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- PDB-3upt: Crystal structure of a transketolase from Burkholderia pseudomall... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3upt | |||||||||
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Title | Crystal structure of a transketolase from Burkholderia pseudomallei bound to TPP, calcium and ribose-5-phosphate | |||||||||
![]() | Transketolase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / TPP / calcium-dependent / co-factor / e pentose phosphate pathway / Calvin cycle / tkt | |||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
![]() | ![]() Title: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome. Authors: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...Authors: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 508.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 414.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 997.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1003.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 53.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 79.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3d63C ![]() 3dahC ![]() 3eizC ![]() 3ej2C ![]() 3ek2C ![]() 3ezoC ![]() 3f0fC ![]() 3ftpC ![]() 3gk0C ![]() 3gk3C ![]() 3gvfC ![]() 3gwaC ![]() 3gweC ![]() 3imlC ![]() 3sz8C ![]() 3t4cC ![]() 3tmlC ![]() 3tmqC ![]() 3txyC ![]() 3u7jC ![]() 3ue9C ![]() 3uk1SC ![]() 3uk2C ![]() 3undC ![]() 3urrC ![]() 3uw1C ![]() 3uw2C ![]() 3uw3C ![]() 3v2iC ![]() 3v7nC ![]() 3v8hC ![]() 3v9oC ![]() 3v9pC ![]() 3vavC ![]() 4ddoC ![]() 4dfeC ![]() 4dheC ![]() 4dhkC ![]() 4dutC ![]() 4dz4C ![]() 4e4tC ![]() 4efiC ![]() 4eg0C ![]() 4egjC ![]() 4ek2C ![]() 4eqyC ![]() 4ewgC ![]() 4exqC ![]() 4f2gC ![]() 4f32C ![]() 4f3nC ![]() 4f3yC ![]() 4f4hC ![]() 4f7dC ![]() 4fk8C ![]() 4fryC ![]() 4g1kC ![]() 4g67C ![]() 4ghkC ![]() 4h3yC ![]() 4h3zC ![]() 4h4gC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 4 molecules AB![](data/chem/img/RP5.gif)
![](data/chem/img/RP5.gif)
#1: Protein | Mass: 76727.477 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Sugar | |
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-Non-polymers , 4 types, 829 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/TPP.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TPP.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-BR / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: ButhA.01294.a.A1 at 38 mg/mL with 5 mM TPP, 5 mM ribose-5-phosphate, 5 mM CaCl2 against PACT screen condition G2, 0.2 M NaBr, 0.1 M BisTris propane pH 7.5, 20% PEG 3350 cryo-protected with ...Details: ButhA.01294.a.A1 at 38 mg/mL with 5 mM TPP, 5 mM ribose-5-phosphate, 5 mM CaCl2 against PACT screen condition G2, 0.2 M NaBr, 0.1 M BisTris propane pH 7.5, 20% PEG 3350 cryo-protected with crystallant, compounds and 25% ethylene glycol; crystal tracking ID 227593g2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 11, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 61439 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.634 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 17.52 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3UK1 Resolution: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.1626 / WRfactor Rwork: 0.1239 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8818 / SU B: 10.932 / SU ML: 0.137 / SU R Cruickshank DPI: 0.3216 / SU Rfree: 0.2122 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.212 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES: WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.68 Å2 / Biso mean: 19.5631 Å2 / Biso min: 7.25 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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