[日本語] English
万見
- PDB-1b01: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/DNA COMPLEX -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b01
タイトルTRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*G)-3')
  • TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
キーワードGENE REGULATION/DNA / TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR / DNA-BINDING PROTEIN / PLASMID / PROTEIN-DNA COMPLEX / GENE REGULATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid maintenance / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein CopG
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Gomis-Rueth, F.X. / Sola, M. / Acebo, P. / Parraga, A. / Guasch, A. / Eritja, R. / Gonzalez, A. / Espinosa, M. / del Solar, G. / Coll, M.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: The structure of plasmid-encoded transcriptional repressor CopG unliganded and bound to its operator.
著者: Gomis-Ruth, F.X. / Sola, M. / Acebo, P. / Parraga, A. / Guasch, A. / Eritja, R. / Gonzalez, A. / Espinosa, M. / del Solar, G. / Coll, M.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1998
タイトル: Overexpression, Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of the Pmv158-Encoded Plasmid Transcriptional Repressor Protein Copg
著者: Gomis-Rueth, F.X. / Sola, M. / Perez-Luque, R. / Acebo, P. / Alda, M.T. / Gonzalez, A. / Espinosa, M. / del Solar, G. / Coll, M.
履歴
登録1999年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*G)-3')
A: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
B: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8994
ポリマ－21,8994
非ポリマー00
水23413
1
E: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*G)-3')
A: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
B: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG

E: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*G)-3')
A: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
B: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7978
ポリマ－43,7978
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+3/41
単位格子
Length a, b, c (Å)40.300, 40.300, 221.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP4322
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.36851, -0.861028, -0.350473), (-0.858342, 0.170367, 0.483967), (-0.357, 0.479172, -0.801838)
ベクター: 94.7511, -5.1375, 181.5537)

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 5749.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*G)-3')


分子量: 5900.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質・ペプチド TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG / REPA PROTEIN


分子量: 5124.092 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA-BINDING PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
株: PLS1 / 細胞内の位置: PLASMID PMV158 / プラスミド: PMV158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13920
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: MPD, HEPES, pH 6.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2HEPES11
3MPD12
4HEPES12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
PH range low: 7.5 / PH range high: 6.7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度Crystal-IDSol-ID
160-78 %1reservoir
20.1 M1reservoir
31
41

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.61 Å / Num. obs: 91693 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.126 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.56 Å / 最低解像度: 19.86 Å / Num. obs: 6252 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.9 % / Num. measured all: 78954 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.56 Å / 最低解像度: 2.7 Å / % possible obs: 86.8 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.56→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: THE COMPLEX SET UP FOR CRYSTALLIZATION WAS MADE UP BY A COPG DIMER-OF-DIMERS AND A 19-BP DSDNA. AS THE DNA MOIETY IS PRESENT IN DUAL OCCUPANCY, A CRYSTALLOGRAPHIC DYAD IS CREATED. ...詳細: THE COMPLEX SET UP FOR CRYSTALLIZATION WAS MADE UP BY A COPG DIMER-OF-DIMERS AND A 19-BP DSDNA. AS THE DNA MOIETY IS PRESENT IN DUAL OCCUPANCY, A CRYSTALLOGRAPHIC DYAD IS CREATED. ACCORDINGLY, THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT COMPRISES HALF A PROTEIN/DNA COMPLEX, THAT IS, A COPG DIMER AND HALF DSDNA. THE DNA PART HAS BEEN MODELLED WITH THE TWO OBSERVED ORIENTATIONS, EACH WITH OCCUPANCY 0.5. IN THIS MODEL, DNA CHAIN E PAIRS CHAIN F AND CHAIN G DOES SO WITH CHAIN H.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 -7 %RANDOM
Rwork0.247 ---
obs0.247 6024 92.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数670 767 0 13 1450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る