PDB-4egj: Crystal structure of D-alanine-D-alanine ligase from Burkholderia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4egj

タイトル

Crystal structure of D-alanine-D-alanine ligase from Burkholderia xenovorans

要素

D-alanine--D-alanine ligase

キーワード

LIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / D-alanine-D-alanine ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

D-alanine-D-alanine ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia xenovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2012年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4egj.cif.gz	412.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4egj.ent.gz	338.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4egj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4egj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4egj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 3eg0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zia-2 3gs3-d 5clv-4 4g3d-2 6l9w-3 1ry9-1 1b01-1 5a14-d 3ocp-d 5clv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuxeA.00119.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (13) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (12) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3)

登録構造単位

A: D-alanine--D-alanine ligase

B: D-alanine--D-alanine ligase

C: D-alanine--D-alanine ligase

D: D-alanine--D-alanine ligase

143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: D-alanine--D-alanine ligase

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: D-alanine--D-alanine ligase

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: D-alanine--D-alanine ligase

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: D-alanine--D-alanine ligase

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

A: D-alanine--D-alanine ligase

C: D-alanine--D-alanine ligase

ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

B: D-alanine--D-alanine ligase

D: D-alanine--D-alanine ligase

ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.930, 78.930, 224.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	4 - 311	25 - 332
2	1	LEU	LEU	B	B	4 - 311	25 - 332
1	2	LEU	LEU	A	A	4 - 311	25 - 332
2	2	LEU	LEU	C	C	4 - 311	25 - 332
1	3	LEU	LEU	A	A	4 - 311	25 - 332
2	3	LEU	LEU	D	D	4 - 311	25 - 332
1	4	LEU	LEU	B	B	4 - 311	25 - 332
2	4	LEU	LEU	C	C	4 - 311	25 - 332
1	5	LEU	LEU	B	B	4 - 311	25 - 332
2	5	LEU	LEU	D	D	4 - 311	25 - 332
1	6	LYS	LYS	C	C	4 - 312	25 - 333
2	6	LYS	LYS	D	D	4 - 312	25 - 333

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	D-alanine--D-alanine ligase / D-Ala-D-Ala ligase / D-alanylalanine synthetase 分子量: 35860.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア) 株: LB400 / 遺伝子: Bxeno_A3907, Bxe_A0488, ddl / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13TZ4, D-alanine-D-alanine ligase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

D-alanine--D-alanine ligase / D-Ala-D-Ala ligase / D-alanylalanine synthetase

分子量: 35860.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia xenovorans (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: Bxeno_A3907, Bxe_A0488, ddl / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13TZ4, D-alanine-D-alanine ligase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Qiagen JCSG Core1 screen d5: 20% PEG 3350, 200mM LiCl; BuxeA.00119.a.A1 PS01358 at 23.2mg/ml, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月22日

放射

モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 60791 / Num. obs: 59426 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 36.882 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 10.11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	R_sym value	% possible all
2.3-2.36		2.4	0.478	2.09	10794	4463	4433	0.478	99.3
2.36-2.42			0.339	2.95	10830		4377		99.4
2.42-2.49			0.265	3.6	10460		4219		99.5
2.49-2.57			0.248	3.82	10229		4126		99.7
2.57-2.66			0.228	4.31	9931		3985		99.6
2.66-2.75			0.193	5.04	9601		3843		99.2
2.75-2.85			0.16	5.86	9375		3734		99.8
2.85-2.97			0.129	7.08	8973		3573		99.7
2.97-3.1			0.101	8.71	8714		3466		99.7
3.1-3.25			0.081	10.6	8252		3263		99.6
3.25-3.43			0.07	12.49	7917		3141		99.4
3.43-3.64			0.064	14.23	7093		2855		96.9
3.64-3.89			0.061	18.04	6068		2514		90.3
3.89-4.2			0.044	20.34	6249		2511		95.7
4.2-4.6			0.036	24.83	5653		2293		95.5
4.6-5.14			0.035	24.67	5090		2037		94.7
5.14-5.94			0.039	20.79	4616		1832		95
5.94-7.27			0.038	19.98	3845		1502		92.8
7.27-10.29			0.022	27.1	2875		1120		88.5
	10.29		0.017	28.36	1587		602		84.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	44.76 Å
Translation	2.5 Å	44.76 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
JDirector		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3eg0

3eg0

解像度: 2.3→49.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / WR_factor R_free: 0.2318 / WR_factor R_work: 0.2012 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.828 / SU B: 13.316 / SU ML: 0.166 / SU R Cruickshank DPI: 0.3216 / SU R_free: 0.2367 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2597	3006	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2236	-	-	-
all	0.2254	60791	-	-
obs	0.2254	59384	97.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.63 Å² / B_iso mean: 32.5859 Å² / B_iso min: 6.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.45 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8047	0	0	358	8405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	8230
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	5445
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.698	1.982	11205
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.473	3	13270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.94	5	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.944	23.686	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.747	15	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.567	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	9403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1670

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	9636	1	0.07
1	2	B	9636	2	0.07
2	1	A	8851	3	0.09
2	2	C	8851	4	0.09
3	1	A	8224	5	0.09
3	2	D	8224	6	0.09
4	1	B	8715	7	0.09
4	2	C	8715	8	0.09
5	1	B	8202	9	0.1
5	2	D	8202	10	0.1
6	1	C	8282	11	0.08
6	2	D	8282	12	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.382	255	-
R_work	0.332	4111	-
all	-	4366	-
obs	-	4433	99.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6211	-0.4647	0.1883	1.2909	-0.4197	0.7487	-0.0344	0.0702	-0.0492	0.1383	-0.0204	0.0405	0.02	0.0188	0.0548	0.247	-0.0321	0.0445	0.1857	0.0408	0.0333	17.144	59.004	3.477
2	0.7679	-0.7561	-0.1295	1.6402	-0.0844	0.8753	-0.0225	0.0135	-0.0758	0.1067	-0.0275	0.0798	0.0119	0.0068	0.05	0.2251	-0.033	0.0332	0.1952	0.0312	0.0204	16.404	58.492	115.098
3	1.2716	0.6405	0.1437	0.9167	0.3652	1.4681	0.0013	-0.0789	-0.0404	-0.0454	-0.0276	-0.023	-0.0205	0.0351	0.0264	0.3192	0.0677	0.0549	0.154	-0.0222	0.0221	68.251	50.964	32.903
4	0.9457	0.7332	0.1221	0.871	0.4045	1.1244	0.0264	-0.0558	-0.0097	-0.0625	-0.1012	0.0129	0.0699	-0.0047	0.0747	0.2744	0.0357	0.0456	0.1561	-0.0249	0.0184	67.323	52.38	143.874

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 311
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 513
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401 - 498
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 312
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	401 - 469
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 312
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	401 - 478

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)