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- PDB-3gk0: Crystal structure of pyridoxal phosphate biosynthetic protein fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gk0
タイトルCrystal structure of pyridoxal phosphate biosynthetic protein from Burkholderia pseudomallei
要素Pyridoxine 5'-phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / deCODE / SSGCID / NIAID / SBRI / Pyridoxine biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxine 5'-phosphate synthase / pyridoxine 5'-phosphate synthase activity / pyridoxine biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal phosphate (active vitamin B6) biosynthesis PdxJ / Pyridoxine 5'-phosphate synthase / Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-DEOXY-D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Pyridoxine 5'-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2009年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
B: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
C: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
D: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
E: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
F: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
G: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
H: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,82016
ポリマ－238,7038
非ポリマー1,1178
水15,331851
1
A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
D: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
F: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
G: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9708
ポリマ－119,3514
非ポリマー6184
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8430 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area36120 Å2
手法PISA
2
A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
G: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9854
ポリマ－59,6762
非ポリマー3092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
3
B: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
C: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
E: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
H: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,8508
ポリマ－119,3514
非ポリマー4994
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8240 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area36240 Å2
手法PISA
4
B: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
E: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8664
ポリマ－59,6762
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
5
C: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
H: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9854
ポリマ－59,6762
非ポリマー3092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19300 Å2
手法PISA
6
D: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
F: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9854
ポリマ－59,6762
非ポリマー3092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.090, 91.864, 90.024
Angle α, β, γ (deg.)118.480, 116.810, 93.500
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Pyridoxine 5'-phosphate synthase / PNP synthase


分子量: 29837.867 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: pdxJ / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JQ80, pyridoxine 5'-phosphate synthase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-DXP / 1-DEOXY-D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE / 1-デオキシ-D-キシルロ-ス5-りん酸


分子量: 214.110 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 851 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16.4% PEG4000, 0.1 M Hepes NaOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97934 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 91137 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.069 / Net I/σ(I): 12.627
反射 シェル解像度: 2.28→2.38 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 8058 / Χ2: 0.901 / % possible all: 85.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1M5W

1m5w


解像度: 2.28→46.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / WRfactor Rfree: 0.226 / WRfactor Rwork: 0.174 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.839 / SU B: 6.952 / SU ML: 0.17 / SU R Cruickshank DPI: 0.359 / SU Rfree: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 4580 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.189 91104 94.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.66 Å2 / Biso mean: 28.325 Å2 / Biso min: 10.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20.93 Å2-0.84 Å2
2--0.49 Å2-0.65 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→46.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14763 0 64 851 15678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02115131
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1521.94720620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.894323832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.37551984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40623.057700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.597152333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.24215158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.22428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02117325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4691.59827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0771.54011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91215669
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.38935304
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4234.54942
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 186 -
Rwork0.261 3766 -
all-3952 -
obs--55.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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