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万見
- PDB-6q6j: Human phosphoserine phosphatase with substrate analogue homo-cyst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q6j
タイトルHuman phosphoserine phosphatase with substrate analogue homo-cysteic acid
要素Phosphoserine phosphatase
キーワードHYDROLASE / Human phosphoserine phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


Serine metabolism / phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / L-serine metabolic process / L-serine biosynthetic process / response to testosterone / response to mechanical stimulus / response to nutrient levels / in utero embryonic development / magnesium ion binding ...Serine metabolism / phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / L-serine metabolic process / L-serine biosynthetic process / response to testosterone / response to mechanical stimulus / response to nutrient levels / in utero embryonic development / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoserine phosphatase; domain 2 / Phosphoserine phosphatase / : / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...Phosphoserine phosphatase; domain 2 / Phosphoserine phosphatase / : / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2~{S})-2-azanyl-4-sulfo-butanoic acid / Phosphoserine phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.985 Å
データ登録者Wouters, J. / Haufroid, M. / Mirgaux, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structures and snapshots along the reaction pathway of human phosphoserine phosphatase.
著者: Haufroid, M. / Mirgaux, M. / Leherte, L. / Wouters, J.
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoserine phosphatase
B: Phosphoserine phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2477
ポリマ－48,9082
非ポリマー3395
水3,513195
1
A: Phosphoserine phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5343
ポリマ－24,4541
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphoserine phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7134
ポリマ－24,4541
非ポリマー2593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.230, 130.490, 157.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-496-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphoserine phosphatase / PSPase / L-3-phosphoserine phosphatase / O-phosphoserine phosphohydrolase


分子量: 24454.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSPH / プラスミド: pet 28 b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) / 参照: UniProt: P78330, phosphoserine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-HJT / (2~{S})-2-azanyl-4-sulfo-butanoic acid / L-ホモシステイン酸


分子量: 183.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO5S
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Sodium cacodylate 0.1M pH6.5; CaCl2 0.3M; PEG 2000 20%; DMSO 4%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.985→40.943 Å / Num. obs: 35482 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 37.51 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01873 / Rpim(I) all: 0.01873 / Rrim(I) all: 0.02649 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.985→2.056 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2331 / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique obs: 3380 / CC1/2: 0.969 / Rpim(I) all: 0.2331 / Rrim(I) all: 0.3296 / % possible all: 96.24

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.59 Å46.06 Å
Translation4.59 Å46.06 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HYY

6hyy


解像度: 1.985→40.943 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 1774 5 %
Rwork0.1981 --
obs0.2005 35467 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.27 Å2 / Biso mean: 46.1001 Å2 / Biso min: 21.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.985→40.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3406 0 15 195 3616
Biso mean--43.86 46.53 -
残基数----437
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9847-2.03840.44291270.41012407253494
2.0384-2.09830.38081350.293125572692100
2.0983-2.16610.25381350.249825622697100
2.1661-2.24350.29821370.238426082745100
2.2435-2.33330.26931350.228125592694100
2.3333-2.43950.30041350.224225622697100
2.4395-2.56810.28371370.221726052742100
2.5681-2.72890.26021360.220525892725100
2.7289-2.93960.28291360.224725752711100
2.9396-3.23530.23591380.201726282766100
3.2353-3.70320.22361370.178926102747100
3.7032-4.66460.2221420.161626792821100
4.6646-40.95210.21251440.173127522896100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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