PDB-5klq: Crystal structure of HopZ1a in complex with IP6 and CoA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5klq

タイトル

Crystal structure of HopZ1a in complex with IP6 and CoA

要素

Orf34

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Ser/Thr acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

O-acetyltransferase activity / host cytoskeleton /

inositol hexakisphosphate binding /

代謝 /

転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの /

toxin activity / host cell cytoplasm / host cell nucleus / host cell plasma membrane / extracellular region /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas syringae pv. syringae (シュードモナス・シリンガエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Zhang, Z.-M. / Song, J.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of a pathogen effector reveals the enzymatic mechanism of a novel acetyltransferase family.
著者: Zhang, Z.M. / Ma, K.W. / Yuan, S. / Luo, Y. / Jiang, S. / Hawara, E. / Pan, S. / Ma, W. / Song, J.

履歴

登録	2016年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月31日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月21日	Group: Database references
改定 1.3	2020年10月14日	Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_oper_list Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5klq.cif.gz	376.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5klq.ent.gz	309.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5klq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5klq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5klq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5klpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kav-d 5klp-1 6kze-1 1lqa-2 6tn8-d 4dym-d 7a21-1 5wxl-2 6b97-2 3my0-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
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クラスリン (Clathrin)
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アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
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クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
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#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Orf34

A: Orf34

B: Orf34

ヘテロ分子

118 kDa, 3 ポリマー
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1

C: Orf34

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.4 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Orf34

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.4 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Orf34

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.131, 82.295, 86.268
Angle α, β, γ (deg.)	64.20, 76.69, 89.35
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Orf34 分子量: 37983.453 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 29-369 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. syringae (シュードモナス・シリンガエ) 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q6VE93
#2: 化合物	ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸分子量: 660.035 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₈O₂₄P₆
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG10000. 100mM HEPES, pH 7.0, 200 mM ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→47.57 Å / Num. obs: 15997 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 4.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: HopZ1a

解像度: 3.4→47.566 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2815	1599	10.02 %
R_work	0.2344	-	-
obs	0.2392	15953	98.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→47.566 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7304	0	248	0	7552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7732
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9	10552
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.935	2727
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1173
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1358

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4002-3.5099	0.3446	138	0.3103	1289	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5099-3.6353	0.2954	139	0.2698	1258	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6353-3.7808	0.3303	154	0.2635	1315	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7808-3.9528	0.3332	139	0.2605	1291	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9528-4.1611	0.2743	154	0.2523	1312	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1611-4.4216	0.2814	148	0.2288	1316	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4216-4.7627	0.2639	155	0.2188	1290	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7627-5.2414	0.2953	144	0.2171	1321	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2414-5.9986	0.2947	136	0.2378	1326	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9986-7.5527	0.2924	142	0.2394	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
7.5527-47.5705	0.2049	150	0.1751	1319	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3284	-0.4036	2.0288	1.2307	-0.5546	3.3761	0.1138	0.1744	-0.1632	0.1345	-0.3238	-0.4515	0.508	0.7821	0.1007	0.5407	0.1362	0.0871	0.5194	0.513	0.4665	16.6203	-54.5404	-36.5913
2	0.5658	0.4575	-0.4191	2.1283	-0.4076	3.5141	0.2147	-0.1856	-0.3664	-0.0677	-0.2234	0.2279	-0.2409	-0.0277	-0.2978	0.2718	0.0611	0.1453	0.2237	0.1355	0.392	-0.618	-42.4254	-48.2741
3	1.3512	0.4427	0.963	2.0245	-0.4548	2.8831	-0.1373	0.3323	-0.4154	-0.212	0.2915	-0.1861	0.1686	0.3114	0.9387	0.2183	0.1124	0.2477	0.4714	0.1287	0.3556	6.9584	-36.5906	-53.8966
4	1.8261	-0.0378	0.3759	0.9162	-0.2982	1.8553	-0.0737	0.2619	-0.6244	-0.0159	-0.1825	-0.1802	0.1444	0.1798	0.0313	0.2784	-0.0001	0.0775	0.2756	0.117	0.4658	12.9777	-32.378	-54.5904
5	0.9586	0.3184	0.2432	1.0432	0.4758	1.8806	-0.15	-0.1047	-0.0792	-0.0673	-0.1081	0.265	-0.1861	0.0753	-0.4241	0.2503	0.1401	0.23	0.3065	0.0685	0.2896	8.6298	-26.9223	-45.4935
6	2.0382	-0.142	0.3948	1.2729	0.0398	1.1541	0.1453	-0.4252	0.2135	0.1095	0.0987	-0.0275	-0.514	-0.0611	-0.229	0.3712	-0.0327	0.0743	0.28	-0.0198	0.2144	15.8269	-26.2281	-40.3963
7	2.1263	-0.9756	1.6033	3.2226	-0.4389	1.8148	0.0802	-0.7954	-0.2985	0.1191	0.241	0.2309	0.2099	-0.0922	0.1033	0.4958	0.0787	0.0883	0.4404	0.1869	0.4662	17.2433	-36.5363	-25.5962
8	2.105	0.5555	-1.9901	1.8681	-1.0708	3.9372	0.0569	-0.5695	0.2151	-0.7622	0.0779	-0.7551	0.1388	0.7025	0.3114	0.3822	0.0057	0.1842	0.4258	0.2419	0.72	33.452	-41.5731	-39.6033
9	0.9351	-0.4858	0.2297	0.7604	0.0847	0.5238	-0.0066	-0.0817	-0.2746	0.0882	0.201	-0.0347	0.0688	-0.0404	-0.0132	0.0378	0.0572	0.013	0.5749	0.1648	0.4673	9.7416	-50.7357	-34.8305
10	2.7063	0.2574	-0.5116	2.5615	0.116	1.5668	0.2988	0.3187	0.1554	0.1199	-0.1638	-0.3133	0.1384	0.0138	-0.1188	0.3863	-0.0367	-0.1127	0.1648	0.0551	0.3113	20.9865	-24.361	-98.6733
11	2.2007	-1.1167	0.0663	0.9204	0.6711	2.3288	-0.067	-0.103	-0.0612	0.0956	0.0366	-0.1533	0.0048	0.1519	0.039	0.2398	-0.0694	0.0593	0.17	0.0561	0.2365	24.91	-26.4561	-82.4946
12	2.0105	-0.8938	-0.7432	2.7558	0.9306	1.383	-0.3502	-0.2761	0.5808	-0.3812	0.0692	-0.1533	-0.3871	-0.2704	0.2056	0.3995	0.111	-0.2153	0.3354	-0.0562	0.6988	36.3149	-53.2628	-58.688
13	0.8311	-0.3348	0.2061	2.877	0.3996	0.2797	-0.0539	-0.2319	0.0208	0.2263	0.0463	0.2717	-0.0867	-0.2991	-0.6343	0.2143	0.1454	-0.2061	0.2802	0.0086	0.2877	21.8225	-71.2425	-53.1359
14	0.0577	0.0881	-0.1697	1.8192	-0.5105	2.3701	-0.0051	-0.2727	0.4184	-0.0041	-0.0122	0.4806	0.0218	0.1338	0.0633	0.1918	0.0137	0.0105	0.4035	-0.1042	0.3824	29.8477	-78.2654	-54.1497
15	1.4676	0.2828	0.2958	1.9508	-0.6096	3.0457	-0.1777	0.0227	-0.0939	0.2597	-0.1864	-0.1183	-0.1797	0.2386	-1.1268	0.2476	0.1167	0.1487	0.2546	0.0176	0.1168	34.1282	-78.1229	-60.8241
16	2.0785	1.6261	-0.3448	2.4314	-0.0784	1.5151	-0.3293	0.044	-0.2597	-0.387	0.1383	-0.2418	-0.1218	-0.0808	-0.042	0.4093	0.0229	-0.1523	0.3479	-0.0875	0.1635	30.536	-79.7972	-66.9604
17	2.3444	0.7841	0.0912	2.8742	0.1815	2.3154	-0.1341	0.1209	-0.0019	0.1618	0.2457	-0.3467	0.3298	0.2916	0.1195	0.3837	0.0786	-0.0773	0.3333	-0.0422	0.093	35.2928	-80.8649	-65.9935
18	2.7727	-0.067	0.3767	1.1639	-0.3197	1.2242	-0.0494	0.9146	-0.1107	-0.7263	-0.0812	0.0733	0.3677	-0.2126	0.2027	0.644	-0.0372	0.0219	0.567	-0.0321	0.1988	40.0812	-66.8602	-78.3681
19	2.9527	-0.4064	2.018	0.3875	-0.0817	2.9058	0.031	0.2602	0.3424	-0.098	0.1478	-0.3217	0.6163	0.8989	0.3866	0.6194	-0.0443	-0.1191	0.5777	0.0652	0.3796	55.5961	-64.5323	-63.2781
20	2.5687	0.1292	0.6179	0.4904	-0.466	0.6614	-0.1528	-0.4122	0.6801	0.019	-0.0358	0.3533	-0.2121	-0.5455	0.5649	0.2456	-0.0171	-0.1402	0.718	-0.1723	0.4948	32.536	-54.2503	-61.9863

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 46 through 96 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 97 through 137 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 138 through 170 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 171 through 215 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 216 through 265 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 266 through 311 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 312 through 333 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 334 through 350 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 351 through 368 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 43 through 137 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 138 through 368 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 46 through 106 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 107 through 125 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 126 through 195 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 196 through 215 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 216 through 265 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 266 through 293 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 294 through 333 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 334 through 350 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 351 through 368 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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