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- PDB-3kw3: Crystal structure of alanine racemase from Bartonella henselae wi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3kw3 | ||||||
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Title | Crystal structure of alanine racemase from Bartonella henselae with covalently bound pyridoxal phosphate | ||||||
![]() | Alanine racemase | ||||||
![]() | ISOMERASE / NIAID / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / iodide soak / alanine racemase / LLP / cat-scratch disease | ||||||
Function / homology | ![]() alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: SAD phasing using iodide ions in a high-throughput structural genomics environment. Authors: Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Robinson, J.I. / Christensen, J.S. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 156 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 120.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 440.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 443.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3k9gC ![]() 3km3C ![]() 3luzC ![]() 3menC ![]() 3njbC ![]() 3o2eC ![]() 3oibC ![]() 3p96C ![]() 3pfdC ![]() 3pm6C ![]() 2dy3S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 41562.730 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q6G2F2, UniProt: A0A0H3LZE4*PLUS, alanine racemase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: Native crystal grown in 0.1 M Hepes pH 8.0, 33% PEG 3350 at 42.3 mg/mL, crystal tracking ID 203636d11; crystal used for combined Phaser MR/IodoSAD grown in 0.1 M Hepes pH 8.5, 0.2 M MgCl2, ...Details: Native crystal grown in 0.1 M Hepes pH 8.0, 33% PEG 3350 at 42.3 mg/mL, crystal tracking ID 203636d11; crystal used for combined Phaser MR/IodoSAD grown in 0.1 M Hepes pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG 3350 and soaked for 1 hour in 0.1 M Hepes pH 8.0, 1.0 M KI, 35% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 5.3 % / Av σ(I) over netI: 17.45 / Number: 114922 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.04 / D res high: 2.95 Å / Num. obs: 29953 / % possible obs: 99.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell | ID: 1
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Reflection | Resolution: 2.04→50 Å / Num. obs: 45971 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 17.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.04→2.12 Å / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.79 / Num. unique all: 4405 / Χ2: 1.032 / % possible all: 96.7 |
-Phasing
Phasing |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() ![]() Starting model: 2DY3 Resolution: 2.04→34.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.23 / WRfactor Rwork: 0.19 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.824 / SU B: 10.904 / SU ML: 0.13 / SU R Cruickshank DPI: 0.216 / SU Rfree: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.179 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 52.97 Å2 / Biso mean: 22.817 Å2 / Biso min: 8.22 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.04→34.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.04→2.097 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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