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- PDB-4gqx: Crystal structure of EIIA(NTR) from Burkholderia pseudomallei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gqx
タイトルCrystal structure of EIIA(NTR) from Burkholderia pseudomallei
要素PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN
キーワードTRANSFERASE / EIIA(NTR) / alpha/beta / histidine containing phosphocarrier protein / NPR / EI(NTR) / NA
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-N(PI)-phosphohistidine-carbohydrate phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / protein kinase activator activity
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN / : / PTS EIIA domains phosphorylation site signature 2. / PTS EIIA type-2 domain / Phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 2 / PTS_EIIA type-2 domain profile. / Mannitol-specific EII; Chain A / Mannitol-specific EII; Chain A / Phosphotransferase/anion transporter / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kim, M.-S. / Shin, D.H.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: New molecular interaction of IIA(Ntr) and HPr from Burkholderia pseudomallei identified by X-ray crystallography and docking studies
著者: Kim, M.-S. / Lee, H. / Heo, L. / Lim, A. / Seok, C. / Shin, D.H.
履歴
登録2012年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN
B: PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2972
ポリマ－36,2972
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.203, 67.203, 144.104
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN / EIIA


分子量: 18148.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: ptsN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JW77

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 10% PEG 1K, 8% PEG 8K, 0.1M Sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月5日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 7428 / Num. obs: 7353 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル最高解像度: 3 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 46936.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 742 10.8 %RANDOM
Rwork0.234 ---
all0.2371 7428 --
obs0.234 6840 92.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.4993 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.71 Å20 Å20 Å2
2--8.71 Å20 Å2
3----17.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.03 Å0.71 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2384 0 0 0 2384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.51
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it10.511.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it16.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it12.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it18.362.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.473 107 10.7 %
Rwork0.392 892 -
obs--81.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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