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- PDB-4g1j: Sortase C1 of GBS Pilus Island 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g1j
タイトルSortase C1 of GBS Pilus Island 1
要素Sortase family protein
キーワードTRANSFERASE / CYSTEINE PROTEASE / EXTRACELLULAR
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Sortase C / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sortase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae serogroup V (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Cozzi, R. / Prigozhin, D.M. / Alber, T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural basis for group B streptococcus pilus 1 sortases C regulation and specificity.
著者: Cozzi, R. / Prigozhin, D. / Rosini, R. / Abate, F. / Bottomley, M.J. / Grandi, G. / Telford, J.L. / Rinaudo, C.D. / Maione, D. / Alber, T.
履歴
登録2012年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase family protein
B: Sortase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6362
ポリマ－49,6362
非ポリマー00
水6,305350
1
A: Sortase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8181
ポリマ－24,8181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sortase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8181
ポリマ－24,8181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.977, 48.467, 59.369
Angle α, β, γ (deg.)87.31, 76.85, 72.64
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Sortase family protein


分子量: 24818.207 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 42-263 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae serogroup V (バクテリア)
遺伝子: SAG0647 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8E0S7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.41 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→46.25 Å / Num. obs: 31194 / Biso Wilson estimate: 20.56 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→46.25 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 1486 4.76 %
Rwork0.172 --
obs0.173 31194 77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.31 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.6185 Å2-2.815 Å20.2164 Å2
2--0.1292 Å27.1253 Å2
3---7.4892 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3152 0 0 350 3502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073220
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0254366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8051204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004565
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.81590.2897490.2162805X-RAY DIFFRACTION21
1.8159-1.88860.207700.19061320X-RAY DIFFRACTION35
1.8886-1.97450.2441940.1932075X-RAY DIFFRACTION53
1.9745-2.07860.23881630.17623246X-RAY DIFFRACTION84
2.0786-2.20890.20081820.17113611X-RAY DIFFRACTION93
2.2089-2.37940.22181820.17353644X-RAY DIFFRACTION94
2.3794-2.61890.24531870.1833697X-RAY DIFFRACTION96
2.6189-2.99770.20431870.18633759X-RAY DIFFRACTION97
2.9977-3.77660.18341860.16713744X-RAY DIFFRACTION98
3.7766-46.250.18051860.15853807X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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