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万見
- PDB-5jxx: Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase (L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jxx
タイトルCrystal structure of UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase (LpxA) from Moraxella catarrhalis RH4.
要素Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / LpxA / acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase; Domain 2 / Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal domain / UDP N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal / UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal domain superfamily / Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase; Domain 2 / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat ...Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase; Domain 2 / Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal domain / UDP N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal / UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal domain superfamily / Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase; Domain 2 / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Moraxella catarrhalis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Pratap, S. / Kesari, P. / Yadav, R. / Narwal, M. / Dev, A. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
ICMR64/3/2012-BMS インド
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2017
タイトル: Acyl chain preference and inhibitor identification of Moraxella catarrhalis LpxA: Insight through crystal structure and computational studies.
著者: Pratap, S. / Kesari, P. / Yadav, R. / Dev, A. / Narwal, M. / Kumar, P.
履歴
登録2016年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
B: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
C: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
D: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
E: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
F: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,63119
ポリマ－168,2406
非ポリマー1,39113
水73941
1
A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
C: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
E: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7709
ポリマ－84,1203
非ポリマー6506
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area30730 Å2
手法PISA
2
B: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
D: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
F: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,86210
ポリマ－84,1203
非ポリマー7427
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area31010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.611, 136.897, 90.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase


分子量: 28040.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moraxella catarrhalis (strain BBH18) (バクテリア)
株: BBH18 / 遺伝子: lpxA, MCR_0549
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: D5VAW8, acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.05 M Citric Bis-Tris, Propane, pH 5.0, 16% (w/v) Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→45.39 Å / Num. obs: 30503 / % possible obs: 80 % / 冗長度: 2.7 % / Net I/σ(I): 4.76
反射 シェル解像度: 3.001→3.108 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E6U

4e6u


解像度: 3.001→45.39 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2929 1507 4.95 %
Rwork0.2352 --
obs0.238 30450 78.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.001→45.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11748 0 92 41 11881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57816207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7727226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511845
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022115
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0006-3.09750.4736320.3429480X-RAY DIFFRACTION14
3.0975-3.20810.3146530.32171023X-RAY DIFFRACTION31
3.2081-3.33650.3204970.32021846X-RAY DIFFRACTION55
3.3365-3.48830.33291380.30352567X-RAY DIFFRACTION77
3.4883-3.67220.34741470.26593015X-RAY DIFFRACTION91
3.6722-3.90210.36211590.25283292X-RAY DIFFRACTION97
3.9021-4.20320.32051740.23513326X-RAY DIFFRACTION99
4.2032-4.62580.24471740.19023316X-RAY DIFFRACTION99
4.6258-5.29430.27821680.20233381X-RAY DIFFRACTION99
5.2943-6.66690.31881910.24593328X-RAY DIFFRACTION100
6.6669-45.3950.21111740.20013369X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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