PDB-3urr: Structure of PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN (BTH_I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3urr

タイトル

Structure of PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN (BTH_I0484) (ptsN)

要素

PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / protein kinase activator activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.397 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2011年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3urr.cif.gz	145.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3urr.ent.gz	114.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3urr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3urr_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3urr_full_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示
XML形式データ	3urr_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	3urr_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/3urr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/3urr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 2a0jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gqx-d 5f5l-d 3lrx-4 6k1r-2 3kwk-1 3dpk-d 4m13-d 4hct-d 1a3a-2 6rr6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ButhA.01071.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN

B: PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN

ヘテロ分子

34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.975, 102.267, 37.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.890, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN AS PER THE AUTHORS

#1: タンパク質	PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN 分子量: 16989.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: BTH_I0484, ptsN / プラスミド: Ava0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T1A8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 30% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.397→50 Å / Num. obs: 54470 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 0.996 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.397-1.45	3.9	0.569	5440	0.944	1	99.6
1.45-1.51	4	0.401	5453	1.012	1	100
1.51-1.58	4	0.28	5411	0.992	1	100
1.58-1.66	4.1	0.212	5453	1.003	1	100
1.66-1.76	4.1	0.163	5477	0.983	1	100
1.76-1.9	4.1	0.123	5414	0.996	1	100
1.9-2.09	4.1	0.1	5472	1.033	1	99.9
2.09-2.39	4.1	0.096	5446	1.017	1	100
2.39-3.02	4.2	0.079	5491	1.033	1	99.8
3.02-50	4.1	0.062	5413	0.94	1	98

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2A0J

2a0j

解像度: 1.397→35.149 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.8392 / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2033	2756	5.06 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.1716	54434	99.16 %	-
all	-	54434	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.776 Å² / k_sol: 0.387 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.06 Å² / B_iso mean: 26.97 Å² / B_iso min: 13.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.0715 Å²	0 Å²	-0.6784 Å²
2-	-	-4.8407 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.9122 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.397→35.149 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2317	0	23	312	2652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2453
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.213	3354
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	400
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	439
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.29	926

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.397-1.4214	0.3669	137	0.3494	2304	2441	88
1.4214-1.4472	0.3444	125	0.3166	2572	2697	100
1.4472-1.4751	0.3405	127	0.2828	2618	2745	100
1.4751-1.5052	0.2617	135	0.2599	2622	2757	100
1.5052-1.5379	0.2999	134	0.2536	2585	2719	100
1.5379-1.5737	0.2765	140	0.2299	2573	2713	100
1.5737-1.613	0.2709	129	0.2262	2627	2756	100
1.613-1.6566	0.239	132	0.2063	2593	2725	100
1.6566-1.7054	0.2504	143	0.2119	2634	2777	100
1.7054-1.7604	0.2645	130	0.2013	2602	2732	100
1.7604-1.8233	0.2358	152	0.1889	2555	2707	100
1.8233-1.8963	0.2078	133	0.1724	2619	2752	100
1.8963-1.9826	0.1833	141	0.1587	2615	2756	100
1.9826-2.0871	0.1962	155	0.1581	2589	2744	100
2.0871-2.2179	0.1906	122	0.1548	2625	2747	100
2.2179-2.3891	0.2052	159	0.1601	2551	2710	100
2.3891-2.6295	0.2268	140	0.1598	2630	2770	100
2.6295-3.0098	0.201	141	0.1601	2601	2742	100
3.0098-3.7913	0.1669	152	0.1512	2595	2747	100
3.7913-35.1601	0.177	129	0.1565	2568	2697	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1291	-0.1606	-0.1956	4.076	-1.584	3.5445	0.0998	0.2102	-0.0411	0.0122	-0.2103	-0.0924	0.321	0.1445	0.0937	0.3274	-0.0102	-0.0157	0.1865	-0.0063	0.0762	-1.4065	43.6845	13.9294
2	8.1797	0.8183	0.3447	4.9311	-2.2919	3.8573	-0.174	-0.1291	-0.6831	0.1974	-0.2234	-0.5731	1.3758	0.4926	0.2253	0.3915	0.0548	0.0429	0.1469	0.0196	0.2003	10.2344	40.4443	20.4569
3	7.0411	2.8913	2.6203	8.5219	3.9724	5.1673	0.2806	0.5736	0.1464	-0.413	-0.0429	0.2095	-0.4852	0.1061	-0.0707	0.2347	0.0929	0.042	0.2814	0.0622	0.141	14.615	47.1697	18.7912
4	1.6287	0.5595	-0.1857	1.4191	-0.4482	3.7375	-0.013	-0.0503	0.0655	0.049	-0.0039	-0	0.1048	0.2848	0.024	0.2588	0.0252	0.0069	0.1783	-0.0005	0.0572	4.8146	48.862	21.4335
5	0.8803	-0.0121	0.1829	0.4148	0.1751	4.137	0.0508	-0.1516	-0.1077	0.1718	-0.0026	-0.0058	0.5018	0.234	0.0797	0.4527	0.0228	-0.0014	0.2061	0.0223	0.0604	0.861	42.9803	32.3307
6	1.6935	0.4859	-0.0467	1.9264	0.1464	1.9418	-0.0037	-0.0473	-0.0737	0.0014	-0.0176	0.1212	0.1121	-0.1953	0.0289	0.2904	0.0153	0.0026	0.1892	0.0038	0.0541	-5.8609	49.0218	18.0016
7	6.1155	-0.7199	-2.9692	1.8082	1.7102	4.3001	0.1984	-0.4466	0.2062	0.532	-0.0396	-0.1415	-0.0918	0.1906	-0.1493	0.354	-0.0541	-0.0331	0.2	-0.0123	0.1026	3.5337	70.7394	33.5154
8	1.8911	1.5574	0.6487	1.7902	-1.0099	4.9169	0.0731	-0.1218	0.3239	0.2757	0.0564	0.2963	-0.4917	-0.3104	-0.1243	0.3909	0.0793	0.0687	0.1666	0.008	0.1304	-11.6233	76.7268	28.1191
9	0.7444	0.3006	0.108	1.4858	-0.3759	2.2848	-0.0346	0.0376	0.0657	-0.124	0.0064	-0.0254	-0.1618	-0.0569	0.0186	0.3275	0.0205	0.0157	0.1527	0.0074	0.0494	-6.653	71.155	22.319
10	8.7882	0.7539	-0.7501	6.4544	3.4381	5.5049	-0.1352	0.4612	0.3362	-0.5901	-0.0636	0.4513	-0.3114	-0.1562	0.1969	0.223	-0.0044	-0.0278	0.2415	0.0099	0.1172	-18.997	62.0216	27.8133
11	0.8137	-0.1364	-0.0178	1.0805	-0.1772	1.2533	0.0978	-0.1588	0.0591	0.251	0.0189	-0.033	-0.1927	0.046	-0.0692	0.3754	-0.0066	-0.0005	0.1687	-0.0068	-0.0137	-2.0049	64.0813	32.9685

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain B and resid 0:20)	B	0 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 21:34)	B	21 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 35:51)	B	35 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 52:84)	B	52 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 85:100)	B	85 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 101:151)	B	101 - 151
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 0:13)	A	0 - 13
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 14:36)	A	14 - 36
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 37:84)	A	37 - 84
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 85:96)	A	85 - 96
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 97:151)	A	97 - 151

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