[日本語] English
万見
- PDB-4exq: CRYSTAL STRUCTURE of UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE (UPD) FROM BU... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4exq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE of UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE (UPD) FROM BURKHOLDERIA THAILANDENSIS E264
要素Uroporphyrinogen decarboxylase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / SSGCID / NIH / SBRI / URO-D / HEME BIOSYNTHESIS / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


protoporphyrinogen IX biosynthetic process from glutamate / uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uroporphyrinogen decarboxylase HemE / Uroporphyrinogen decarboxylase signature 1. / Uroporphyrinogen decarboxylase signature 2. / Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D) / Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D) / TIM Barrel - #210 / UROD/MetE-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uroporphyrinogen decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2012年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uroporphyrinogen decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8642
ポリマ－39,8411
非ポリマー231
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Uroporphyrinogen decarboxylase
ヘテロ分子

A: Uroporphyrinogen decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7284
ポリマ－79,6822
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area24980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.320, 53.320, 233.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Uroporphyrinogen decarboxylase / UPD / URO-D


分子量: 39841.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: hemE, BTH_I3304 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2STF3, uroporphyrinogen decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: EBS INTERNAL TRACKING NUMBER HEPES (PH 7.0), 500 MM NACL, 2 MM DTT, 0.025% SODIUM AZIDE, 5% GLYCEROL, 0.4 UL X 0.4 UL DROP WITH 10% PEG 1000, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月21日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 41883 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 16.26
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.462 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 2105 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.179 41768 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----1.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2678 0 1 174 2853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3151.9563771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.415361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.25722.869122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.64315395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7761524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212158
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 130 -
Rwork0.244 2562 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46730.59120.04420.81480.00490.3020.0573-0.0057-0.04430.0265-0.0237-0.0358-0.0625-0.0419-0.03360.1050.00660.00110.0432-0.00650.062316.0418-29.1943-24.1552
20.24010.3689-0.02481.5124-0.26420.16830.0861-0.0052-0.0119-0.006-0.06810.0474-0.08040.0539-0.0180.1604-0.02680.01190.02140.00170.045220.9873-17.2266-24.7295
30.0077-0.0670.04161.06350.41813.6067-0.01320.00410.0177-0.0603-0.0381-0.075-0.39340.22230.05130.1682-0.0161-0.02450.0216-0.00810.073411.9267-9.3342-11.1063
40.07530.20160.54110.54181.4544.1324-0.03860.0134-0.0048-0.09010.036-0.0188-0.19480.22690.00260.11560.0088-0.0020.08740.01050.04713.1961-20.1842-15.4754
50.1424-0.04570.48650.4513-0.33691.7483-0.0043-0.02030.00660.0101-0.00760.0435-0.0474-0.05830.0120.07990.02-0.0010.06890.00470.04566.1079-22.5442-5.8428
60.5371-0.082-0.18210.2149-0.01310.25140.0034-0.053-0.0414-0.00160.01440.01910.01010.0238-0.01780.072-0.0057-0.00030.06140.00260.066517.6013-38.8626-16.8072
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2A42 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3A77 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4A136 - 169
5X-RAY DIFFRACTION5A170 - 261
6X-RAY DIFFRACTION6A262 - 358

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る