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- PDB-3men: Crystal structure of acetylpolyamine aminohydrolase from Burkhold... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3men | ||||||
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Title | Crystal structure of acetylpolyamine aminohydrolase from Burkholderia pseudomallei, iodide soak | ||||||
![]() | Acetylpolyamine aminohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / ACETYLPOLYAMINE AMINOHYDROLASE / HISTONE DEACETYLASE | ||||||
Function / homology | ![]() acetylputrescine deacetylase / acetylputrescine deacetylase activity / Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: SAD phasing using iodide ions in a high-throughput structural genomics environment. Authors: Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Robinson, J.I. / Christensen, J.S. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 439.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 476.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 484.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 52.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 75.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3k9gC ![]() 3km3C ![]() 3kw3C ![]() 3luzC ![]() 3njbC ![]() 3o2eC ![]() 3oibC ![]() 3p96C ![]() 3pfdC ![]() 3pm6C C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 39725.516 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 1710B / Gene: aphA, BURPS1710b_1309 / Plasmid: AVA0421 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 565 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-K / #5: Chemical | ChemComp-IOD / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.3 Details: EBS Wizard screen B1: 1.26M ammonium sulphate, 100mM cacodylate pH 6.5; protein at 7.9mg/ml; 1h soak in 1.4M ammonium sulphate, 100mM cacodylate pH 6.5, 200mM NaI, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Jan 14, 2010 / Details: VariMax |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. all: 66538 / Num. obs: 65263 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 32.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 20.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4850 / % possible all: 84 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.25 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 4074 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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