PDB-5uox: Structure-Based Design of ASK1 Inhibitors as Potential First-in-C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uox

タイトル

Structure-Based Design of ASK1 Inhibitors as Potential First-in-Class Agents for Heart Failure

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE / METAL-BINDING / APOPTOSIS / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / endothelial cell apoptotic process / JUN kinase kinase kinase activity / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Dougan, D.R.

引用

ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Structure-Based Design of ASK1 Inhibitors as Potential Agents for Heart Failure.
著者: Lanier, M. / Pickens, J. / Bigi, S.V. / Bradshaw-Pierce, E.L. / Chambers, A. / Cheruvallath, Z.S. / Cole, D. / Dougan, D.R. / Ermolieff, J. / Gibson, T. / Halkowycz, P. / Hirokawa, A. / ...

履歴

登録	2017年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_detector / software / Item: _diffrn_detector.detector / _software.name
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uox.cif.gz	223.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uox.ent.gz	181.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uox.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/5uox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/5uox	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uorC 5up3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v24-2 5vil-2 4fk3-3 3tjm-d 6qg7-d 5vil-4 4ztq-d 5uor-1 4fdq-d 1h55-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

61.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.544, 78.544, 434.028
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 / Apoptosis signal-regulating kinase 1 / ASK-1 / MAPK/ERK kinase kinase 5 / MEKK 5 分子量: 30509.900 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 670-940 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K5, ASK1, MAPKKK5, MEKK5 / プラスミド: pEH8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) pLysS 参照: UniProt: Q99683, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物	ChemComp-8GY / 2-(6-{4-[(2R)-1-hydroxypropan-2-yl]-4H-1,2,4-triazol-3-yl}pyridin-2-yl)-6-[(propan-2-yl)oxy]-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one 分子量: 393.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₃N₅O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.16 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 6% polyethylene glycol 2000 MME ,0.05M Ammonium Sulphate, 0.1M MES, pH 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9789 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 28981 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.087 / Χ²: 1.001 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 300861

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	9.9	0.665	0.876	0.221	0.702	0.983	100
2.54-2.59	9.8	0.537	0.926	0.178	0.566	0.975	100
2.59-2.64	11.1	0.51	0.942	0.16	0.535	0.99	99.8
2.64-2.69	11.2	0.432	0.962	0.135	0.453	1.018	99.8
2.69-2.75	11	0.353	0.972	0.111	0.371	1.012	99.9
2.75-2.82	10.8	0.298	0.974	0.094	0.313	1.012	100
2.82-2.89	10.9	0.28	0.983	0.088	0.294	1.014	100
2.89-2.96	10.6	0.222	0.988	0.071	0.233	1.015	100
2.96-3.05	10.4	0.186	0.99	0.06	0.195	1.017	100
3.05-3.15	9.5	0.149	0.993	0.05	0.158	0.994	100
3.15-3.26	10.8	0.127	0.996	0.04	0.133	0.993	100
3.26-3.39	11	0.112	0.996	0.035	0.117	0.991	100
3.39-3.55	10.9	0.092	0.997	0.029	0.097	0.99	100
3.55-3.73	10.6	0.085	0.997	0.027	0.089	1.014	100
3.73-3.97	10.2	0.073	0.998	0.024	0.077	0.995	100
3.97-4.27	9.7	0.065	0.998	0.021	0.069	0.989	100
4.27-4.7	10.8	0.06	0.998	0.019	0.063	1.004	100
4.7-5.38	10.4	0.061	0.998	0.019	0.064	1.01	99.7
5.38-6.78	9.4	0.061	0.998	0.02	0.064	0.994	99.7
6.78-50	9	0.054	0.998	0.019	0.057	1.006	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.7.0025	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 19.145 / SU ML: 0.21 / SU R Cruickshank DPI: 0.3687 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.253 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	1468	5.1 %	RANDOM
R_work	0.228	-	-	-
obs	0.2294	27373	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 199.63 Å² / B_iso mean: 76.267 Å² / B_iso min: 30.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.15 Å²	1.08 Å²	0 Å²
2-	-	2.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4097	0	58	70	4225
B_iso mean	-	-	45.69	55.56	-
残基数	-	-	-	-	515

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	4251
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.152	1.99	5735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.354	5	509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.036	24.607	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.774	15	755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.89	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	610
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3202

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.456	104	-
R_work	0.343	1953	-
all	-	2057	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.509	-0.9148	1.0145	0.3013	0.0873	4.7789	0.1392	-0.0321	-0.0543	-0.1083	0.0422	0.0943	0.0172	0.0058	-0.1814	0.3842	-0.153	-0.0268	0.1388	0.0371	0.3535	-7.5391	1.422	21.3235
2	1.9572	0.8522	1.4978	2.7326	3.3573	8.4856	-0.1241	0.4523	-0.1225	-0.2645	0.3528	-0.0974	-0.0831	1.0977	-0.2287	0.2415	-0.1598	0.0541	0.3242	-0.0126	0.2743	3.5139	3.6972	18.2112
3	2.9901	1.1856	0.0531	3.4638	2.5723	10.8645	-0.1747	0.2055	-0.1008	0.3574	0.3203	-0.3308	-0.1264	1.7196	-0.1456	0.2088	-0.2051	0.0043	0.4996	-0.0008	0.301	13.3285	12.1344	36.4646
4	1.9752	2.1185	0.1723	2.3785	-0.6732	10.4631	-0.0941	0.2893	-0.2735	-0.0885	0.2053	-0.2684	-0.2215	1.7715	-0.1112	0.2054	-0.1981	0.0522	0.4794	-0.0687	0.2355	10.1859	8.956	27.8508
5	0.1441	-0.254	0.4174	5.0891	2.4142	9.7743	-0.2549	0.1772	-0.125	-1.0471	0.519	-0.4172	-1.9782	2.696	-0.2641	0.8667	-0.7233	0.2024	1.0224	-0.1121	0.4967	16.0951	18.8072	21.4035
6	0.8239	0.9068	0.0427	6.4621	1.0776	12.2802	-0.1946	0.1812	0.067	-0.5754	0.5243	-0.1074	-2.2975	2.3851	-0.3296	0.7528	-0.7694	0.0063	0.7893	-0.0357	0.4172	18.6351	24.9307	31.8573
7	3.9904	-0.0685	0.6221	2.0028	-0.5757	4.8214	0.2692	-0.0895	0.1294	0.481	-0.1634	0.0366	-0.1376	-0.615	-0.1059	0.2668	-0.0497	0.0194	0.1462	0.0133	0.1609	53.0469	4.5989	13.8335
8	2.9128	-0.7134	1.1168	2.3692	-0.4653	6.5971	0.0625	-0.1834	0.2878	0.5102	-0.0709	0.2826	-0.8973	-1.2179	0.0085	0.4227	0.1168	0.1244	0.4831	0.0081	0.3279	43.8293	13.2213	15.6952
9	1.1139	0.1246	-0.8395	3.4364	0.7668	6.9665	0.4378	0.1597	0.2812	-0.6087	-0.3547	0.2793	-1.9171	-1.2918	-0.0831	0.7832	0.5272	0.0666	0.3985	0.0765	0.3284	43.4549	22.9497	-6.3587

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	671 - 704
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	705 - 768
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	769 - 796
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	797 - 820
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	821 - 876
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	877 - 939
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	670 - 704
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	705 - 755
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	756 - 939

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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