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万見
- PDB-4ek2: The structure of nucleoside diphosphate kinase (NDK) from Burkhol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ek2
タイトルThe structure of nucleoside diphosphate kinase (NDK) from Burkholderia thailandensis bound to deoxyadenosine monophosphate
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / dAMP / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2012年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年5月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4958
ポリマ－31,8742
非ポリマー6206
水4,954275
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.680, 90.680, 90.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-389-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase / NDK / NDP kinase / Nucleoside-2-P kinase


分子量: 15937.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: ndk, BTH_I2231 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2SWE7, nucleoside-diphosphate kinase

-
非ポリマー , 5種, 281分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP


分子量: 331.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.82 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: ButhA.00438.a.A1 PS01186 at 42.64 mg/mL in 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0, 10 mM dAMP, cryoprotectant: 15% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.553 Å / Num. obs: 25415 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.831 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 30.21
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2-2.050.2197.95811593184.4
2.05-2.110.1910.4215941709191.9
2.11-2.170.19512.1751031772199.7
2.17-2.240.21212.8651871668195.5
2.24-2.310.11324.6634321543190.2
2.31-2.390.14216.855041641199.9
2.39-2.480.12718.74495215701100
2.48-2.580.11319.79472815511100
2.58-2.70.10122.18396014651100
2.7-2.830.08326.21354014221100
2.83-2.980.06731.63287213441100
2.98-3.160.05536.7214712761100
3.16-3.380.04344.41157112181100
3.38-3.650.03852.4447311251100
3.65-40.03859.73761033198
4-4.470.02571.17881946199.9
4.47-5.160.02769.079248521100
5.16-6.320.03651.58237431100
6.32-8.940.02763.961245851100
8.94-40.5530.01891.092723359196.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DUT

4dut


解像度: 2→40.553 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / WRfactor Rfree: 0.1901 / WRfactor Rwork: 0.1595 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8646 / SU B: 6.791 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.1652 / SU Rfree: 0.1516 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2282 1295 5.1 %RANDOM
Rwork0.1897 ---
obs0.1916 25383 97.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.97 Å2 / Biso mean: 16.6122 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2162 0 36 275 2473
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222285
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3321.9713099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92333756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7295294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72223.611108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02215375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6411519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6151.51431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1591.5571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10322293
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8853854
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1494.5799
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 86 -
Rwork0.19 1504 -
all-1590 -
obs--84.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6470.16890.07860.6818-0.26780.6444-0.03670.1394-0.1117-0.06460.03980.0290.0174-0.0495-0.00310.0318-0.00120.010.0415-0.02320.0299-16.214824.2287-5.2175
25.62790.53621.23343.2572-0.49762.9684-0.01920.4131-0.8634-0.4572-0.0452-0.24450.40230.13920.06440.16760.00110.06480.0307-0.08030.2802-11.56397.2396-1.3805
33.55710.06980.87011.00860.00981.93520.03320.319-0.2364-0.18610.0323-0.00390.1496-0.095-0.06540.0679-0.00410.00910.0696-0.03310.0375-18.39921.2666-11.1139
41.86920.4498-0.12621.07480.12220.9838-0.0430.2931-0.261-0.03510.0712-0.10830.0928-0.0434-0.02820.03420.00280.00020.0623-0.04060.0393-17.479618.6421-7.4939
51.06270.0199-0.16970.6971-0.00820.94780.02-0.01180.04110.03950.02840.0359-0.082-0.0277-0.04850.040.00530.01030.0212-0.00250.0358-16.456336.47483.384
61.58880.42691.73947.59861.85865.43980.2047-0.22930.1411-0.0817-0.11070.2349-0.5989-0.2252-0.0940.24490.02130.09490.0908-0.0150.0393-26.923247.702212.6425
73.0983-0.56320.31451.4745-0.13610.32740.0586-0.10220.07240.08050.0142-0.1152-0.11020.0036-0.07280.0690.00130.02310.0298-0.01010.0311-11.472441.01196.0962
80.7919-0.0441-0.23571.4335-0.2721.35960.0829-0.02290.12140.0626-0.01610.0443-0.1788-0.0079-0.06680.0334-0.00510.02750.0195-0.01340.0536-14.864140.8527.1162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2A46 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3A71 - 94
4X-RAY DIFFRACTION4A95 - 141
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 48
6X-RAY DIFFRACTION6B49 - 67
7X-RAY DIFFRACTION7B68 - 93
8X-RAY DIFFRACTION8B94 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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