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- PDB-6g3u: Structure of Pseudomonas aeruginosa Isocitrate Dehydrogenase, IDH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g3u
タイトルStructure of Pseudomonas aeruginosa Isocitrate Dehydrogenase, IDH
要素Isocitrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Isocitrate dehydrogenase / TCA cycle / metabolism / Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric / Monomeric isocitrate dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Isocitrate dehydrogenase [NADP]
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.707 Å
データ登録者Crousilles, A. / Welch, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Gluconeogenic precursor availability regulates flux through the glyoxylate shunt inPseudomonas aeruginosa.
著者: Crousilles, A. / Dolan, S.K. / Brear, P. / Chirgadze, D.Y. / Welch, M.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase
B: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,3884
ポリマ－162,4992
非ポリマー8902
水3,549197
1
A: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1393
ポリマ－81,2491
非ポリマー8902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isocitrate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2491
ポリマ－81,2491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.460, 149.020, 201.137
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 593 or (resid 600...
21chain B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLEULEU(chain A and (resid 5 through 593 or (resid 600...AA5 - 5931 - 589
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 5 through 593 or (resid 600...AA600596
13SERSERALAALA(chain A and (resid 5 through 593 or (resid 600...AA5 - 7411 - 737
21SERSERLEULEUchain BBB5 - 7401 - 736

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要素

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase


分子量: 81249.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: idh, PA2624 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I0L4
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.82 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, Sodium phosphate monobasic, glycerol, NADP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.62 Å / Num. obs: 51799 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 18.2 % / Biso Wilson estimate: 43.36 Å2 / Rrim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.7→2.78 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 3682 / Rrim(I) all: 0.891 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZDA

4zda


解像度: 2.707→29.618 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2668 2630 5.08 %
Rwork0.2076 --
obs0.2106 51765 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.42 Å2 / Biso mean: 52.3057 Å2 / Biso min: 10.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.707→29.618 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11296 0 58 197 11551
Biso mean--28.88 35.87 -
残基数----1467
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4426X-RAY DIFFRACTION13.23TORSIONAL
12B4426X-RAY DIFFRACTION13.23TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7075-2.75670.3491280.2722455258396
2.7567-2.80970.32361440.246325682712100
2.8097-2.8670.32731330.257426042737100
2.867-2.92930.31461370.254525122649100
2.9293-2.99730.34611330.251625762709100
2.9973-3.07220.34291340.240825902724100
3.0722-3.15520.29251350.23992570270599
3.1552-3.24790.31641240.235525732697100
3.2479-3.35260.311600.227625452705100
3.3526-3.47230.29351570.230225532710100
3.4723-3.61110.26741520.209825702722100
3.6111-3.77510.27161180.203426062724100
3.7751-3.97370.25921350.195725902725100
3.9737-4.2220.24561460.179226092755100
4.222-4.54690.21241230.16525962719100
4.5469-5.00250.2141340.166226102744100
5.0025-5.72190.25211460.183726382784100
5.7219-7.19190.24231450.22426322777100
7.1919-29.61950.22781460.202227382884100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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