PDB-3kw3: Crystal structure of alanine racemase from Bartonella henselae wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kw3

タイトル

Crystal structure of alanine racemase from Bartonella henselae with covalently bound pyridoxal phosphate

要素

Alanine racemase

キーワード

ISOMERASE / NIAID / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / iodide soak / alanine racemase / LLP / cat-scratch disease

機能・相同性

機能・相同性情報

alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella henselae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散,

分子置換 /

多波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2011
タイトル: SAD phasing using iodide ions in a high-throughput structural genomics environment.
著者: Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Robinson, J.I. / Christensen, J.S. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2009年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2011年7月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kw3.cif.gz	156 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kw3.ent.gz	120.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kw3_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kw3_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	3kw3_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	3kw3_validation.cif.gz	44.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k9gC 3km3C 3luzC 3menC 3njbC 3o2eC 3oibC 3p96C 3pfdC 3pm6C 2dy3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s46-d 2dy3-2 3e5p-2 7nbf-1 6q72-1 6vbi-d 1epv-d 6a2f-d 3co8-d 3b8v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BaheA.00339.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alanine racemase

B: Alanine racemase

83.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.794, 54.316, 107.476
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.390, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Alanine racemase 分子量: 41562.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア) 遺伝子: alr, BH12810 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6G2F2, UniProt: A0A0H3LZE4*PLUS, alanine racemase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Native crystal grown in 0.1 M Hepes pH 8.0, 33% PEG 3350 at 42.3 mg/mL, crystal tracking ID 203636d11; crystal used for combined Phaser MR/IodoSAD grown in 0.1 M Hepes pH 8.5, 0.2 M MgCl2, ...詳細: Native crystal grown in 0.1 M Hepes pH 8.0, 33% PEG 3350 at 42.3 mg/mL, crystal tracking ID 203636d11; crystal used for combined Phaser MR/IodoSAD grown in 0.1 M Hepes pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG 3350 and soaked for 1 hour in 0.1 M Hepes pH 8.0, 1.0 M KI, 35% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.61 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Native crystal grown in 0.1 M Hepes pH 8.0, 33% PEG 3350 at 42.3 mg/mL, crystal tracking ID 203636d11; crystal used for combined Phaser MR/IodoSAD grown in 0.1 M Hepes pH 8.5, 0.2 M MgCl2, ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	5.0.3		1	0.976484
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007 HF	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2009年7月11日
RIGAKU SATURN 944+	2	CCD	2009年11月16日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.976484	1
2	1.5418	1

Reflection

冗長度: 5.3 % / Av σ(I) over netI: 17.45 / 数: 114922 / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 1.04 / D res high: 2.95 Å / Num. obs: 29953 / % possible obs: 99.2

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
13.19	50	238	69.8	0.028	0.984	5.4
9.33	13.19	613	100	0.024	1.044	5.5
7.62	9.33	808	98.9	0.029	1.008	5.5
6.6	7.62	937	99.9	0.039	1.066	5.5
5.9	6.6	1095	99.5	0.053	1.041	5.5
5.39	5.9	1184	99.9	0.062	1.062	5.5
4.99	5.39	1300	99.7	0.051	1.052	5.5
4.66	4.99	1355	99.8	0.046	1.056	5.3
4.4	4.66	1473	99.8	0.044	1.021	5
4.17	4.4	1583	100	0.052	1.032	4.6
3.98	4.17	1627	99.8	0.071
3.81	3.98	1711	99.4	0.087
3.66	3.81	1755	99	0.111
3.53	3.66	1829	98.2	0.148
3.41	3.53	1925	98.9	0.171
3.3	3.41	1934	99.5	0.226
3.2	3.3	2082	99.9	0.277
3.11	3.2	2129	99.6	0.335
3.03	3.11	2185	99.2	0.534
2.95	3.03	2190	99.9	0.603

反射

解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 45971 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 1.037 / Net I/σ(I): 17.4

反射シェル

解像度: 2.04→2.12 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.79 / Num. unique all: 4405 / Χ²: 1.032 / % possible all: 96.7

-
位相決定

位相決定

手法
多波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散,

分子置換
開始モデル: 2DY3

2dy3

解像度: 2.04→34.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / WR_factor R_free: 0.23 / WR_factor R_work: 0.19 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.824 / SU B: 10.904 / SU ML: 0.13 / SU R Cruickshank DPI: 0.216 / SU R_free: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	2318	5.1 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.193	45875	98.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.97 Å² / B_iso mean: 22.817 Å² / B_iso min: 8.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.82 Å²	0 Å²	-1.88 Å²
2-	-	-1.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→34.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5407	0	0	426	5833

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	5574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.408	1.966	7598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.391	5	710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.335	24.182	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.135	15	914
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.392	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	876
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4166
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.664	1.5	3526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.167	2	5695
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.954	3	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.061	4.5	1898

LS精密化シェル

解像度: 2.04→2.097 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	148	-
R_work	0.258	2767	-
all	-	2915	-
obs	-	-	86.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2089	-0.1464	0.6519	0.5683	-0.2975	1.1781	-0.0629	0.101	0.1888	0.0179	-0.0742	-0.0849	-0.1672	0.2235	0.1371	0.0483	-0.0263	0.0176	0.0587	0.0405	0.0833	60.5882	50.4368	34.21
2	0.6745	0.0831	0.625	0.6478	0.111	1.4131	0.0522	-0.0086	-0.07	-0.1067	0.0357	0.1005	0.1355	-0.0207	-0.088	0.0646	0.0008	0.006	0.0135	0.0212	0.0662	43.7773	30.1931	24.4218

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 372
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	373 - 569
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	14 - 372
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	373 - 601

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