PDB-7c3g: Crystal structure of human ALK2 kinase domain with R206H mutation...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c3g

タイトル

Crystal structure of human ALK2 kinase domain with R206H mutation in complex with a bicyclic pyrazole inhibitor RK-73134

要素

Activin receptor type-1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / kinase / inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

endocardial cushion cell fate commitment / mitral valve morphogenesis / BMP receptor complex / cardiac muscle cell fate commitment / atrial septum primum morphogenesis / BMP receptor activity / endocardial cushion fusion / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / acute inflammatory response / positive regulation of determination of dorsal identity ...endocardial cushion cell fate commitment / mitral valve morphogenesis / BMP receptor complex / cardiac muscle cell fate commitment / atrial septum primum morphogenesis / BMP receptor activity / endocardial cushion fusion / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / acute inflammatory response / positive regulation of determination of dorsal identity / transforming growth factor beta receptor activity, type I / smooth muscle cell differentiation / activin receptor complex / activin receptor activity, type I / endocardial cushion formation / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / pharyngeal system development / activin binding / cellular response to BMP stimulus / negative regulation of activin receptor signaling pathway / activin receptor signaling pathway / embryonic heart tube morphogenesis / gastrulation with mouth forming second / dorsal/ventral pattern formation / transforming growth factor beta binding / determination of left/right symmetry / neural crest cell migration / atrioventricular valve morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / SMAD binding / germ cell development / peptide hormone binding / positive regulation of intracellular signal transduction / mesoderm formation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / regulation of ossification / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of signal transduction / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to growth factor stimulus / apical part of cell / osteoblast differentiation / heart development / in utero embryonic development / cell differentiation / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / cadherin binding / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.802 Å

データ登録者

Sakai, N. / Mishima-Tsumagari, C. / Matsumoto, T. / Shirouzu, M.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Novel bicyclic pyrazoles as potent ALK2 (R206H) inhibitors for the treatment of fibrodysplasia ossificans progressiva.
著者: Yamamoto, H. / Sakai, N. / Ohte, S. / Sato, T. / Sekimata, K. / Matsumoto, T. / Nakamura, K. / Watanabe, H. / Mishima-Tsumagari, C. / Tanaka, A. / Hashizume, Y. / Honma, T. / Katagiri, T. / ...

履歴

登録	2020年5月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c3g.cif.gz	244 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c3g.ent.gz	190.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c3g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c3g_validation.pdf.gz	973.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c3g_full_validation.pdf.gz	982.3 KB	表示
XML形式データ	7c3g_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	7c3g_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/7c3g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/7c3g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mtfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dym-d 6t8n-1 1ads-d 3my0-6 4jq2-2 5z6t-1 1qlm-d 1ah0-d 3o3r-1 4xzl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Activin receptor type-1

B: Activin receptor type-1

ヘテロ分子

71.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Activin receptor type-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Activin receptor type-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.340, 140.259, 59.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-769- HOH

#1: タンパク質	Activin receptor type-1 / Activin receptor type I / ACTR-I / Activin receptor-like kinase 2 / ALK-2 / Serine/threonine- ...Activin receptor type I / ACTR-I / Activin receptor-like kinase 2 / ALK-2 / Serine/threonine-protein kinase receptor R1 / SKR1 / TGF-B superfamily receptor type I / TSR-I 分子量: 34531.625 Da / 分子数: 2 / 変異: R206H / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-terminal 2 residues "SM" are the residual of the purification tag after cleaving off the tag by protease, followed by the Q201 of ALK2 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACVR1, ACVRLK2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q04771, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物	ChemComp-FH0 / ~{N}-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-4-(2-pyridin-3-yl-6,7-dihydro-4~{H}-pyrazolo[5,1-c][1,4]oxazin-3-yl)pyrimidin-2-amine 分子量: 468.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₈N₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.6-8.0, 1.5-1.6 M ammonium sulfate / PH範囲: 7.6 - 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 66091 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.39 % / B_iso Wilson estimate: 34.77 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 18.92
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 1.562 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 10488 / CC_1/2: 0.787 / R_rim(I) all: 1.622 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MTF

3mtf

解像度: 1.802→46.098 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 7.048 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.121 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	3302	4.997 %
R_work	0.1851	62783	-
all	0.187	-	-
obs	-	66085	99.622 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.697 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.837 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.251 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.414 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.802→46.098 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4680	0	171	469	5320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	4960
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4528
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.84	1.649	6737
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.436	1.585	10473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.242	5	586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.798	22.048	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.378	15	840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.547	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	4282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2387
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.116	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.924	2.324	2344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.921	2.323	2343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.914	3.467	2921
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.914	3.468	2922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.792	2.765	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.441	2.647	2561
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.204	4.03	3813
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.893	3.857	3734
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.656	28.717	5814
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.282	28.036	5711

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.802-1.849	0.334	237	0.346	4532	X-RAY DIFFRACTION	98.4314
1.849-1.899	0.321	233	0.3	4429	X-RAY DIFFRACTION	99.1915
1.899-1.954	0.287	229	0.269	4355	X-RAY DIFFRACTION	99.3068
1.954-2.014	0.255	220	0.236	4188	X-RAY DIFFRACTION	99.4809
2.014-2.08	0.275	215	0.218	4091	X-RAY DIFFRACTION	99.5607
2.08-2.153	0.264	211	0.203	3995	X-RAY DIFFRACTION	99.6682
2.153-2.234	0.238	200	0.188	3809	X-RAY DIFFRACTION	99.7264
2.234-2.325	0.225	194	0.183	3696	X-RAY DIFFRACTION	99.8204
2.325-2.428	0.253	186	0.174	3547	X-RAY DIFFRACTION	99.8395
2.428-2.546	0.233	180	0.172	3407	X-RAY DIFFRACTION	99.8886
2.546-2.684	0.224	172	0.174	3259	X-RAY DIFFRACTION	99.9417
2.684-2.846	0.255	162	0.176	3092	X-RAY DIFFRACTION	99.9386
2.846-3.042	0.238	153	0.18	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
3.042-3.285	0.231	143	0.194	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.285-3.597	0.211	131	0.185	2492	X-RAY DIFFRACTION	99.9619
3.597-4.019	0.187	122	0.165	2303	X-RAY DIFFRACTION	100
4.019-4.635	0.177	106	0.137	2030	X-RAY DIFFRACTION	100
4.635-5.665	0.174	92	0.141	1740	X-RAY DIFFRACTION	100
5.665-7.96	0.23	73	0.182	1373	X-RAY DIFFRACTION	100
7.96-46.098	0.238	43	0.204	839	X-RAY DIFFRACTION	99.7738

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2735	0.0485	-0.158	1.1481	0.6832	0.6647	-0.0288	-0.0555	-0.0606	-0.1921	0.072	0.0386	-0.1658	0.1241	-0.0431	0.0938	-0.0536	0.0386	0.0495	-0.0079	0.0957	-18.9871	18.7882	29.0232
2	0.0847	0.3149	0.0472	1.5987	-0.132	0.33	0.0604	0.0405	0.0332	0.2851	0.0423	0.2219	0.021	0.0727	-0.1027	0.0762	-0.0018	0.0116	0.0578	0.0098	0.0881	-17.7548	53.0486	1.9413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	203 - 499
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	204 - 499

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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