PDB-2a98: Crystal structure of the catalytic domain of human inositol 1,4,5...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a98

タイトル

Crystal structure of the catalytic domain of human inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase C

要素

Inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase C

キーワード

TRANSFERASE / kinase / inositol / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol-trisphosphate 3-kinase / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / cellular response to calcium ion / calmodulin binding / nuclear speck / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Hallberg, B.M. / Ogg, D. / Ehn, M. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Kotenyova, T. / Nilsson-Ehle, P. / Nordlund, P. / Persson, C. / Sagemark, J. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the catalytic domain of human inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase C
著者: Hallberg, B.M. / Ogg, D. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Ehn, M. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Kotenyova, T. / Nilsson-Ehle, P. / Nordlund, P. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schuler, H. ...

履歴

登録	2005年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a98.cif.gz	65.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a98.ent.gz	48.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2a98_validation.pdf.gz	852.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2a98_full_validation.pdf.gz	857.5 KB	表示
XML形式データ	2a98_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	2a98_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/2a98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/2a98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1w2cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kp6-d 1w2c-1 5oxg-1 6nji-2 2g62-d 5tkb-4 3sl6-4 1y1z-d 4exq-d 1vsm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Q96DU7_HUMAN

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase C

ヘテロ分子

30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.720, 87.720, 174.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase C 分子量: 29644.883 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta-2 参照: UniProt: Q9Y475, UniProt: Q96DU7*PLUS, inositol-trisphosphate 3-kinase
#2: 化合物	ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸分子量: 420.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅O₁₅P₃

#1: タンパク質

Inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase C

分子量: 29644.883 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PNIC-Bsa4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta-2
参照: UniProt: Q9Y475, UniProt: Q96DU7*PLUS, inositol-trisphosphate 3-kinase

#2: 化合物

ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸

分子量: 420.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅O₁₅P₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG3350, Sodium thiocyanate, Magnesium chloride, inositol 1,4,5-trisphosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2005年6月28日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→28.68 Å / Num. all: 12906 / Num. obs: 12906 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 21.79
反射シェル	解像度: 2.6→2.65 Å / % possible obs: 86.1 % / R_merge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. measured obs: 11858 / Num. unique obs: 1335 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 1w2c

1w2c

解像度: 2.6→28.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 21.235 / SU ML: 0.212 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.426 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.262	629	4.9 %	RANDOM
R_work	0.218	-	-	-
all	0.22	13501	-	-
obs	0.22	12872	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.726 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0.15 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2075	0	24	0	2099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.849	1.982	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.864	5	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.676	24.272	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.941	15	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.701	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.179	0.2	313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	814
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.261	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.078	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.574	1.5	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.956	2	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.682	3	919
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.488	4.5	821

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	61	-
R_work	0.293	867	-
all	-	928	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.8028	1.8293	-0.7937	40.1306	-6.3757	14.0423	-0.3586	-1.1355	0.5206	0.6495	0.552	0.9279	-1.4592	-0.1921	-0.1934	-0.0513	0.0618	0.0277	0.452	-0.0661	0.0983	13.122	46.093	0.045
2	9.488	-1.803	10.6256	6.4154	-5.3765	18.9288	0.228	1.0249	0.0106	-0.7929	-0.4439	-0.5328	0.7727	1.3914	0.216	0.1405	0.0447	0.1378	0.2211	0.0508	0.1524	8.123	37.638	-10.693
3	11.4523	-2.0195	-0.9872	0.9309	-0.0577	0.1785	-0.6232	-0.2117	1.0627	0.3463	0.6728	-0.3475	-0.3836	0.1524	-0.0496	0.1906	0.0055	-0.0638	0.2078	-0.0132	0.3195	10.098	48.898	-1.743
4	0.4276	1.0937	-0.3364	10.7773	-3.3991	3.808	-0.0284	0.4472	-0.2491	0.4274	-0.6214	-0.7484	0.7239	0.5395	0.6498	0.1329	0.0969	0.0703	0.0445	0.0673	0.2214	-2.013	32.112	2.975
5	8.3186	-1.3839	0.5163	8.7724	1.0994	9.397	-0.2356	-0.663	-0.9336	0.8455	0.2429	-0.7403	1.9974	1.4943	-0.0072	0.5589	0.3554	0.0323	0.3372	0.2151	0.6128	2.706	24.068	17.827
6	1.9943	-1.6866	-0.047	5.7213	2.1493	9.429	-0.2886	-0.1877	-0.2448	0.1262	0.0546	0.0545	0.0706	-0.3224	0.2339	-0.056	0.0506	0.0211	-0.0084	0.0633	0.1618	-12.128	38.953	7.924
7	11.8432	-8.4523	-2.251	12.7825	2.7835	6.4138	0.393	0.9971	-0.3499	-1.385	-0.7169	0.6017	-0.1992	-0.5364	0.3239	0.1245	-0.0629	0.0016	0.0868	0.0723	0.0922	-8.612	38.856	-10.415
8	5.4068	-0.5305	-0.4045	7.9484	1.7111	4.1089	-0.1607	0.4904	-0.5318	-0.5193	-0.0117	-0.6254	0.7483	0.2308	0.1724	0.1456	0.034	0.1517	0.0942	0.0416	0.1023	-0.328	31.879	-4.799
9	6.2945	-6.9182	-1.9264	8.4988	-0.0286	9.814	0.1243	-0.0019	-0.6594	-0.4953	0.1271	0.638	0.0271	-0.517	-0.2514	0.0865	-0.1017	0.0359	0.0773	-0.0023	0.1983	-14.907	34.127	-4.891

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	425 - 435
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	436 - 453
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	454 - 480
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	481 - 494
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	495 - 543
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	544 - 585
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	586 - 614
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	615 - 664
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	665 - 683

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)