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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5klq | ||||||
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Title | Crystal structure of HopZ1a in complex with IP6 and CoA | ||||||
![]() | Orf34 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Ser/Thr acetyltransferase | ||||||
Function / homology | ![]() O-acetyltransferase activity / host cytoskeleton / inositol hexakisphosphate binding / metabolic process / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / toxin activity / host cell cytoplasm / host cell nucleus / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Z.-M. / Song, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of a pathogen effector reveals the enzymatic mechanism of a novel acetyltransferase family. Authors: Zhang, Z.M. / Ma, K.W. / Yuan, S. / Luo, Y. / Jiang, S. / Hawara, E. / Pan, S. / Ma, W. / Song, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 376.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 309.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 39.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 50.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 37983.453 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: residues 29-369 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CIT / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 20% PEG10000. 100mM HEPES, pH 7.0, 200 mM ammonium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 24, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.4→47.57 Å / Num. obs: 15997 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 2.5 % / Net I/σ(I): 4.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: HopZ1a Resolution: 3.4→47.566 Å / SU ML: 0.5 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 29.49
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→47.566 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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