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Yorodumi- PDB-4kav: Crystal Structure of the soluble domain of Lipooligosaccharide ph... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kav | ||||||
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Title | Crystal Structure of the soluble domain of Lipooligosaccharide phosphoethanolamine transferase A from Neisseria meningitidis | ||||||
Components | YhbX/YhjW/YijP/YjdB family protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / endotoxin biosynthesis / LptA / phosphoethanolamine transferase / polymyxin resistance / hydrolase / phosphotransferase / phosphotransfer reaction | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Neisseria meningitidis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.433 Å | ||||||
Authors | Vrielink, A. / Wanty, C. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2013 Title: The Structure of the Neisserial Lipooligosaccharide Phosphoethanolamine Transferase A (LptA) Required for Resistance to Polymyxin. Authors: Wanty, C. / Anandan, A. / Piek, S. / Walshe, J. / Ganguly, J. / Carlson, R.W. / Stubbs, K.A. / Kahler, C.M. / Vrielink, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kav.cif.gz | 235.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kav.ent.gz | 203 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kav.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4kav_validation.pdf.gz | 447.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4kav_full_validation.pdf.gz | 451.1 KB | Display | |
Data in XML | 4kav_validation.xml.gz | 20.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4kav_validation.cif.gz | 32.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/4kav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/4kav | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 38274.691 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Periplasmic Soluble Domain (unp residues 210-544) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria meningitidis (bacteria) / Strain: NMB / Gene: lpta, NMB1638 / Plasmid: pCMK527 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q7DD94, phosphatidylglycerophosphatase |
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-Non-polymers , 7 types, 500 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: Chemical | ChemComp-CU / | ||||||
#4: Chemical | ChemComp-PO4 / | ||||||
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / | #7: Chemical | ChemComp-DDQ / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: (23 26% PEG 8K, 100 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES), 15 mM n-dodecyl-N,N-dimethylamine- N-oxide (DDAO), pH 7.5-8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K PH range: 7.5-8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.97884, 0.9686 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 4, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: undulator / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.433→20 Å / Num. obs: 49289 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 18.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.433→19.255 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.96 / Phase error: 14.23 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.433→19.255 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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