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- PDB-3km3: Crystal structure of eoxycytidine triphosphate deaminase from ana... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3km3 | ||||||
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Title | Crystal structure of eoxycytidine triphosphate deaminase from anaplasma phagocytophilum at 2.1A resolution | ||||||
![]() | Deoxycytidine triphosphate deaminase | ||||||
![]() | HYDROLASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / DECODE / DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE / ANAPLASMA PHAGOCYTOPHILUM / IODIDE PHASING / Nucleotide metabolism / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() dCTP deaminase / dCTP catabolic process / dUTP biosynthetic process / dCTP deaminase activity / dUMP biosynthetic process / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: SAD phasing using iodide ions in a high-throughput structural genomics environment. Authors: Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Robinson, J.I. / Christensen, J.S. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 81 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 61 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 443 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 445.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3k9gC ![]() 3kw3C ![]() 3luzC ![]() 3menC ![]() 3njbC ![]() 3o2eC ![]() 3oibC ![]() 3p96C ![]() 3pfdC ![]() 3pm6C C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 22901.010 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: HZ / Gene: dcd, APH_0130 / Plasmid: AVA0421 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-IOD / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / pH: 8.1 Details: MD PACT SCREEN CONDITION D9: 100MM TRIS PH 8.1, 200MM LICL, 20% PEG 3350; ANPHA.00973.A AT XXMG/ ML, CRYSTAL SOAKED IN 100MM HEPES PH 7.0, 200MM NACL, 20% PEG 3350, 1M KI, VAPOR DIFFUSION, ...Details: MD PACT SCREEN CONDITION D9: 100MM TRIS PH 8.1, 200MM LICL, 20% PEG 3350; ANPHA.00973.A AT XXMG/ ML, CRYSTAL SOAKED IN 100MM HEPES PH 7.0, 200MM NACL, 20% PEG 3350, 1M KI, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Nov 5, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→20 Å / Num. obs: 21725 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 11 % / Biso Wilson estimate: 33.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 23.99 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Redundancy: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 96.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.62 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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