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Yorodumi- PDB-3my0: Crystal structure of the ACVRL1 (ALK1) kinase domain bound to LDN... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3my0 | ||||||
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Title | Crystal structure of the ACVRL1 (ALK1) kinase domain bound to LDN-193189 | ||||||
Components | Serine/threonine-protein kinase receptor R3 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Protein Kinase / Serine/threonine-protein kinase receptor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | Function and homology information lymphatic endothelial cell differentiation / negative regulation of endothelial cell differentiation / regulation of endothelial cell proliferation / dorsal aorta morphogenesis / positive regulation of epithelial cell differentiation / blood vessel maturation / venous blood vessel development / transforming growth factor beta receptor activity / lymphangiogenesis / positive regulation of chondrocyte differentiation ...lymphatic endothelial cell differentiation / negative regulation of endothelial cell differentiation / regulation of endothelial cell proliferation / dorsal aorta morphogenesis / positive regulation of epithelial cell differentiation / blood vessel maturation / venous blood vessel development / transforming growth factor beta receptor activity / lymphangiogenesis / positive regulation of chondrocyte differentiation / BMP receptor complex / retina vasculature development in camera-type eye / BMP receptor activity / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of endothelial cell differentiation / activin receptor activity, type I / transforming growth factor beta receptor activity, type I / negative regulation of focal adhesion assembly / endothelial tube morphogenesis / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration / artery development / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / activin binding / Signaling by BMP / cellular response to BMP stimulus / positive regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of cell adhesion / transforming growth factor beta binding / dorsal/ventral pattern formation / blood circulation / wound healing, spreading of epidermal cells / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of endothelial cell migration / endocardial cushion morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / BMP signaling pathway / regulation of DNA replication / SMAD binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / blood vessel remodeling / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / regulation of blood pressure / negative regulation of cell growth / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of angiogenesis / heart development / angiogenesis / in utero embryonic development / response to hypoxia / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65 Å | ||||||
Authors | Chaikuad, A. / Alfano, I. / Cooper, C. / Mahajan, P. / Daga, N. / Sanvitale, C. / Fedorov, O. / Petrie, K. / Savitsky, P. / Gileadi, O. ...Chaikuad, A. / Alfano, I. / Cooper, C. / Mahajan, P. / Daga, N. / Sanvitale, C. / Fedorov, O. / Petrie, K. / Savitsky, P. / Gileadi, O. / Sethi, R. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Pike, A.C.W. / Vollmar, M. / Carpenter, C.P. / Ugochukwu, E. / Knapp, S. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: Angiogenesis / Year: 2015 Title: A small molecule targeting ALK1 prevents Notch cooperativity and inhibits functional angiogenesis. Authors: Kerr, G. / Sheldon, H. / Chaikuad, A. / Alfano, I. / von Delft, F. / Bullock, A.N. / Harris, A.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3my0.cif.gz | 2.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3my0.ent.gz | 2.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3my0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3my0_validation.pdf.gz | 5.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3my0_full_validation.pdf.gz | 5.5 MB | Display | |
Data in XML | 3my0_validation.xml.gz | 239.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3my0_validation.cif.gz | 315.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/3my0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/3my0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3h9rS S: Starting model for refinement |
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-Links
-Assembly
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