0.0447	0.3777	57.1759	-2.8748	32.6198

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	65 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	91 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	194 - 231
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	232 - 267
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	18 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	67 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	115 - 159
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	160 - 213
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	214 - 264
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	265 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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