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万見
- PDB-2g62: Crystal structure of human PTPA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g62
タイトルCrystal structure of human PTPA
要素protein phosphatase 2A, regulatory subunit B' (PR 53)
キーワードHYDROLASE ACTIVATOR / PPP2R4 / MGC2184 / PP2A / PR53 / PTPA / protein phosphatase 2A / regulatory subunit B' (PR 53)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tyrosine phosphatase activator activity / regulation of phosphoprotein phosphatase activity / negative regulation of protein dephosphorylation / protein phosphatase type 2A complex / protein phosphatase regulator activity / negative regulation of phosphoprotein phosphatase activity / ATPase complex / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of protein dephosphorylation / calcium channel complex ...protein tyrosine phosphatase activator activity / regulation of phosphoprotein phosphatase activity / negative regulation of protein dephosphorylation / protein phosphatase type 2A complex / protein phosphatase regulator activity / negative regulation of phosphoprotein phosphatase activity / ATPase complex / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of protein dephosphorylation / calcium channel complex / mitotic spindle organization / protein phosphatase 2A binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of apoptotic process / signaling receptor binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphotyrosyl phosphate activator, C-terminal lid domain / Phosphotyrosyl phosphatase activator, PTPA / PTPA superfamily / Phosphotyrosyl phosphatase activator, C-terminal lid domain / Phosphotyrosyl phosphate activator (PTPA) protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase 2A activator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Magnusdottir, A. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Magnusdottir, A. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Hogbom, M. / Holmberg Schiavone, L. / Kotenyova, T. / Nilsson-Ehle, P. / Nyman, T. / Ogg, D. / Persson, C. / Sagemark, J. / Sundstrom, M. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Wallden, K. / Weigelt, J. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The crystal structure of a human PP2A phosphatase activator reveals a novel fold and highly conserved cleft implicated in protein-protein interactions.
著者: Magnusdottir, A. / Stenmark, P. / Flodin, S. / Nyman, T. / Hammarstrom, M. / Ehn, M. / Bakali H, M.A. / Berglund, H. / Nordlund, P.
履歴
登録2006年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein phosphatase 2A, regulatory subunit B' (PR 53)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8046
ポリマ－37,3281
非ポリマー4765
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.190, 76.420, 87.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 protein phosphatase 2A, regulatory subunit B' (PR 53) / PPP2R4


分子量: 37327.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R4 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q15257
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA11
シンクロトロンSLS X06SA20.97993, 0.97973, 0.91166
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2006年2月11日LN2 cooled fixed-exit, Si(111) monochromator
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2006年2月11日LN2 cooled fixed-exit, Si(111) monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LN2 cooled fixed-exit, Si(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LN2 cooled fixed-exit, Si(111) monochromatorMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979931
30.979731
40.911661
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 43314 / Num. obs: 43241 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Num. unique all: 7071 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.287 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18339 2194 5.1 %RANDOM
Rwork0.15201 ---
all0.15361 43314 --
obs0.15361 41045 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.504 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2459 0 26 417 2902
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222595
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5871.9593527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0234331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5325314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26323.967121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.99515448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.0821513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.250.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.21883
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.21263
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21191
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.2265
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2870.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2520.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.441.51991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3111.5610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63922502
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.05931261
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0124.51019
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 145 -
Rwork0.167 2998 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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