+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nxk | ||||||
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Title | L. reuteri 53608 SRRP | ||||||
Components | Serine-rich secreted cell wall anchored (LPXTG-motif ) protein | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / beta-solenoid / L. reuteri / adhesin | ||||||
Function / homology | : Function and homology information | ||||||
Biological species | Lactobacillus reuteri ATCC 53608 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.918 Å | ||||||
Authors | Sequeira, S. / Dong, C. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2018 Title: Structural basis for the role of serine-rich repeat proteins from Lactobacillus reuteriin gut microbe-host interactions. Authors: Sequeira, S. / Kavanaugh, D. / MacKenzie, D.A. / Suligoj, T. / Walpole, S. / Leclaire, C. / Gunning, A.P. / Latousakis, D. / Willats, W.G.T. / Angulo, J. / Dong, C. / Juge, N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nxk.cif.gz | 363.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nxk.ent.gz | 297.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nxk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5nxk_validation.pdf.gz | 437.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5nxk_full_validation.pdf.gz | 439.6 KB | Display | |
Data in XML | 5nxk_validation.xml.gz | 42.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5nxk_validation.cif.gz | 65.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/5nxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/5nxk | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32988.570 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactobacillus reuteri ATCC 53608 (bacteria) Gene: LRATCC53608_0906 / Production host: Escherichia coli DH5[alpha] (bacteria) / References: UniProt: A0A0S4NNC0 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.47 Å3/Da / Density % sol: 64.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.1M sodium malonate, 12% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 14, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.92→73.35 Å / Num. obs: 104897 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 18 % / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.92→1.95 Å / Redundancy: 15 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5168 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.918→19.77 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.918→19.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 69.0294 Å / Origin y: 18.8141 Å / Origin z: -6.4054 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |