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- PDB-3luz: Crystal structure of extragenic suppressor protein suhB from Bart... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3luz
タイトルCrystal structure of extragenic suppressor protein suhB from Bartonella henselae, via combined iodide SAD molecular replacement
要素Extragenic suppressor protein suhB
キーワードHYDROLASE / NIAID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Bartonella / cat scratch disease / iodide phasing
機能・相同性
機能・相同性情報


: / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / inositol metabolic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / signal transduction / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inositol monophosphatase SuhB-like / Inositol monophosphatase / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 ...Inositol monophosphatase SuhB-like / Inositol monophosphatase / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Inositol-1-monophosphatase / Inositol-1-monophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bartonella henselae (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散, 分子置換 / 多波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2011
タイトル: SAD phasing using iodide ions in a high-throughput structural genomics environment.
著者: Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Robinson, J.I. / Christensen, J.S. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E.
履歴
登録2010年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extragenic suppressor protein suhB
B: Extragenic suppressor protein suhB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,63817
ポリマ－58,9392
非ポリマー1,69815
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area17630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.540, 81.280, 58.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A2 - 261
2116B2 - 261

-
要素

#1: タンパク質 Extragenic suppressor protein suhB


分子量: 29469.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア)
遺伝子: suhB, BH15030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6G1Z6, UniProt: A0A0H3M6W8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24 mg/mL protein in 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.5, 30% PEG 400 soaked into 0.2 M MgCl2, 0.75 M KI, 0.1 M Hepes pH 8.2, 35% PEG 400; crystal tracking ID for growth 206523d2 and 206575a1 for ...詳細: 24 mg/mL protein in 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.5, 30% PEG 400 soaked into 0.2 M MgCl2, 0.75 M KI, 0.1 M Hepes pH 8.2, 35% PEG 400; crystal tracking ID for growth 206523d2 and 206575a1 for iodide soak, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection数: 202195 / Rmerge(I) obs: 0.053 / D res high: 2.05 Å / Num. obs: 53910 / % possible obs: 96.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
9.1729.046059610.031
6.489.17114499.610.031
5.296.48145599.310.033
4.585.29175699.410.03
4.14.58196499.510.03
3.744.1216799.310.032
3.473.74233999.210.037
3.243.47253198.910.041
3.063.24271898.810.049
2.93.06285498.510.063
2.762.9300598.410.075
2.652.76308398.110.091
2.542.65323897.910.114
2.452.5433479810.145
2.372.45349197.510.161
2.292.3736149710.196
2.222.29363597.310.222
2.162.22382996.810.275
2.12.16373994.610.335
2.052.1339681.210.396
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 27477 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 38.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 18.26
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. measured obs: 10323 / Num. unique obs: 1738 / % possible all: 82.1

-
位相決定

位相決定
手法
多波長異常分散
分子置換
Phasing MADD res high: 2.05 Å / D res low: 29.04 Å / FOM : 0.551 / FOM acentric: 0.555 / FOM centric: 0.432 / 反射: 27454 / Reflection acentric: 26410 / Reflection centric: 889
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
9.69-130.6540.6780.4815713819
8.06-9.690.6070.6210.48820418321
7.05-8.060.6110.6310.38323321419
6.34-7.050.6450.6640.43826824523
5.81-6.340.6590.6870.35929426922
5.4-5.810.6980.7080.48830028315
5.06-5.40.6830.6920.53835633322
4.78-5.060.6780.6930.45834031620
4.54-4.780.6790.6870.50138136218
4.33-4.540.640.6370.69440037921
4.15-4.330.6130.6270.33140438516
3.99-4.150.6590.6640.55344141922
3.85-3.990.610.6190.42743141120
3.72-3.850.6240.630.48243842213
3.61-3.720.610.620.4249746625
3.5-3.610.5930.5980.4248046216
3.4-3.50.6090.6190.38149947720
3.31-3.40.5620.5690.3252550915
3.23-3.310.5690.5670.62950648420
3.15-3.230.5850.5920.42454652420
3.08-3.150.5850.5890.45255053414
3.01-3.080.5830.5840.54656253822
2.95-3.010.5660.5720.38657055315
2.89-2.950.570.5770.37959056721
2.84-2.890.560.5650.39560859216
2.78-2.840.5630.5680.40259357220
2.73-2.780.5510.5560.35561660114
2.69-2.730.5370.5410.4660658419
2.64-2.690.5630.5710.3365963819
2.6-2.640.5490.5530.38665463717
2.56-2.60.5640.5640.52561860710
2.52-2.560.530.5330.42571368924
2.48-2.520.5390.5430.36165663816
2.45-2.480.5060.510.28267365514
2.41-2.450.5350.540.40570768421
2.38-2.410.4910.4910.48171068918
2.35-2.380.4940.4920.5876946819
2.32-2.350.4980.4980.44673871520
2.29-2.320.5210.5250.37173471618
2.26-2.290.4890.4930.33670668816
2.24-2.260.50.5020.38977575418
2.21-2.240.50.5010.33174773411
2.18-2.210.5010.5020.49973971819
2.16-2.180.5050.5070.42679977819
2.14-2.160.4920.4910.53574572613
2.11-2.140.4830.4890.29577975413
2.09-2.110.4830.490.28574370820
2.07-2.090.4760.4820.21971268312
2.05-2.070.4840.4840.28964460811

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換
開始モデル: 2qfl

2qfl


解像度: 2.05→29.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.264 / WRfactor Rwork: 0.218 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.798 / SU B: 12.615 / SU ML: 0.166 / SU R Cruickshank DPI: 0.227 / SU Rfree: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1395 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.219 27458 96.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.36 Å2 / Biso mean: 57.542 Å2 / Biso min: 28.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å2-0.27 Å2
2--2.65 Å20 Å2
3----1.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→29.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3508 0 15 124 3647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.9454866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3795475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.20423.58162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.80315567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2741529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022745
Refine LS restraints NCS数: 1665 / タイプ: LOOSE POSITIONAL / Rms dev position: 0.34 Å / Weight position: 5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 93 -
Rwork0.322 1639 -
all-1732 -
obs--82.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52480.1099-0.5142-0.049-0.02411.4251-0.0382-0.02930.1095-0.02160.03340.01080.0201-0.09280.00490.06370.0066-0.01240.1146-0.01930.0945-4.65629.911336.0102
20.8135-0.74670.13430.4598-0.38772.0318-0.11750.07910.11040.0976-0.03020.01720.12990.20360.14760.11520.0440.01420.08970.05010.0467.2341.85629.9334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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