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- PDB-5br7: Structure of UDP-galactopyranose mutase from Corynebacterium diph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5br7
タイトルStructure of UDP-galactopyranose mutase from Corynebacterium diphtheriae in complex with citrate ion
要素UDP-galactopyranose mutase
キーワードISOMERASE / UDP-galactopyranose mutase / Corynebacterium diphtheriae / galactofuranose / galactopyranose / citrate / FAD / sodium ion
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase, C-terminal / UDP-galactopyranose mutase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / CITRATE ANION / ISOPROPYL ALCOHOL / UDP-galactopyranose mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wangkanont, K. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Conformational Control of UDP-Galactopyranose Mutase Inhibition.
著者: Wangkanont, K. / Winton, V.J. / Forest, K.T. / Kiessling, L.L.
履歴
登録2015年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,18712
ポリマ－45,7381
非ポリマー1,44911
水8,251458
1
A: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子

A: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,37424
ポリマ－91,4752
非ポリマー2,89822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.278, 98.278, 126.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-galactopyranose mutase


分子量: 45737.668 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-404 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (strain ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis) (ジフテリア菌)
株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: glf, DIP2203 / プラスミド: pMAL c5x / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NER4, UDP-galactopyranose mutase

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非ポリマー , 6種, 469分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.3363.08
23.3363.08
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.6100 mM sodium citrate, 15% isopropanol, 16-18% PEG5000 MME
2982蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.6100 mM sodium citrate, 15% isopropanol, 16-18% PEG5000 MME. soaked in 100 mM potassium citrate, pH 5.6, 15% isopropanol, 18% PEG5000 MME prior to cryoprotection

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97872
シンクロトロンSSRL BL14-121.181
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2014年10月12日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2015年5月21日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1diamond(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
21.1811
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 45492 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.6 % / Biso Wilson estimate: 28.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.166 / Net I/av σ(I): 36.265 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 1075063
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-2.0220.10.75644540.9230.1640.7750.65599.6
2.02-2.120.70.52944670.9570.1130.5410.70599.6
2.1-2.221.20.37944570.9770.080.3880.73199.8
2.2-2.3121.70.27544840.9890.0580.2810.79799.9
2.31-2.4622.40.21345200.9930.0440.2170.88799.8
2.46-2.6523.30.16444980.9960.0340.1680.974100
2.65-2.9124.60.12545430.9980.0250.1271.13100
2.91-3.3326.30.10145760.9980.020.1031.527100
3.33-4.2280.09446180.9980.0180.0962.243100
4.2-5027.50.06248750.9990.0120.0631.40899.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å46.72 Å
Translation3 Å46.72 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2BI7

2bi7


解像度: 1.95→46.72 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1895 2189 4.97 %
Rwork0.1528 41866 -
obs0.1546 44055 96.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.61 Å2 / Biso mean: 32.7926 Å2 / Biso min: 17.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→46.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3165 0 96 458 3719
Biso mean--34.31 41.2 -
残基数----386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083508
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0474761
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.631290
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.01970.22671910.19823616380785
2.0197-2.10050.22952020.18174003420593
2.1005-2.19610.21442140.17594038425295
2.1961-2.31190.20882130.17034129434296
2.3119-2.45670.21312220.16544190441297
2.4567-2.64640.21892190.16574240445998
2.6464-2.91270.20562250.17014304452999
2.9127-3.33410.22012280.162743334561100
3.3341-4.20010.16462310.137243944625100
4.2001-46.73350.15312440.128946194863100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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