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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dhe | ||||||
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Title | Crystal structure of a probable GTP-binding protein engB from Burkholderia thailandensis | ||||||
![]() | Probable GTP-binding protein EngB | ||||||
![]() | CELL CYCLE / melioidosis / RAS-like GTPase / cell division / septation / GTP-binding / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome. Authors: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...Authors: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 132.3 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 17.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3d63C ![]() 3dahC ![]() 3eizC ![]() 3ej2C ![]() 3ek2C ![]() 3ezoC ![]() 3f0fC ![]() 3ftpC ![]() 3gk0C ![]() 3gk3C ![]() 3gvfC ![]() 3gwaC ![]() 3gweC ![]() 3imlC ![]() 3sz8C ![]() 3t4cC ![]() 3tmlC ![]() 3tmqC ![]() 3txyC ![]() 3u7jC ![]() 3ue9C ![]() 3uk1C ![]() 3uk2C ![]() 3undC ![]() 3uptC ![]() 3urrC ![]() 3uw1C ![]() 3uw2C ![]() 3uw3C ![]() 3v2iC ![]() 3v7nC ![]() 3v8hC ![]() 3v9oC ![]() 3v9pC ![]() 3vavC ![]() 4ddoC ![]() 4dfeC ![]() 4dhkC ![]() 4dutC ![]() 4dz4C ![]() 4e4tC ![]() 4efiC ![]() 4eg0C ![]() 4egjC ![]() 4ek2C ![]() 4eqyC ![]() 4ewgC ![]() 4exqC ![]() 4f2gC ![]() 4f32C ![]() 4f3nC ![]() 4f3yC ![]() 4f4hC ![]() 4f7dC ![]() 4fk8C ![]() 4fryC ![]() 4g1kC ![]() 4g67C ![]() 4ghkC ![]() 4h3yC ![]() 4h3zC ![]() 4h4gC ![]() 1puiS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: -1 - 206 / Label seq-ID: 3 - 210
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 24538.080 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: ButhA.00252.a.A1.PW33397 at 34 mg/mL against JCSG+ H8, 0.2 M NaCl, 0.1 M BisTris, 25% PEG 3350 with 15% EG as cryo-protectant, Crystal tracking ID 225992h8, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...Details: ButhA.00252.a.A1.PW33397 at 34 mg/mL against JCSG+ H8, 0.2 M NaCl, 0.1 M BisTris, 25% PEG 3350 with 15% EG as cryo-protectant, Crystal tracking ID 225992h8, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 17, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. all: 26548 / Num. obs: 26282 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 36.759 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 13.31 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1pui Resolution: 2.2→19.781 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.2384 / WRfactor Rwork: 0.2057 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.778 / SU B: 14.927 / SU ML: 0.196 / SU R Cruickshank DPI: 0.2702 / SU Rfree: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.22 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 82.16 Å2 / Biso mean: 37.8454 Å2 / Biso min: 14.96 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→19.781 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 5903 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: LOCAL / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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