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- PDB-6k1r: Crystal structure of Ketopantoate reductase from Pseudomonas aeru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k1r
タイトルCrystal structure of Ketopantoate reductase from Pseudomonas aeruginosa in complex with NAD+ and ketopantoate
要素Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Vitamin B5 biosynthesis pathway / Redox cofactor
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydropantoate 2-reductase / 2-dehydropantoate 2-reductase activity / pantothenate biosynthetic process / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ketopantoate reductase ApbA/PanE / Ketopantoate reductase, C-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA C terminal / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...: / Ketopantoate reductase ApbA/PanE / Ketopantoate reductase, C-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA C terminal / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
KETOPANTOATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 2-dehydropantoate 2-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Khanppnavar, B. / Choudhury, A. / Datta, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (India)SB/SO/BB - 36/2014 インド
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2021
タイトル: Crystallographic and biophysical analyses of Pseudomonas aeruginosa ketopantoate reductase: Implications of ligand induced conformational changes in cofactor recognition.
著者: Choudhury, A. / Khanppnavar, B. / Datta, S.
履歴
登録2019年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
B: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
C: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,78010
ポリマ－105,8313
非ポリマー1,9497
水5,080282
1
A: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2715
ポリマ－35,2771
非ポリマー9944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
2
B: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0873
ポリマ－35,2771
非ポリマー8102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13650 Å2
手法PISA
3
C: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4232
ポリマ－35,2771
非ポリマー1461
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.995, 129.995, 155.105
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-564-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable 2-dehydropantoate 2-reductase / Ketopantoate reductase / KPR


分子量: 35276.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: panE / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9HW09, 2-dehydropantoate 2-reductase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-KPL / KETOPANTOATE / 2-DEHYDROPANTOATE / ケトパントイン酸


分子量: 146.141 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.33 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 1.3M Sodium-Potassium-Tartarate, 50mM BICINE pH 7.5, 20 mM NAD+
PH範囲: 7.0-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→23.46 Å / Num. obs: 104626 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.4 % / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4295 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: 000)精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZIK

5zik


解像度: 2.55→22.98 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.07
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER F_MINUS AND F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 3070 3.79 %
Rwork0.244 --
obs0.245 81035 98.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→22.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7032 0 130 282 7444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.639969
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.384335
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361084
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.58980.37441320.33123530X-RAY DIFFRACTION97
2.5898-2.63220.43531380.31553499X-RAY DIFFRACTION98
2.6322-2.67750.37981390.32143524X-RAY DIFFRACTION97
2.6775-2.72610.32711460.31833557X-RAY DIFFRACTION98
2.7261-2.77850.38011320.3153552X-RAY DIFFRACTION98
2.7785-2.83510.32081450.31323531X-RAY DIFFRACTION98
2.8351-2.89660.32571410.31563547X-RAY DIFFRACTION98
2.8966-2.96390.32211300.31593533X-RAY DIFFRACTION97
2.9639-3.03780.40781360.30613477X-RAY DIFFRACTION97
3.0378-3.11980.27221320.29513533X-RAY DIFFRACTION97
3.1198-3.21130.29991430.2813483X-RAY DIFFRACTION97
3.2113-3.31470.32121370.27243477X-RAY DIFFRACTION97
3.3147-3.43280.30411430.25983549X-RAY DIFFRACTION97
3.4328-3.56980.31441400.24633471X-RAY DIFFRACTION97
3.5698-3.73160.25921430.23923578X-RAY DIFFRACTION98
3.7316-3.92740.26841400.22443557X-RAY DIFFRACTION98
3.9274-4.17210.23181430.21173559X-RAY DIFFRACTION99
4.1721-4.4920.22361440.19653623X-RAY DIFFRACTION99
4.492-4.940.19991390.19263580X-RAY DIFFRACTION99
4.94-5.64560.23051400.20373587X-RAY DIFFRACTION99
5.6456-7.07820.21481470.2383615X-RAY DIFFRACTION100
7.0782-22.9810.19181400.18863603X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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