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- PDB-4f3n: High resolution native crystal structure of an uncharacterized AC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f3n
タイトルHigh resolution native crystal structure of an uncharacterized ACR, COG1565 superfamily protein from Burkholderia thailandensis, solved by iodide ion SAD
要素Uncharacterized ACR, COG1565 superfamily
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / iodide ion phasing / SAD / methyltransferase superfamily / putative uncharacterize protein / transferase / similar fold to 1zkd
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12710 / Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 / Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 superfamily / Putative S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized ACR, COG1565 superfamily
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized ACR, COG1565 superfamily
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3614
ポリマ－46,1071
非ポリマー2543
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.860, 50.130, 142.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized ACR, COG1565 superfamily


分子量: 46106.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / 遺伝子: BTH_I0294 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2T1U7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: ButhA.17973.a.A1 PS01383 at 21.5 mg/mL against JCSG+ H7 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25% PEG 3350 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 231359h7, ...詳細: ButhA.17973.a.A1 PS01383 at 21.5 mg/mL against JCSG+ H7 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25% PEG 3350 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 231359h7, PEGasIS iodide soak 1M NaI/20EG, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT11.5418
シンクロトロンSSRL BL7-121.377552
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU SATURN 944+1CCD2012年3月22日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2012年4月27日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.3775521
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 37042 / Num. obs: 36871 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 22.921 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 26.89
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,3

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.75-1.80.343.287148260796
1.8-1.840.2844.228024260599.6
1.84-1.90.2265.388272255199.6
1.9-1.960.1876.868340246899.5
1.96-2.020.1389.148543241199.8
2.02-2.090.12110.928513232399.5
2.09-2.170.09914.299276225299.9
2.17-2.260.08619.77105722177100
2.26-2.360.07821.99109092090100
2.36-2.470.06725.22109982000100
2.47-2.610.06427.3411236191699.9
2.61-2.770.05433.1511694181799.9
2.77-2.960.04641.97130321717100
2.96-3.20.03848.56125561586100
3.2-3.50.02962.07116321475100
3.5-3.910.02473.31104131346100
3.91-4.520.02182.1893311206100
4.52-5.530.02175.527871102699.9
5.53-7.830.02663.436075809100
7.830.01986.75321448999

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.1779 / WRfactor Rwork: 0.1503 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8973 / SU B: 4.074 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.1093 / SU Rfree: 0.1049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1988 1842 5 %RANDOM
Rwork0.1671 ---
obs0.1687 36871 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.14 Å2 / Biso mean: 18.1606 Å2 / Biso min: 6.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2746 0 14 270 3030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192861
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.9613907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93834499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9685386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.72523.065124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.74515397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.881522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02628
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 110 -
Rwork0.217 2304 -
all-2414 -
obs--95.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12670.1214-0.03870.4488-0.37070.78190.0735-0.11070.03990.1248-0.01370.0042-0.110.0606-0.05980.0382-0.01230.00620.0239-0.01570.013227.29781.4035-23.2578
20.92210.07930.08410.47040.15620.3984-0.0667-0.03580.0472-0.00810.07110.0019-0.03070.0243-0.00440.0286-0.00710.0090.021-0.01250.01635.52017.7539-4.8443
31.5242-0.3745-0.72950.40840.05730.3967-0.06620.0306-0.17710.0223-0.02920.02180.0264-0.0080.09540.02360.00250.00410.0162-0.01940.043721.3434-16.1347-25.5295
40.6737-0.2373-0.08970.19380.09190.0455-0.00980.0617-0.05250.0075-0.01350.04960.0068-0.00650.02330.0199-0.0131-0.00690.0186-0.00080.02062.5541-4.6116-16.8446
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2A90 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3A193 - 250
4X-RAY DIFFRACTION4A251 - 410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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