PDB-4eqy: Crystal structure of Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eqy

タイトル

Crystal structure of Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase from Burkholderia thailandensis

要素

Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
HIS-HIS-HIS peptide

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / beta helix / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2012年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eqy.cif.gz	595.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eqy.ent.gz	490.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eqy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eqy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 2qivS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6uee-2 5dem-2 5jxx-1 3i3a-2 3hsq-1 3hsq-3 6ueg-2 5jxx-2 3r0s-1 4j09-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-ButhA.00428.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

B: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

C: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

E: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

F: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

G: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

X: HIS-HIS-HIS peptide

182 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

B: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

C: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.6 kDa, 3 ポリマー
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2

E: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

F: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

G: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

X: HIS-HIS-HIS peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
432 Da, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.440, 90.490, 109.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.030, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase 分子量: 30198.912 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: 3848943, BTH_I2039, lpxA / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q2SWY6, acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	HIS-HIS-HIS peptide 分子量: 432.456 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: 3848943, BTH_I2039, lpxA / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	CHAIN X IS A PORTION OF N-TERMINAL EXPRESSION TAG WHICH CAN BE MODELED BUT NOT ASSIGNED.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: EBS ProPlex screen h7: 15% MPD, 2% PEG4000, 100 mM sodium acetate/HCl pH 5.0, ButhA.00428.a.A1.PS01225 at 32 mg/mL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月9日

放射

モノクロメーター: asymmetric curved crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 184689 / Num. obs: 183552 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.632 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 18.49

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
1.8-1.85	3.76	0.472	2.91	50902	13645	13526	99.1
1.85-1.9	3.77	0.363	3.74	49412	13216	13115	99.2
1.9-1.95	3.77	0.265	5.13	48221	12903	12797	99.2
1.95-2.01	3.77	0.205	6.53	46841	12508	12430	99.4
2.01-2.08	3.77	0.167	7.96	45508	12149	12078	99.4
2.08-2.15	3.77	0.126	10.25	44405	11840	11782	99.5
2.15-2.23	3.77	0.101	12.35	42343	11285	11234	99.5
2.23-2.32	3.77	0.085	14.53	41196	10980	10933	99.6
2.32-2.43	3.77	0.078	16.1	39021	10390	10349	99.6
2.43-2.55	3.77	0.069	17.68	37806	10070	10027	99.6
2.55-2.68	3.76	0.059	20.59	35805	9542	9510	99.7
2.68-2.85	3.75	0.048	24.46	33623	9004	8962	99.5
2.85-3.04	3.73	0.04	29.65	31630	8531	8485	99.5
3.04-3.29	3.71	0.034	33.94	29054	7871	7828	99.5
3.29-3.6	3.66	0.028	40.06	26550	7292	7254	99.5
3.6-4.02	3.61	0.025	44.07	23664	6605	6560	99.3
4.02-4.65	3.53	0.023	46.91	20514	5859	5817	99.3
4.65-5.69	3.64	0.022	46.2	18016	4969	4943	99.5
5.69-8.05	3.69	0.023	46.4	14088	3836	3818	99.5
8.05-50	3.53	0.018	51.94	7436	2194	2104	95.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	19.94 Å
Translation	3.5 Å	19.94 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
BOS		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QIV

2qiv

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.1828 / WR_factor R_work: 0.1555 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9083 / SU B: 3.769 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.0949 / SU R_free: 0.0942 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1885	9208	5 %	RANDOM
R_work	0.1592	-	-	-
all	0.1607	184689	-	-
obs	0.1607	183526	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.26 Å² / B_iso mean: 22.4905 Å² / B_iso min: 9.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0 Å²	0.73 Å²
2-	-	0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11598	0	0	1186	12784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	12009
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7784
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.526	1.937	16379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.956	3	19028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.927	5	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.035	23.477	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.37	15	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.756	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	13848
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2412

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	669	-
R_work	0.242	12601	-
all	-	13270	-
obs	-	-	99.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0407	-0.2013	-0.0771	0.2792	-0.0516	0.3542	-0.0223	0.0537	-0.0586	-0.034	0.0477	0.0412	0.0301	-0.0362	-0.0254	0.0257	-0.0152	-0.0268	0.0415	0.0049	0.0395	-17.098	-18.559	30.343
2	0.7448	-0.1992	-0.1903	0.5227	0.2564	0.4557	0.0007	-0.0987	0.016	-0.0231	0.0059	-0.0079	-0.0399	0.0502	-0.0066	0.0074	0.004	-0.0033	0.0719	-0.0051	0.0116	4.675	-0.613	41.497
3	0.6566	0.4526	-0.7587	0.5865	-0.3908	1.2139	-0.0023	-0.0884	-0.0296	0.0864	-0.0649	-0.0033	0.1207	0.1281	0.0672	0.0678	0.0175	-0.0159	0.0557	0.0255	0.0839	-2.318	-26.681	55.925
4	0.6113	-0.2918	-0.0574	0.5332	-0.0352	0.3509	0.02	-0.0174	-0.0283	-0.0051	-0.0094	0.0275	0.008	0.0026	-0.0106	0.012	0.0014	-0.0019	0.0624	-0.009	0.009	36.196	-0.406	20.019
5	1.2451	0.3618	-0.4817	0.4489	-0.1267	0.4071	0.0311	-0.1436	0.1131	0.0433	-0.0495	-0.0345	-0.1128	0.0889	0.0184	0.0852	-0.0288	-0.0227	0.0612	-0.0154	0.0493	50.706	25.966	17.623
6	0.6386	-0.0709	-0.3369	0.352	0.1868	1.0114	-0.0012	0.0848	0.0094	-0.0677	0.0182	0.0363	-0.0785	-0.0946	-0.017	0.0474	0.01	-0.0179	0.0486	0.0167	0.0187	32.684	17.096	-5.122

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 263
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 263
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 263
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	3 - 263
5	X-RAY DIFFRACTION	5	F	4 - 263
6	X-RAY DIFFRACTION	6	G	4 - 263

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