PDB-3iau: The structure of the processed form of threonine deaminase isofor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iau

タイトル

The structure of the processed form of threonine deaminase isoform 2 from Solanum lycopersicum

要素

Threonine deaminase

キーワード

LYASE / pyridoxal phosphate / Amino-acid biosynthesis / defensive protein / jasmonic acid pathway / jasmonic acid / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG / Allosteric enzyme / Branched-chain amino acid biosynthesis / Chloroplast / Isoleucine biosynthesis / Transit peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of defense response / response to herbivore / threonine ammonia-lyase / defense response to insect / threonine deaminase activity / L-serine ammonia-lyase / response to insect / L-serine ammonia-lyase activity / L-threonine catabolic process / L-serine catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum lycopersicum (トマト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.353 Å

データ登録者

Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Adaptive evolution of threonine deaminase in plant defense against insect herbivores.
著者: Gonzales-Vigil, E. / Bianchetti, C.M. / Phillips, G.N. / Howe, G.A.

履歴

登録	2009年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3iau.cif.gz	165.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3iau.ent.gz	127.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3iau.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/3iau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/3iau	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2alu-d 2p1s-d 3b7q-2 6fwp-d 3v5a-d 3taj-d 3u8q-d 4gd4-1 2os2-1 2r9j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.102508

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Threonine deaminase

B: Threonine deaminase

ヘテロ分子

80.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Threonine deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Threonine deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.834, 136.834, 254.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Threonine deaminase / Threonine dehydratase biosynthetic / chloroplastic / TD 分子量: 39157.629 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 53-415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: TD / プラスミド: pET30TD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl24 (DE3) / 参照: UniProt: P25306, threonine ammonia-lyase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500 分子量: 1529.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₉H₁₄₀O₃₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.14 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Protein Solution (10 mg/ml protein, 0.05 M NaCl, 0.003 M NaN3, 0.005 M Bis-Tris pH 7) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (32% Polyethylene glycol 1500, 0.1 M LiSO4, 0.1 M Sodium ...詳細: Protein Solution (10 mg/ml protein, 0.05 M NaCl, 0.003 M NaN3, 0.005 M Bis-Tris pH 7) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (32% Polyethylene glycol 1500, 0.1 M LiSO4, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5). Cryoprotected with 32% Polyethylene glycol 1500, 0.1 M LiSO4, 5% ethylene glycol, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 4.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.14 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Protein Solution (10 mg/ml protein, 0.05 M NaCl, 0.003 M NaN3, 0.005 M Bis-Tris pH 7) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (32% Polyethylene glycol 1500, 0.1 M LiSO4, 0.1 M Sodium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97957 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97957 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 21.5 % / Av σ(I) over netI: 28.11 / 数: 1263122 / R_merge(I) obs: 0.133 / Χ²: 1.04 / D res high: 2.35 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 58877 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.06	50	100	1	0.042	0.918	20.7
4.02	5.06	100	1	0.068	0.964	21.8
3.51	4.02	100	1	0.077	1.016	22.1
3.19	3.51	100	1	0.124	1.027	22.2
2.96	3.19	100	1	0.19	1.068	22.2
2.79	2.96	100	1	0.244	1.089	22
2.65	2.79	100	1	0.327	1.071	21.7
2.53	2.65	100	1	0.424	1.086	21.3
2.43	2.53	100	1	0.542	1.082	20.7
2.35	2.43	100	1	0.676	1.109	19.9

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 58877 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.5 % / B_iso Wilson estimate: 26.65 Å² / R_merge(I) obs: 0.133 / Χ²: 1.041 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.35-2.43	19.9	0.676	5776	1.109	100
2.43-2.53	20.7	0.542	5775	1.082	100
2.53-2.65	21.3	0.424	5785	1.086	100
2.65-2.79	21.7	0.327	5794	1.071	100
2.79-2.96	22	0.244	5822	1.089	100
2.96-3.19	22.2	0.19	5823	1.068	100
3.19-3.51	22.2	0.124	5873	1.027	100
3.51-4.02	22.1	0.077	5920	1.016	100
4.02-5.06	21.8	0.068	5982	0.964	100
5.06-50	20.7	0.042	6327	0.918	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 0.376 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.662

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	48.56 Å
Translation	3 Å	48.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.353→48.559 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.04 / SU ML: 1.96 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.199	2979	5.07 %
R_work	0.164	-	-
obs	0.166	58785	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.526 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.12 Å² / B_iso mean: 32.753 Å² / B_iso min: 9.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.684 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.684 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.368 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.353→48.559 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5324	0	40	654	6018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5484
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.914	7435
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	861
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	963
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.409	1997

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.353-2.392	0.222	128	0.199	2511	2639	96
2.392-2.433	0.231	139	0.185	2596	2735	100
2.433-2.478	0.219	123	0.174	2628	2751	100
2.478-2.525	0.201	164	0.168	2602	2766	100
2.525-2.577	0.227	121	0.172	2634	2755	100
2.577-2.633	0.206	140	0.163	2641	2781	100
2.633-2.694	0.186	147	0.157	2597	2744	100
2.694-2.761	0.223	151	0.165	2619	2770	100
2.761-2.836	0.199	144	0.163	2610	2754	100
2.836-2.92	0.193	156	0.163	2632	2788	100
2.92-3.014	0.238	136	0.169	2631	2767	100
3.014-3.121	0.193	156	0.173	2630	2786	100
3.121-3.246	0.215	142	0.164	2653	2795	100
3.246-3.394	0.211	113	0.168	2663	2776	100
3.394-3.573	0.202	136	0.163	2660	2796	100
3.573-3.797	0.195	142	0.151	2689	2831	100
3.797-4.09	0.185	140	0.151	2677	2817	100
4.09-4.501	0.164	136	0.134	2710	2846	100
4.501-5.152	0.155	148	0.138	2719	2867	100
5.152-6.488	0.214	152	0.17	2767	2919	100
6.488-48.569	0.183	165	0.17	2937	3102	100

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