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Yorodumi- PDB-3pfd: Crystal structure of an Acyl-CoA dehydrogenase from Mycobacterium... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pfd | ||||||
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Title | Crystal structure of an Acyl-CoA dehydrogenase from Mycobacterium thermoresistibile bound to reduced flavin adenine dinucleotide solved by combined iodide ion SAD MR | ||||||
Components | Acyl-CoA dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / dehydrogenase / de novo phase determination / iodide ion SAD / acyl coA dehydrogenase / reduced flavin adenine dinucleotide / FAD / fatty acid metabolism | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium thermoresistibile (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SAD WITH molecular replacement / SAD / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / Year: 2011 Title: SAD phasing using iodide ions in a high-throughput structural genomics environment. Authors: Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Robinson, J.I. / Christensen, J.S. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. #1: Journal: Tuberculosis (Edinb) / Year: 2015 Title: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets. Authors: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...Authors: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3pfd.cif.gz | 567.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3pfd.ent.gz | 467 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3pfd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/3pfd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/3pfd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3k9gC 3km3C 3kw3C 3luzC 3menC 3njbC 3o2eC 3oibC 3p96C 3pm6C 1jqiS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 42068.539 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium thermoresistibile (bacteria) Strain: ATCC 19527 / NCTC 10409 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: G7CNE7*PLUS, EC: 1.3.99.3 #2: Chemical | ChemComp-FDA / #3: Chemical | ChemComp-IOD / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: MythA00185bA1 PS00649 116 mg/mL grown against JCSG+ C1 0.2 M NaCl, 0.1 M phosphate citrate pH 4.2, 20% PEG 8000 and soaked for 20 minutes against 15% PEG 8000, 25% PEG 400, 1 M NaI, 0.1 M ...Details: MythA00185bA1 PS00649 116 mg/mL grown against JCSG+ C1 0.2 M NaCl, 0.1 M phosphate citrate pH 4.2, 20% PEG 8000 and soaked for 20 minutes against 15% PEG 8000, 25% PEG 400, 1 M NaI, 0.1 M phosphate citrate pH 4.2, crystal tracking ID 216661c1-1MNaI, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Oct 8, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Number: 650541 / Rmerge(I) obs: 0.11 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 177142 / % possible obs: 99.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 89991 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 24.921 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 11.74 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: SAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.1 Å / D res low: 29.47 Å / FOM : 0.525 / FOM acentric: 0.529 / FOM centric: 0.395 / Reflection: 89868 / Reflection acentric: 87142 / Reflection centric: 2307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD WITH molecular replacement Starting model: 1jqi Resolution: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.1863 / WRfactor Rwork: 0.1541 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.8883 / SU B: 7.088 / SU ML: 0.106 / SU R Cruickshank DPI: 0.2022 / SU Rfree: 0.165 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.165 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 61.4 Å2 / Biso mean: 21.3214 Å2 / Biso min: 7.88 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 2652 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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